More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_2412 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_2412  Dimethylallyltranstransferase  100 
 
 		 322 aa  645    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00033108 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3011  Polyprenyl synthetase  50 
 
 		 326 aa  270  2.9999999999999997e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3189  trans-hexaprenyltranstransferase  47.35 
 
 		 322 aa  268  8.999999999999999e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0208  trans-hexaprenyltranstransferase  49.22 
 
 		 321 aa  266  4e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.647597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2490  Polyprenyl synthetase  47.73 
 
 		 331 aa  247  2e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1912  Polyprenyl synthetase  43.3 
 
 		 321 aa  231  9e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2277  Polyprenyl synthetase  38.82 
 
 		 322 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  38.23 
 
 		 322 aa  211  9e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2007  trans-hexaprenyltranstransferase  37.35 
 
 		 322 aa  209  4e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00197396  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  37.74 
 
 		 343 aa  209  7e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  37.2 
 
 		 322 aa  206  5e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3743  polyprenyl synthetase  35.62 
 
 		 322 aa  206  5e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  37.01 
 
 		 322 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1586  trans-hexaprenyltranstransferase  38.24 
 
 		 323 aa  204  2e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  36.69 
 
 		 322 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  36.69 
 
 		 322 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  40.99 
 
 		 323 aa  203  4e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  36.69 
 
 		 322 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  36.52 
 
 		 322 aa  202  6e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  36.18 
 
 		 322 aa  202  6e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3230  polyprenyl synthetase  38.97 
 
 		 327 aa  202  7e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00305524  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1983  octaprenyl diphosphate synthase  35.71 
 
 		 322 aa  201  9.999999999999999e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.977315  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0211  Polyprenyl synthetase  37.19 
 
 		 334 aa  200  3e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.301992 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  39.39 
 
 		 330 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2166  trans-hexaprenyltranstransferase  35.5 
 
 		 320 aa  199  6e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0410  polyprenyl synthetase family protein  37.46 
 
 		 328 aa  198  1.0000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3683  polyprenyl synthetase  39.22 
 
 		 322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.719488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1252  trans-hexaprenyltranstransferase  37.07 
 
 		 322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.192713 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0519  polyprenyl synthetase  36.6 
 
 		 356 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1007  phage tail region protein  36.52 
 
 		 320 aa  196  4.0000000000000005e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000193077  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  36.52 
 
 		 370 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  36.52 
 
 		 370 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  36.52 
 
 		 370 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  36.52 
 
 		 370 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1232  Polyprenyl synthetase  35.47 
 
 		 336 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  36.52 
 
 		 370 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  39.84 
 
 		 322 aa  196  5.000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0401  polyprenyl synthetase family protein  38.23 
 
 		 340 aa  196  6e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  36.36 
 
 		 322 aa  196  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1115  Polyprenyl synthetase  36.64 
 
 		 337 aa  196  6e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  39.26 
 
 		 322 aa  196  6e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0855  polyprenyl synthetase  36.33 
 
 		 336 aa  195  7e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215594  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  36.04 
 
 		 322 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2349  octaprenyl diphosphate synthase  36.82 
 
 		 336 aa  194  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130526 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1214  farnesyltranstransferase  36.49 
 
 		 336 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4378  Polyprenyl synthetase  38.05 
 
 		 345 aa  195  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.399439  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  36.88 
 
 		 323 aa  194  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  36.52 
 
 		 323 aa  194  2e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  36.52 
 
 		 323 aa  194  2e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  36.52 
 
 		 323 aa  194  2e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  36.52 
 
 		 323 aa  194  2e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  36.52 
 
 		 323 aa  194  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2749  polyprenyl synthetase  37.42 
 
 		 345 aa  194  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0535555  normal  0.102238 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  36.52 
 
 		 323 aa  194  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3215  farnesyltranstransferase  37.5 
 
 		 336 aa  194  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153645  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  36.52 
 
 		 323 aa  194  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  36.52 
 
 		 323 aa  194  2e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2592  polyprenyl synthetase  37.16 
 
 		 336 aa  193  3e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.114773 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1248  Trans-hexaprenyltranstransferase  35.18 
 
 		 323 aa  193  4e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  37.54 
 
 		 336 aa  193  4e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  36.17 
 
 		 323 aa  193  4e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1088  farnesyltranstransferase  36.15 
 
 		 336 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4239  polyprenyl synthetase  37.37 
 
 		 326 aa  192  5e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000759134  hitchhiker  0.000000348565 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  35.71 
 
 		 322 aa  192  6e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4354  farnesyltranstransferase  36.3 
 
 		 336 aa  192  7e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.523786  hitchhiker  0.00985531 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  38.05 
 
 		 334 aa  192  9e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  35.71 
 
 		 322 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0458  polyprenyl synthetase  38.75 
 
 		 338 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.480075 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1687  farnesyl pyrophosphate synthetase  34.92 
 
 		 332 aa  191  1e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0622197  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4861  polyprenyl synthetase  36.69 
 
 		 322 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.615334  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40810  Trans-hexaprenyltranstransferase  37.46 
 
 		 322 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368005  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0840  trans-hexaprenyltranstransferase  39.86 
 
 		 327 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.24671  normal  0.90387 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0492  polyprenyl synthetase family protein  34.92 
 
 		 332 aa  191  1e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000926468  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3032  trans-hexaprenyltranstransferase  36.13 
 
 		 345 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2959  trans-hexaprenyltranstransferase  40.19 
 
 		 325 aa  189  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0367555  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0360  octaprenyl-diphosphate synthase  35.89 
 
 		 323 aa  189  5e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00089716  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2823  octaprenyl-diphosphate synthase  40.15 
 
 		 322 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000462084  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1353  farnesyltranstransferase  36.81 
 
 		 337 aa  189  5.999999999999999e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.350614  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3108  polyprenyl synthetase  38.24 
 
 		 340 aa  188  9e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.185036 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1350  trans-hexaprenyltranstransferase  37.01 
 
 		 318 aa  188  9e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3427  Polyprenyl synthetase  36.96 
 
 		 340 aa  187  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.640132 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  36.59 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4219  Trans-hexaprenyltranstransferase  41.2 
 
 		 345 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3107  polyprenyl synthetase  40.27 
 
 		 325 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.339313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0711  polyprenyl synthetase  35.92 
 
 		 338 aa  187  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0498261  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1373  polyprenyl synthetase  37.29 
 
 		 335 aa  187  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5347  polyprenyl synthetase  36.25 
 
 		 339 aa  186  4e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.960617 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3068  Polyprenyl synthetase  38.97 
 
 		 325 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3301  Polyprenyl synthetase  36.86 
 
 		 351 aa  186  6e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.470384 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2031  trans-hexaprenyltranstransferase  37.84 
 
 		 333 aa  185  7e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  36.84 
 
 		 323 aa  185  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  39.66 
 
 		 322 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  36.3 
 
 		 323 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000010929  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5487  polyprenyl synthetase  40.16 
 
 		 359 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.057481  normal  0.26211 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2658  Polyprenyl synthetase  38.97 
 
 		 325 aa  183  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0590185  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  35.82 
 
 		 323 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0840  dimethylallyltranstransferase  38.91 
 
 		 327 aa  182  5.0000000000000004e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.440008 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3918  dimethylallyltranstransferase  40.29 
 
 		 342 aa  182  7e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00996484 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0473  trans-hexaprenyltranstransferase  37.09 
 
 		 337 aa  182  7e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.521014  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2582  hypothetical protein  34.08 
 
 		 322 aa  182  8.000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>