More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3251 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_3251  polyprenyl synthetase  100 
 
 		 360 aa  700    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.698392  normal  0.34714 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3478  polyprenyl synthetase  92.78 
 
 		 360 aa  633  1e-180  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395312  normal  0.0269783 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5028  Polyprenyl synthetase  60.91 
 
 		 357 aa  394  1e-108  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8812  normal  0.206356 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3110  Polyprenyl synthetase  54.65 
 
 		 360 aa  343  2e-93  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1571  Polyprenyl synthetase  55.1 
 
 		 367 aa  342  5e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.40444 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3027  Polyprenyl synthetase  58.96 
 
 		 353 aa  340  2.9999999999999998e-92  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.2268  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3227  Polyprenyl synthetase  50.82 
 
 		 365 aa  329  4e-89  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274483  normal  0.0178795 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27930  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  51.4 
 
 		 361 aa  321  9.999999999999999e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.496263  normal  0.0148812 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1051  putative polyprenyl synthase / dimethylallyltranstransferase  53.98 
 
 		 356 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.154231  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2787  putative farnesyltranstransferase  51.2 
 
 		 355 aa  306  4.0000000000000004e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1400  Polyprenyl synthetase  49.43 
 
 		 356 aa  296  3e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1344  polyprenyl synthetase  50.89 
 
 		 358 aa  295  9e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.522192  decreased coverage  0.000335452 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3084  polyprenyl synthetase  51.14 
 
 		 358 aa  290  4e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3308  Polyprenyl synthetase  52.99 
 
 		 375 aa  287  2e-76  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.816432  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1388  polyprenyl synthetase  55.39 
 
 		 634 aa  285  7e-76  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.196896  hitchhiker  0.00569212 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3536  polyprenyl synthetase  48.27 
 
 		 359 aa  278  1e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00519723  normal  0.472476 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1557  polyprenyl synthetase  50.29 
 
 		 364 aa  277  2e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2975  polyprenyl synthetase  47.4 
 
 		 359 aa  276  3e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.465028  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16070  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  48.53 
 
 		 362 aa  276  4e-73  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00352979  normal  0.115981 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1558  Polyprenyl synthetase  50.58 
 
 		 364 aa  276  4e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15850  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  51.38 
 
 		 369 aa  272  6e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.250165  normal  0.207317 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1995  Polyprenyl synthetase  50.85 
 
 		 365 aa  271  2e-71  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.465551  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2662  Polyprenyl synthetase  47.37 
 
 		 362 aa  263  4e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4440  polyprenyl synthetase  49.57 
 
 		 384 aa  253  5.000000000000001e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2061  Polyprenyl synthetase  49.04 
 
 		 372 aa  251  2e-65  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0993933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2550  Polyprenyl synthetase  49.11 
 
 		 377 aa  251  2e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3269  polyprenyl synthetase  45.8 
 
 		 359 aa  249  8e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3331  polyprenyl synthetase  45.8 
 
 		 359 aa  249  8e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.232682  normal  0.219199 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3280  polyprenyl synthetase  45.8 
 
 		 359 aa  249  8e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.75227  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3033  Polyprenyl synthetase  46.88 
 
 		 376 aa  247  2e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12201  geranylgeranyl pyrophosphate synthetase idsA2  46.25 
 
 		 352 aa  244  9.999999999999999e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0471  Polyprenyl synthetase  48.26 
 
 		 362 aa  243  3e-63  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.25272  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4930  polyprenyl synthetase  49.39 
 
 		 384 aa  242  7e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.654302 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3810  Polyprenyl synthetase  45.58 
 
 		 361 aa  234  1.0000000000000001e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1430  Polyprenyl synthetase  43.58 
 
 		 368 aa  228  1e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.28506  normal  0.583365 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5453  polyprenyl synthetase  41.48 
 
 		 374 aa  225  7e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3199  Polyprenyl synthetase  46.55 
 
 		 377 aa  224  1e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000246433  hitchhiker  0.000997068 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1848  polyprenyl synthetase  40.97 
 
 		 371 aa  224  1e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5074  polyprenyl synthetase  41.19 
 
 		 374 aa  223  3e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5162  polyprenyl synthetase  41.19 
 
 		 374 aa  223  3e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.18985  normal  0.559036 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3312  Polyprenyl synthetase  41.83 
 
 		 347 aa  214  1.9999999999999998e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1911  Polyprenyl synthetase  51.37 
 
 		 362 aa  213  3.9999999999999995e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000671619 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3476  Polyprenyl synthetase  42.98 
 
 		 350 aa  209  5e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1577  polyprenyl synthetase  41.88 
 
 		 1155 aa  209  7e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141416 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3574  Polyprenyl synthetase  39.72 
 
 		 380 aa  201  9.999999999999999e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.504985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14310  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  40.68 
 
 		 377 aa  201  1.9999999999999998e-50  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13720  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  43.17 
 
 		 373 aa  194  2e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2503  Polyprenyl synthetase  41.06 
 
 		 385 aa  186  5e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000233784  hitchhiker  0.00819501 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1125  Polyprenyl synthetase  32.78 
 
 		 350 aa  184  2.0000000000000003e-45  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0728299  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2291  polyprenyl synthetase  40.3 
 
 		 418 aa  182  7e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2252  polyprenyl synthetase  40.3 
 
 		 418 aa  182  8.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.359432  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2299  polyprenyl synthetase  40.3 
 
 		 418 aa  182  8.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0295  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  36.48 
 
 		 360 aa  137  2e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0106667  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0316  polyprenyl synthetase  26.9 
 
 		 341 aa  130  4.0000000000000003e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0314791  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  33.23 
 
 		 322 aa  129  6e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0904  polyprenyl synthetase  28.87 
 
 		 317 aa  125  1e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.28863  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  27.76 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19620  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  32.65 
 
 		 364 aa  124  2e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0263779 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  28.36 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.623686 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  30.46 
 
 		 332 aa  123  6e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0360  octaprenyl-diphosphate synthase  31.09 
 
 		 323 aa  122  7e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00089716  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1635  dimethylallyltranstransferase  28.57 
 
 		 317 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.750047  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0211  Polyprenyl synthetase  32.12 
 
 		 334 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.301992 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4219  Trans-hexaprenyltranstransferase  32.38 
 
 		 345 aa  119  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  30.84 
 
 		 323 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2852  octaprenyl-diphosphate synthase  31.25 
 
 		 348 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000355591  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0340  trans-hexaprenyltranstransferase  31.96 
 
 		 321 aa  117  3e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104163  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1186  polyprenyl synthetase  28.22 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  31.65 
 
 		 331 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  31.65 
 
 		 331 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000587704  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  31.65 
 
 		 331 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0690  polyprenyl synthetase  30.59 
 
 		 368 aa  117  3e-25  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  31.03 
 
 		 323 aa  117  3.9999999999999997e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000010929  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0524  octaprenyl-diphosphate synthase  31.21 
 
 		 331 aa  116  5e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  31.45 
 
 		 330 aa  116  5e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0769  Polyprenyl synthetase  31.8 
 
 		 327 aa  116  6e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  34.41 
 
 		 361 aa  116  6e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.315144  normal  0.841822 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  32.6 
 
 		 334 aa  116  6.9999999999999995e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0658  polyprenyl synthetase  31.61 
 
 		 341 aa  115  8.999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.586121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03732  Geranylgeranyl pyrophosphate synthase  29.17 
 
 		 324 aa  114  3e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.100816  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3107  polyprenyl synthetase  33.67 
 
 		 325 aa  113  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.339313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3324  Polyprenyl synthetase  31.37 
 
 		 331 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000403675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0840  dimethylallyltranstransferase  34.65 
 
 		 327 aa  113  6e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.440008 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04470  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  39.48 
 
 		 382 aa  113  6e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  31.19 
 
 		 323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  31.19 
 
 		 323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  31.19 
 
 		 323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  31.19 
 
 		 323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  32.57 
 
 		 313 aa  112  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2220  trans-hexaprenyltranstransferase  30.13 
 
 		 322 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000307661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  31.19 
 
 		 323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  31.19 
 
 		 323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  31.19 
 
 		 323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  31.19 
 
 		 323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  30.55 
 
 		 370 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1844  Polyprenyl synthetase  27.08 
 
 		 321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  30.55 
 
 		 370 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  30.55 
 
 		 370 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  30.52 
 
 		 323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  30.64 
 
 		 327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>