More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccur_03940 on replicon NC_013170
Organism: Cryptobacterium curtum DSM 15641



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013170  Ccur_03940  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  100 
 
 		 354 aa  721    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.530934 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0577  Polyprenyl synthetase  82.13 
 
 		 349 aa  590  1e-167  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.25249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19620  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  76.07 
 
 		 364 aa  550  1e-155  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0263779 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0345  Polyprenyl synthetase  48.99 
 
 		 347 aa  310  2.9999999999999997e-83  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2351  polyprenyl synthetase  38.69 
 
 		 386 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.777136 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2312  polyprenyl synthetase  38.69 
 
 		 386 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2359  polyprenyl synthetase  38.69 
 
 		 386 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.852076  normal  0.554984 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2048  Polyprenyl synthetase  37.15 
 
 		 348 aa  163  4.0000000000000004e-39  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.225827  normal  0.179552 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0472  farnesyltranstransferase  34.83 
 
 		 327 aa  160  3e-38  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0424008  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1125  Polyprenyl synthetase  33.23 
 
 		 350 aa  155  8e-37  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0728299  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2399  farnesyltranstransferase  33.23 
 
 		 322 aa  154  2e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0453989  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  32.54 
 
 		 332 aa  153  4e-36  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0016  Polyprenyl synthetase  36.86 
 
 		 332 aa  152  7e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.24479 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2372  Polyprenyl synthetase  32.84 
 
 		 320 aa  151  2e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.550389  normal  0.440356 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1252  trans-hexaprenyltranstransferase  33.55 
 
 		 322 aa  150  2e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.192713 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2209  farnesyltranstransferase  33.84 
 
 		 325 aa  150  2e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1604  Polyprenyl synthetase  35.49 
 
 		 343 aa  150  4e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.643499 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1816  geranyltranstransferase  34.34 
 
 		 321 aa  150  4e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.204305  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0533  polyprenyl synthetase  37.25 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.506738 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0011  Polyprenyl synthetase  34.7 
 
 		 336 aa  145  1e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1417  dimethylallyltranstransferase / geranyltranstransferase  30.95 
 
 		 321 aa  143  5e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000231045  decreased coverage  0.000138058 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1618  polyprenyl synthetase  34.76 
 
 		 329 aa  142  7e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.399283 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2538  Dimethylallyltranstransferase  33.14 
 
 		 349 aa  142  8e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  33.68 
 
 		 317 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3242  Polyprenyl synthetase  32.63 
 
 		 354 aa  141  1.9999999999999998e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.650754  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2886  farnesyltranstransferase  33.53 
 
 		 320 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.435226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2049  Polyprenyl synthetase  35.45 
 
 		 346 aa  139  6e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  hitchhiker  0.000493992  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  31.35 
 
 		 326 aa  139  6e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1186  polyprenyl synthetase  32.65 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0904  polyprenyl synthetase  33.56 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.28863  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1635  dimethylallyltranstransferase  33.22 
 
 		 317 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.750047  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0606  geranyltranstransferase  33.43 
 
 		 337 aa  136  4e-31  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1188  Polyprenyl synthetase  34.64 
 
 		 324 aa  136  5e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000116702  normal  0.535135 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01980  putative isoprenoid biosynthesis related protein  33 
 
 		 324 aa  136  5e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.586835  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  32.88 
 
 		 317 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.623686 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2608  Polyprenyl synthetase  33.33 
 
 		 344 aa  135  9e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.879675  normal  0.754762 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1286  polyprenyl synthetase  35.69 
 
 		 338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.916051  normal  0.252037 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0443  Dimethylallyltranstransferase  33.03 
 
 		 349 aa  134  3e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.843643  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  37.55 
 
 		 295 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  33.33 
 
 		 327 aa  132  1.0000000000000001e-29  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0963  polyprenyl synthetase  34.43 
 
 		 324 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.728777  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  37.45 
 
 		 295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  31.48 
 
 		 322 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1844  Polyprenyl synthetase  32.97 
 
 		 321 aa  130  2.0000000000000002e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2166  trans-hexaprenyltranstransferase  30.2 
 
 		 320 aa  129  6e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  30.38 
 
 		 322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  31.15 
 
 		 322 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3743  polyprenyl synthetase  30.49 
 
 		 322 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  31.73 
 
 		 333 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0988  trans-hexaprenyltranstransferase  32.45 
 
 		 324 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.955039  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1538  polyprenyl synthetase  38.53 
 
 		 294 aa  126  5e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000356422  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0416  Polyprenyl synthetase  30.39 
 
 		 332 aa  125  9e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0642376 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1219  trans-hexaprenyltranstransferase  32.79 
 
 		 324 aa  124  2e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.581853 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1263  polyprenyl synthetase  31.25 
 
 		 324 aa  124  2e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1103  Polyprenyl synthetase  32.44 
 
 		 324 aa  124  2e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.789784  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0519  polyprenyl synthetase  30.48 
 
 		 356 aa  124  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  32.99 
 
 		 323 aa  124  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3558  Polyprenyl synthetase  29.78 
 
 		 324 aa  124  3e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  31.73 
 
 		 333 aa  123  4e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1400  Polyprenyl synthetase  35.86 
 
 		 356 aa  123  5e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2406  trans-hexaprenyltranstransferase  31.73 
 
 		 333 aa  123  5e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.463272  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  32.76 
 
 		 336 aa  122  6e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0685  GCN5-related N-acetyltransferase  32.88 
 
 		 322 aa  122  6e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.27357  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0471  Polyprenyl synthetase  31.76 
 
 		 362 aa  122  7e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.25272  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1454  Polyprenyl synthetase  33.77 
 
 		 324 aa  122  8e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.322683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  30.38 
 
 		 322 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2928  trans-hexaprenyltranstransferase  31.06 
 
 		 323 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000191483  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  32.3 
 
 		 323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5018  Polyprenyl synthetase  30.21 
 
 		 346 aa  120  3e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61988  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  32.3 
 
 		 323 aa  120  3e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0608  Polyprenyl synthetase  34.26 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.887352 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  32.3 
 
 		 323 aa  120  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  32.3 
 
 		 323 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  32.3 
 
 		 323 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  32.3 
 
 		 323 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1446  isoprenyl synthetase  33.08 
 
 		 331 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  32.3 
 
 		 323 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  32.99 
 
 		 370 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  32.99 
 
 		 370 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  32.99 
 
 		 370 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  32.99 
 
 		 370 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  32.18 
 
 		 323 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  32.3 
 
 		 323 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  32.99 
 
 		 370 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0410  polyprenyl synthetase family protein  29.45 
 
 		 328 aa  120  4.9999999999999996e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0165  polyprenyl synthetase  31.72 
 
 		 334 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1262  Trans-hexaprenyltranstransferase  31.51 
 
 		 320 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1235  Polyprenyl synthetase  32.78 
 
 		 330 aa  119  6e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0413  Polyprenyl synthetase  33.84 
 
 		 337 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2176  polyprenyl synthetase  34.85 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000107352  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03300  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  32.65 
 
 		 337 aa  118  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0181  polyprenyl synthetase  30.42 
 
 		 334 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.375352 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0383  Polyprenyl synthetase  31.05 
 
 		 337 aa  118  1.9999999999999998e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.955565  normal  0.0650374 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3672  Polyprenyl synthetase  28.34 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00904172  normal  0.171557 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2183  Polyprenyl synthetase  37.66 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000465843  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1628  Polyprenyl synthetase  33.03 
 
 		 322 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.310703 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0763  Polyprenyl synthetase  33.67 
 
 		 346 aa  116  5e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3027  Polyprenyl synthetase  32.03 
 
 		 353 aa  116  6e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.2268  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0150  polyprenyl synthetase  30.89 
 
 		 334 aa  116  6e-25  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0401  polyprenyl synthetase family protein  30.72 
 
 		 340 aa  116  6.9999999999999995e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>