More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_1557 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008541  Arth_1557  polyprenyl synthetase  100 
 
 
364 aa  725    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1558  Polyprenyl synthetase  85.16 
 
 
364 aa  586  1e-166  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3227  Polyprenyl synthetase  53.18 
 
 
365 aa  352  5e-96  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274483  normal  0.0178795 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3110  Polyprenyl synthetase  49.85 
 
 
360 aa  319  5e-86  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645285  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3027  Polyprenyl synthetase  49.85 
 
 
353 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.2268  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1571  Polyprenyl synthetase  47.63 
 
 
367 aa  300  4e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.40444 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1051  putative polyprenyl synthase / dimethylallyltranstransferase  48.03 
 
 
356 aa  288  9e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.154231  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2550  Polyprenyl synthetase  46.28 
 
 
377 aa  283  3.0000000000000004e-75  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5028  Polyprenyl synthetase  50.43 
 
 
357 aa  282  7.000000000000001e-75  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8812  normal  0.206356 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3478  polyprenyl synthetase  49.42 
 
 
360 aa  278  2e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395312  normal  0.0269783 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13720  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  52.53 
 
 
373 aa  277  2e-73  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15850  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  49.43 
 
 
369 aa  276  3e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.250165  normal  0.207317 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3251  polyprenyl synthetase  50.29 
 
 
360 aa  271  2e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.698392  normal  0.34714 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27930  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  45.71 
 
 
361 aa  262  6.999999999999999e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.496263  normal  0.0148812 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2787  putative farnesyltranstransferase  44.95 
 
 
355 aa  260  3e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1995  Polyprenyl synthetase  47.96 
 
 
365 aa  256  6e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.465551  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3084  polyprenyl synthetase  48.94 
 
 
358 aa  256  6e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16070  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  43.26 
 
 
362 aa  249  6e-65  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00352979  normal  0.115981 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1344  polyprenyl synthetase  44.98 
 
 
358 aa  248  2e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.522192  decreased coverage  0.000335452 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1388  polyprenyl synthetase  46.71 
 
 
634 aa  246  4e-64  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.196896  hitchhiker  0.00569212 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1400  Polyprenyl synthetase  41.74 
 
 
356 aa  245  6.999999999999999e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1911  Polyprenyl synthetase  46.75 
 
 
362 aa  242  7e-63  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000671619 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3536  polyprenyl synthetase  40.56 
 
 
359 aa  242  7e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00519723  normal  0.472476 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2975  polyprenyl synthetase  40.56 
 
 
359 aa  240  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.465028  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3308  Polyprenyl synthetase  44.38 
 
 
375 aa  238  8e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.816432  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2662  Polyprenyl synthetase  42.54 
 
 
362 aa  234  2.0000000000000002e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1430  Polyprenyl synthetase  41.53 
 
 
368 aa  232  7.000000000000001e-60  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.28506  normal  0.583365 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3280  polyprenyl synthetase  41.19 
 
 
359 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.75227  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3269  polyprenyl synthetase  41.19 
 
 
359 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3331  polyprenyl synthetase  41.19 
 
 
359 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.232682  normal  0.219199 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2061  Polyprenyl synthetase  45.86 
 
 
372 aa  230  4e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0993933  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3033  Polyprenyl synthetase  40.7 
 
 
376 aa  222  8e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12201  geranylgeranyl pyrophosphate synthetase idsA2  39.15 
 
 
352 aa  219  6e-56  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3312  Polyprenyl synthetase  39.22 
 
 
347 aa  213  3.9999999999999995e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4440  polyprenyl synthetase  40.28 
 
 
384 aa  202  9e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3476  Polyprenyl synthetase  39.38 
 
 
350 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4930  polyprenyl synthetase  40.59 
 
 
384 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.654302 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3810  Polyprenyl synthetase  39.02 
 
 
361 aa  199  5e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5074  polyprenyl synthetase  36.31 
 
 
374 aa  192  1e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5162  polyprenyl synthetase  36.31 
 
 
374 aa  192  1e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.18985  normal  0.559036 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5453  polyprenyl synthetase  36 
 
 
374 aa  189  9e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14310  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  38.33 
 
 
377 aa  188  1e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1848  polyprenyl synthetase  36.18 
 
 
371 aa  188  1e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3199  Polyprenyl synthetase  39.89 
 
 
377 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000246433  hitchhiker  0.000997068 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0471  Polyprenyl synthetase  38.64 
 
 
362 aa  182  6e-45  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.25272  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2503  Polyprenyl synthetase  38.26 
 
 
385 aa  178  1e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000233784  hitchhiker  0.00819501 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1125  Polyprenyl synthetase  34.07 
 
 
350 aa  170  4e-41  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0728299  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1577  polyprenyl synthetase  36.73 
 
 
1155 aa  170  4e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.141416 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3574  Polyprenyl synthetase  38.63 
 
 
380 aa  161  1e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.504985  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2291  polyprenyl synthetase  35.69 
 
 
418 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2252  polyprenyl synthetase  35.69 
 
 
418 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.359432  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2299  polyprenyl synthetase  35.69 
 
 
418 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0295  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  34.91 
 
 
360 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0106667  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0690  polyprenyl synthetase  32.1 
 
 
368 aa  126  7e-28  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19620  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  32.12 
 
 
364 aa  121  1.9999999999999998e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0263779 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  35.42 
 
 
361 aa  117  3e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.315144  normal  0.841822 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  30.29 
 
 
326 aa  116  6e-25  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01980  putative isoprenoid biosynthesis related protein  28.95 
 
 
324 aa  116  6.9999999999999995e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.586835  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  29.21 
 
 
332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  29.89 
 
 
322 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  31.53 
 
 
327 aa  113  6e-24  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1635  dimethylallyltranstransferase  28.62 
 
 
317 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.750047  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  30.17 
 
 
322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0413  Polyprenyl synthetase  30.03 
 
 
337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04470  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  32.94 
 
 
382 aa  111  2.0000000000000002e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  29.61 
 
 
322 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  30.17 
 
 
322 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  29.61 
 
 
322 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0577  Polyprenyl synthetase  34.5 
 
 
349 aa  110  3e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.25249  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  29.61 
 
 
322 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0384  polyprenyl synthetase  29.01 
 
 
332 aa  110  3e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.671664  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0316  polyprenyl synthetase  26.92 
 
 
341 aa  109  6e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0314791  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0904  polyprenyl synthetase  28.62 
 
 
317 aa  109  8.000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.28863  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0345  Polyprenyl synthetase  34.18 
 
 
347 aa  109  8.000000000000001e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  27.74 
 
 
317 aa  108  1e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  25.99 
 
 
317 aa  108  1e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.623686 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3558  Polyprenyl synthetase  30.98 
 
 
324 aa  108  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358562  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1186  polyprenyl synthetase  29.66 
 
 
320 aa  107  3e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2681  trans-hexaprenyltranstransferase  31.9 
 
 
334 aa  106  6e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1263  polyprenyl synthetase  30.79 
 
 
324 aa  106  6e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03300  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  31.85 
 
 
337 aa  106  6e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03940  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  33.98 
 
 
354 aa  106  7e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.530934 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0011  Polyprenyl synthetase  34.84 
 
 
336 aa  105  9e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4239  polyprenyl synthetase  26.99 
 
 
326 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000759134  hitchhiker  0.000000348565 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  30.77 
 
 
322 aa  105  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1417  dimethylallyltranstransferase / geranyltranstransferase  29.26 
 
 
321 aa  105  1e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000231045  decreased coverage  0.000138058 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3672  Polyprenyl synthetase  28.21 
 
 
323 aa  105  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00904172  normal  0.171557 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  27.83 
 
 
323 aa  103  4e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  27.83 
 
 
323 aa  103  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1446  isoprenyl synthetase  28.57 
 
 
331 aa  103  4e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  27.83 
 
 
323 aa  103  4e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4219  Trans-hexaprenyltranstransferase  31.52 
 
 
345 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  27.83 
 
 
323 aa  103  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  27.83 
 
 
323 aa  103  4e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5744  Dimethylallyltranstransferase  28.61 
 
 
323 aa  103  4e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1252  trans-hexaprenyltranstransferase  29.87 
 
 
322 aa  103  5e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.192713 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  27.83 
 
 
323 aa  103  5e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  27.83 
 
 
323 aa  102  7e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3683  polyprenyl synthetase  29.28 
 
 
322 aa  102  7e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.719488  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  26.93 
 
 
322 aa  102  8e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>