More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1400 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_1400  Polyprenyl synthetase  100 
 
 		 356 aa  696    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27930  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  61 
 
 		 361 aa  400  9.999999999999999e-111  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.496263  normal  0.0148812 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2662  Polyprenyl synthetase  52.29 
 
 		 362 aa  305  5.0000000000000004e-82  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3110  Polyprenyl synthetase  49.71 
 
 		 360 aa  304  2.0000000000000002e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3536  polyprenyl synthetase  48.06 
 
 		 359 aa  302  5.000000000000001e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00519723  normal  0.472476 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3027  Polyprenyl synthetase  52.75 
 
 		 353 aa  298  8e-80  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.2268  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2975  polyprenyl synthetase  45.96 
 
 		 359 aa  296  3e-79  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.465028  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3478  polyprenyl synthetase  49.71 
 
 		 360 aa  290  4e-77  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395312  normal  0.0269783 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3280  polyprenyl synthetase  47.85 
 
 		 359 aa  287  2e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.75227  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3269  polyprenyl synthetase  47.85 
 
 		 359 aa  287  2e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3331  polyprenyl synthetase  47.85 
 
 		 359 aa  287  2e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.232682  normal  0.219199 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5028  Polyprenyl synthetase  47.29 
 
 		 357 aa  286  5e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8812  normal  0.206356 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3810  Polyprenyl synthetase  55.1 
 
 		 361 aa  280  2e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3033  Polyprenyl synthetase  46.34 
 
 		 376 aa  280  3e-74  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1051  putative polyprenyl synthase / dimethylallyltranstransferase  48.12 
 
 		 356 aa  279  7e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.154231  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3251  polyprenyl synthetase  49.43 
 
 		 360 aa  278  8e-74  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.698392  normal  0.34714 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1571  Polyprenyl synthetase  48.08 
 
 		 367 aa  274  2.0000000000000002e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.40444 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3199  Polyprenyl synthetase  48.61 
 
 		 377 aa  272  8.000000000000001e-72  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000246433  hitchhiker  0.000997068 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12201  geranylgeranyl pyrophosphate synthetase idsA2  45.94 
 
 		 352 aa  270  4e-71  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1344  polyprenyl synthetase  49.66 
 
 		 358 aa  265  1e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.522192  decreased coverage  0.000335452 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2787  putative farnesyltranstransferase  43.9 
 
 		 355 aa  264  2e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3227  Polyprenyl synthetase  44.85 
 
 		 365 aa  263  3e-69  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274483  normal  0.0178795 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3574  Polyprenyl synthetase  47.01 
 
 		 380 aa  259  4e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.504985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3308  Polyprenyl synthetase  48 
 
 		 375 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.816432  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3084  polyprenyl synthetase  49.04 
 
 		 358 aa  249  4e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1388  polyprenyl synthetase  49.08 
 
 		 634 aa  249  7e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.196896  hitchhiker  0.00569212 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16070  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  41.03 
 
 		 362 aa  243  3e-63  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00352979  normal  0.115981 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1557  polyprenyl synthetase  42.11 
 
 		 364 aa  230  3e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15850  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  44.57 
 
 		 369 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.250165  normal  0.207317 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1558  Polyprenyl synthetase  39.94 
 
 		 364 aa  216  5e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1995  Polyprenyl synthetase  46.05 
 
 		 365 aa  213  4.9999999999999996e-54  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.465551  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2061  Polyprenyl synthetase  43.65 
 
 		 372 aa  210  2e-53  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0993933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14310  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  37.05 
 
 		 377 aa  201  1.9999999999999998e-50  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2550  Polyprenyl synthetase  45.42 
 
 		 377 aa  201  1.9999999999999998e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4930  polyprenyl synthetase  47.87 
 
 		 384 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.654302 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4440  polyprenyl synthetase  46.98 
 
 		 384 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5074  polyprenyl synthetase  38.64 
 
 		 374 aa  196  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5162  polyprenyl synthetase  38.64 
 
 		 374 aa  196  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.18985  normal  0.559036 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0471  Polyprenyl synthetase  42.22 
 
 		 362 aa  194  1e-48  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.25272  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5453  polyprenyl synthetase  38.35 
 
 		 374 aa  195  1e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1577  polyprenyl synthetase  41.67 
 
 		 1155 aa  194  2e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141416 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2503  Polyprenyl synthetase  42.72 
 
 		 385 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000233784  hitchhiker  0.00819501 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13720  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  42.24 
 
 		 373 aa  190  2.9999999999999997e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1848  polyprenyl synthetase  38.54 
 
 		 371 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1125  Polyprenyl synthetase  33.74 
 
 		 350 aa  183  4.0000000000000006e-45  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0728299  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1430  Polyprenyl synthetase  39.18 
 
 		 368 aa  182  6e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.28506  normal  0.583365 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3312  Polyprenyl synthetase  38.16 
 
 		 347 aa  179  7e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2291  polyprenyl synthetase  40.84 
 
 		 418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2252  polyprenyl synthetase  40.84 
 
 		 418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.359432  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2299  polyprenyl synthetase  40.84 
 
 		 418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1911  Polyprenyl synthetase  43.61 
 
 		 362 aa  174  2.9999999999999996e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000671619 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3476  Polyprenyl synthetase  38.82 
 
 		 350 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1363  polyprenyl synthetase  29.53 
 
 		 332 aa  139  1e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.36149  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  29.43 
 
 		 326 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0970  Polyprenyl synthetase  37.78 
 
 		 366 aa  127  3e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0268682 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19620  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  32.92 
 
 		 364 aa  125  2e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0263779 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13433  multi-functional geranylgeranyl pyrophosphate synthetase idsA1: dimethylallyltransferase + geranyltranstransferase + farnesyltranstransferase  37.82 
 
 		 359 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0316  polyprenyl synthetase  25.56 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0314791  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0345  Polyprenyl synthetase  35.68 
 
 		 347 aa  121  1.9999999999999998e-26  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04470  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  39.57 
 
 		 382 aa  119  6e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0577  Polyprenyl synthetase  34.43 
 
 		 349 aa  119  7e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.25249  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0784  polyprenyl synthetase  32.42 
 
 		 325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5018  Polyprenyl synthetase  35.06 
 
 		 346 aa  117  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61988  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1844  Polyprenyl synthetase  28.96 
 
 		 321 aa  115  2.0000000000000002e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2399  farnesyltranstransferase  32.63 
 
 		 322 aa  114  3e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0453989  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6906  Geranylgeranyl pyrophosphate synthase-like protein  41.27 
 
 		 346 aa  114  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2372  Polyprenyl synthetase  32.57 
 
 		 320 aa  114  3e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.550389  normal  0.440356 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  29.45 
 
 		 317 aa  113  6e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  33.33 
 
 		 313 aa  112  7.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1618  polyprenyl synthetase  36.43 
 
 		 329 aa  112  8.000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.399283 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2209  farnesyltranstransferase  28.96 
 
 		 325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0315  Polyprenyl synthetase  28.34 
 
 		 332 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0416  Polyprenyl synthetase  26.82 
 
 		 332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0642376 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0211  Polyprenyl synthetase  31.25 
 
 		 334 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.301992 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1446  isoprenyl synthetase  29.52 
 
 		 331 aa  110  3e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0295  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  35.14 
 
 		 360 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0106667  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  30.54 
 
 		 294 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0690  polyprenyl synthetase  28.24 
 
 		 368 aa  110  5e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  33.68 
 
 		 334 aa  109  6e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0533  polyprenyl synthetase  32.81 
 
 		 338 aa  109  7.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.506738 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0413  Polyprenyl synthetase  29.62 
 
 		 337 aa  109  7.000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21240  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  35.48 
 
 		 358 aa  109  9.000000000000001e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1916  Polyprenyl synthetase  32.54 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03940  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  35.86 
 
 		 354 aa  108  1e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.530934 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  32.63 
 
 		 327 aa  108  1e-22  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  33.81 
 
 		 343 aa  108  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1004  Polyprenyl synthetase  29.26 
 
 		 299 aa  108  2e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000588963  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  28.73 
 
 		 317 aa  107  2e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.623686 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01980  putative isoprenoid biosynthesis related protein  26.85 
 
 		 324 aa  108  2e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.586835  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0851  polyprenyl synthetase  30.55 
 
 		 323 aa  107  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000684066  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0384  polyprenyl synthetase  29.52 
 
 		 332 aa  107  3e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.671664  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0763  Polyprenyl synthetase  37.05 
 
 		 346 aa  107  4e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3558  Polyprenyl synthetase  31.98 
 
 		 324 aa  106  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1286  polyprenyl synthetase  33.92 
 
 		 338 aa  106  5e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.916051  normal  0.252037 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  29.69 
 
 		 323 aa  106  5e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000411512  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  29.94 
 
 		 323 aa  106  6e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  29.94 
 
 		 323 aa  106  6e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  29.94 
 
 		 323 aa  106  6e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5714  polyprenyl synthetase  32.25 
 
 		 338 aa  106  6e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0414957  normal  0.844261 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  29.94 
 
 		 323 aa  106  6e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>