More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1267 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1267  farnesyltranstransferase  100 
 
 
327 aa  663    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000414362  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0840  dimethylallyltranstransferase  72.48 
 
 
327 aa  445  1.0000000000000001e-124  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.440008 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0769  Polyprenyl synthetase  70.64 
 
 
327 aa  444  1.0000000000000001e-124  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0752  trans-hexaprenyltranstransferase  72.82 
 
 
327 aa  433  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0130726 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4219  Trans-hexaprenyltranstransferase  71.21 
 
 
345 aa  434  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3918  dimethylallyltranstransferase  68.87 
 
 
342 aa  433  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00996484 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5487  polyprenyl synthetase  69.25 
 
 
359 aa  424  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.057481  normal  0.26211 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3676  trans-hexaprenyltranstransferase  68.83 
 
 
344 aa  419  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0840  trans-hexaprenyltranstransferase  70.55 
 
 
327 aa  407  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.24671  normal  0.90387 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  61.46 
 
 
330 aa  385  1e-106  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  60.06 
 
 
313 aa  375  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  57.54 
 
 
343 aa  357  9.999999999999999e-98  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  58.31 
 
 
322 aa  354  8.999999999999999e-97  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2823  octaprenyl-diphosphate synthase  58.23 
 
 
322 aa  350  1e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000462084  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2653  polyprenyl synthetase  58.28 
 
 
330 aa  350  2e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00415418  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3068  Polyprenyl synthetase  58.39 
 
 
325 aa  350  2e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0658  polyprenyl synthetase  60.38 
 
 
341 aa  348  6e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.586121  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0506  octylprenyl-diphosphate synthase  60 
 
 
330 aa  345  4e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.282953  normal  0.531544 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3450  Polyprenyl synthetase  59.69 
 
 
330 aa  345  5e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.024256  hitchhiker  0.00543361 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2658  Polyprenyl synthetase  59.32 
 
 
325 aa  344  1e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0590185  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1651  Trans-hexaprenyltranstransferase  57.69 
 
 
322 aa  344  1e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00299697  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3107  polyprenyl synthetase  59.38 
 
 
325 aa  343  2e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.339313  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2959  trans-hexaprenyltranstransferase  59.81 
 
 
325 aa  342  4e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0367555  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2220  trans-hexaprenyltranstransferase  57.98 
 
 
322 aa  339  4e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000307661  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0211  Polyprenyl synthetase  53.45 
 
 
334 aa  337  9.999999999999999e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.301992 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3257  octaprenyl-diphosphate synthase  58.54 
 
 
330 aa  334  1e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2524  octaprenyl-diphosphate synthase  58.54 
 
 
330 aa  334  1e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0921642  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3491  octaprenyl-diphosphate synthase  58.54 
 
 
330 aa  334  1e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.133442  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0447  octaprenyl-diphosphate synthase  58.54 
 
 
330 aa  334  1e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1306  octaprenyl-diphosphate synthase  58.54 
 
 
330 aa  334  1e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0244  octaprenyl-diphosphate synthase  51.69 
 
 
326 aa  333  2e-90  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000222684  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3032  trans-hexaprenyltranstransferase  51.75 
 
 
345 aa  332  5e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3524  octaprenyl-diphosphate synthase  58.54 
 
 
330 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.438623  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3527  octaprenyl-diphosphate synthase  58.01 
 
 
332 aa  332  8e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.491243  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0508  polyprenyl synthetase  58.01 
 
 
331 aa  331  1e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000945867  normal  0.644632 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0483  trans-hexaprenyltranstransferase  58.01 
 
 
331 aa  331  1e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000223454  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1139  octaprenyl-diphosphate synthase  58.54 
 
 
330 aa  330  2e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2803  polyprenyl synthetase  59.49 
 
 
331 aa  329  3e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000673013  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0550  polyprenyl synthetase  57.7 
 
 
331 aa  329  4e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000400591  normal  0.0346751 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0098  trans-hexaprenyltranstransferase  57.7 
 
 
331 aa  329  4e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000478178  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0580  trans-hexaprenyltranstransferase  57.7 
 
 
331 aa  329  4e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000000000478477  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2852  octaprenyl-diphosphate synthase  52.23 
 
 
348 aa  328  7e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000355591  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3665  trans-hexaprenyltranstransferase  57.4 
 
 
331 aa  328  9e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000484392  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  53.89 
 
 
334 aa  328  9e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2004  Trans-hexaprenyltranstransferase  58.22 
 
 
322 aa  326  3e-88  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0340  trans-hexaprenyltranstransferase  53.99 
 
 
321 aa  323  3e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104163  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2928  trans-hexaprenyltranstransferase  53.14 
 
 
323 aa  322  7e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000191483  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  51.12 
 
 
323 aa  321  9.999999999999999e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3205  octaprenyl-diphosphate synthase  56.35 
 
 
322 aa  320  1.9999999999999998e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.192377  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  53.82 
 
 
322 aa  319  3.9999999999999996e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  52.16 
 
 
333 aa  318  6e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  50.8 
 
 
370 aa  318  9e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  50.8 
 
 
370 aa  318  9e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  50.8 
 
 
370 aa  318  9e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  50.8 
 
 
370 aa  318  9e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  50.8 
 
 
370 aa  318  9e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  50.65 
 
 
323 aa  318  1e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000411512  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  52.15 
 
 
323 aa  317  2e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000612724  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0473  trans-hexaprenyltranstransferase  53.29 
 
 
337 aa  317  2e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.521014  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3739  trans-hexaprenyltranstransferase  50.79 
 
 
323 aa  317  2e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000225438  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3090  trans-hexaprenyltranstransferase  51.13 
 
 
323 aa  317  2e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4513  octaprenyl-diphosphate synthase  49.53 
 
 
327 aa  315  4e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  50.32 
 
 
323 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0851  polyprenyl synthetase  50.48 
 
 
323 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000684066  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  49.52 
 
 
323 aa  311  6.999999999999999e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  49.52 
 
 
323 aa  311  6.999999999999999e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  49.52 
 
 
323 aa  311  7.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  49.52 
 
 
323 aa  311  7.999999999999999e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  49.52 
 
 
323 aa  311  7.999999999999999e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  49.52 
 
 
323 aa  311  7.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  48.63 
 
 
331 aa  311  7.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  48.63 
 
 
331 aa  311  7.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  48.63 
 
 
331 aa  311  7.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000587704  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  49.52 
 
 
323 aa  311  7.999999999999999e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  49.52 
 
 
323 aa  311  7.999999999999999e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3758  octaprenyl diphosphate synthase  50 
 
 
323 aa  311  1e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000253501  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3613  octaprenyl diphosphate synthase  50 
 
 
323 aa  311  1e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000738852  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3973  octaprenyl diphosphate synthase  50 
 
 
323 aa  311  1e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000694297  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  49.52 
 
 
323 aa  311  1e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  49.05 
 
 
323 aa  310  2e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0360  octaprenyl-diphosphate synthase  50 
 
 
323 aa  310  2e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00089716  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  49.2 
 
 
323 aa  310  2.9999999999999997e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0524  octaprenyl-diphosphate synthase  49.21 
 
 
331 aa  310  2.9999999999999997e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3324  Polyprenyl synthetase  48.33 
 
 
331 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000403675  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  50.33 
 
 
323 aa  306  3e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3481  octaprenyl diphosphate synthase  50.48 
 
 
323 aa  306  4.0000000000000004e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000172444  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40810  Trans-hexaprenyltranstransferase  51.12 
 
 
322 aa  306  4.0000000000000004e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368005  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0472  octaprenyl diphosphate synthase  48.88 
 
 
323 aa  305  5.0000000000000004e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000437093  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03732  Geranylgeranyl pyrophosphate synthase  51.28 
 
 
324 aa  305  8.000000000000001e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.100816  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02016  polyprenyl synthetase  52.08 
 
 
332 aa  305  9.000000000000001e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  49.21 
 
 
323 aa  304  1.0000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000010929  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  49.52 
 
 
323 aa  303  3.0000000000000004e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  50.8 
 
 
322 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  50.8 
 
 
322 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  50.8 
 
 
322 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0978  trans-hexaprenyltranstransferase  49.85 
 
 
331 aa  300  2e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234439  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  50.8 
 
 
322 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  49.52 
 
 
323 aa  300  3e-80  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3653  octaprenyl-diphosphate synthase  50.97 
 
 
323 aa  300  3e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  50.96 
 
 
322 aa  299  5e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>