More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_3011 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_3011  Polyprenyl synthetase  100 
 
 		 326 aa  657    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0208  trans-hexaprenyltranstransferase  53.75 
 
 		 321 aa  300  2e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.647597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2412  Dimethylallyltranstransferase  50 
 
 		 322 aa  294  2e-78  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00033108 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3189  trans-hexaprenyltranstransferase  50.65 
 
 		 322 aa  280  3e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1912  Polyprenyl synthetase  47.5 
 
 		 321 aa  273  3e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2490  Polyprenyl synthetase  51.68 
 
 		 331 aa  259  4e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1373  polyprenyl synthetase  38.39 
 
 		 335 aa  213  2.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1088  farnesyltranstransferase  37.74 
 
 		 336 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1232  Polyprenyl synthetase  37.42 
 
 		 336 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1214  farnesyltranstransferase  37.74 
 
 		 336 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2349  octaprenyl diphosphate synthase  38.06 
 
 		 336 aa  209  4e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130526 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3215  farnesyltranstransferase  38.06 
 
 		 336 aa  207  3e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153645  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2592  polyprenyl synthetase  37.42 
 
 		 336 aa  206  5e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.114773 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4354  farnesyltranstransferase  37.42 
 
 		 336 aa  205  8e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.523786  hitchhiker  0.00985531 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0722  polyprenyl synthetase  37.27 
 
 		 339 aa  202  4e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.197048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0711  polyprenyl synthetase  37.7 
 
 		 338 aa  202  4e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0498261  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  37.1 
 
 		 322 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0855  polyprenyl synthetase  37.42 
 
 		 336 aa  202  7e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215594  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  36.77 
 
 		 322 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  36.77 
 
 		 322 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  36.45 
 
 		 322 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0519  polyprenyl synthetase  36.77 
 
 		 356 aa  200  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  36.02 
 
 		 322 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  34.62 
 
 		 322 aa  199  5e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  33.97 
 
 		 322 aa  199  5e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4378  Polyprenyl synthetase  37.5 
 
 		 345 aa  199  6e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.399439  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0401  polyprenyl synthetase family protein  36.45 
 
 		 340 aa  198  1.0000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2749  polyprenyl synthetase  36.86 
 
 		 345 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0535555  normal  0.102238 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  36.02 
 
 		 322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0410  polyprenyl synthetase family protein  37.88 
 
 		 328 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  34.6 
 
 		 322 aa  196  3e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0567  Farnesyltranstransferase  37.1 
 
 		 338 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0523  Polyprenyl synthetase  37.1 
 
 		 338 aa  197  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.057969  normal  0.393199 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  35.14 
 
 		 322 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  36.77 
 
 		 322 aa  196  7e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1115  Polyprenyl synthetase  37.54 
 
 		 337 aa  195  9e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  34.5 
 
 		 322 aa  194  1e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3683  polyprenyl synthetase  37.1 
 
 		 322 aa  194  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.719488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2277  Polyprenyl synthetase  35.03 
 
 		 322 aa  193  3e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4861  polyprenyl synthetase  35.48 
 
 		 322 aa  193  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.615334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3301  Polyprenyl synthetase  36.16 
 
 		 351 aa  193  3e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.470384 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0514  trans-hexaprenyltranstransferase  38.71 
 
 		 337 aa  193  4e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  36.13 
 
 		 322 aa  192  5e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  36.98 
 
 		 330 aa  192  6e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0409  Polyprenyl synthetase  34.2 
 
 		 317 aa  192  7e-48  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000164225  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1007  phage tail region protein  33.87 
 
 		 320 aa  192  8e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000193077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  38.91 
 
 		 322 aa  192  8e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3743  polyprenyl synthetase  34.39 
 
 		 322 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0054  Polyprenyl synthetase  36.08 
 
 		 358 aa  190  2.9999999999999997e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00942137  normal  0.0473484 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3068  Polyprenyl synthetase  35.02 
 
 		 325 aa  189  5e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2950  farnesyltranstransferase  35.26 
 
 		 360 aa  188  9e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530131  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0473  trans-hexaprenyltranstransferase  36.99 
 
 		 337 aa  187  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.521014  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  32.81 
 
 		 323 aa  187  3e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5347  polyprenyl synthetase  36.04 
 
 		 339 aa  186  5e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.960617 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2852  octaprenyl-diphosphate synthase  32.61 
 
 		 348 aa  185  7e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000355591  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0472  octaprenyl diphosphate synthase  34.07 
 
 		 323 aa  185  8e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000437093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1687  farnesyl pyrophosphate synthetase  33.75 
 
 		 332 aa  185  9e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0622197  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3427  Polyprenyl synthetase  35.83 
 
 		 340 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.640132 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0458  polyprenyl synthetase  37.14 
 
 		 338 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.480075 
 
 
-
 
NC_002978  WD0799  octaprenyl-diphosphate synthase  33.54 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.286745  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03732  Geranylgeranyl pyrophosphate synthase  32.71 
 
 		 324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.100816  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0492  polyprenyl synthetase family protein  33.44 
 
 		 332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000926468  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3108  polyprenyl synthetase  35.5 
 
 		 340 aa  183  3e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.185036 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1353  farnesyltranstransferase  34.44 
 
 		 337 aa  183  3e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.350614  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2658  Polyprenyl synthetase  34.7 
 
 		 325 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0590185  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40810  Trans-hexaprenyltranstransferase  36.01 
 
 		 322 aa  183  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368005  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  38.33 
 
 		 323 aa  182  5.0000000000000004e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4239  polyprenyl synthetase  34.29 
 
 		 326 aa  182  5.0000000000000004e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000759134  hitchhiker  0.000000348565 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2823  octaprenyl-diphosphate synthase  34.38 
 
 		 322 aa  182  6e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000462084  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0053  trans-hexaprenyltrans transferase  31.79 
 
 		 325 aa  182  7e-45  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0088  octaprenyl-diphosphate synthase  30.84 
 
 		 325 aa  182  8.000000000000001e-45  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.52685  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  32.81 
 
 		 323 aa  181  1e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3354  trans-hexaprenyltranstransferase  31.38 
 
 		 331 aa  181  1e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00431304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1651  Trans-hexaprenyltranstransferase  34.38 
 
 		 322 aa  181  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00299697  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3481  octaprenyl diphosphate synthase  33.44 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000172444  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  32.3 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000010929  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  32.49 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  32.49 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3230  polyprenyl synthetase  35.76 
 
 		 327 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00305524  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  32.49 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  32.49 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  32.49 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  32.49 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  32.49 
 
 		 323 aa  180  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  35 
 
 		 313 aa  179  4e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3448  polyprenyl synthetase  34.94 
 
 		 341 aa  179  4.999999999999999e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.142936 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  33.13 
 
 		 323 aa  179  4.999999999999999e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  32.59 
 
 		 323 aa  179  5.999999999999999e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  31.86 
 
 		 370 aa  178  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  31.86 
 
 		 370 aa  178  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  31.86 
 
 		 370 aa  178  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  31.86 
 
 		 370 aa  178  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  31.86 
 
 		 370 aa  178  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  33.02 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0360  octaprenyl-diphosphate synthase  31.37 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00089716  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2007  trans-hexaprenyltranstransferase  36.82 
 
 		 322 aa  177  1e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00197396  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  32.51 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2004  Trans-hexaprenyltranstransferase  33.65 
 
 		 322 aa  177  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4513  octaprenyl-diphosphate synthase  35.8 
 
 		 327 aa  176  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  32.81 
 
 		 343 aa  177  3e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>