More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_4440 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_4440  polyprenyl synthetase  100 
 
 		 384 aa  753    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4930  polyprenyl synthetase  85.29 
 
 		 384 aa  565  1e-160  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.654302 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3227  Polyprenyl synthetase  45.81 
 
 		 365 aa  268  1e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274483  normal  0.0178795 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3478  polyprenyl synthetase  50.14 
 
 		 360 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395312  normal  0.0269783 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3251  polyprenyl synthetase  49.28 
 
 		 360 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.698392  normal  0.34714 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2975  polyprenyl synthetase  43.94 
 
 		 359 aa  253  5.000000000000001e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.465028  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27930  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  44.48 
 
 		 361 aa  249  4e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.496263  normal  0.0148812 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3536  polyprenyl synthetase  44.23 
 
 		 359 aa  249  8e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00519723  normal  0.472476 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1848  polyprenyl synthetase  46.73 
 
 		 371 aa  246  4.9999999999999997e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3110  Polyprenyl synthetase  45.04 
 
 		 360 aa  246  4.9999999999999997e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2787  putative farnesyltranstransferase  43.26 
 
 		 355 aa  245  6.999999999999999e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1571  Polyprenyl synthetase  44.72 
 
 		 367 aa  246  6.999999999999999e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.40444 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5028  Polyprenyl synthetase  43.79 
 
 		 357 aa  243  3.9999999999999997e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8812  normal  0.206356 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1388  polyprenyl synthetase  50.53 
 
 		 634 aa  239  5e-62  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.196896  hitchhiker  0.00569212 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1051  putative polyprenyl synthase / dimethylallyltranstransferase  48.59 
 
 		 356 aa  235  7e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.154231  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3308  Polyprenyl synthetase  48.22 
 
 		 375 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.816432  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3027  Polyprenyl synthetase  45.98 
 
 		 353 aa  232  1e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.2268  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3084  polyprenyl synthetase  43.5 
 
 		 358 aa  231  2e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5453  polyprenyl synthetase  44.55 
 
 		 374 aa  228  1e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5074  polyprenyl synthetase  43.99 
 
 		 374 aa  228  1e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5162  polyprenyl synthetase  43.99 
 
 		 374 aa  228  1e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.18985  normal  0.559036 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1400  Polyprenyl synthetase  46.98 
 
 		 356 aa  227  3e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3269  polyprenyl synthetase  44.03 
 
 		 359 aa  226  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3331  polyprenyl synthetase  44.03 
 
 		 359 aa  226  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.232682  normal  0.219199 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3280  polyprenyl synthetase  44.03 
 
 		 359 aa  226  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.75227  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1995  Polyprenyl synthetase  48.14 
 
 		 365 aa  224  2e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.465551  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12201  geranylgeranyl pyrophosphate synthetase idsA2  43.06 
 
 		 352 aa  224  2e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3033  Polyprenyl synthetase  42.86 
 
 		 376 aa  223  4.9999999999999996e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2550  Polyprenyl synthetase  48.7 
 
 		 377 aa  221  9.999999999999999e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1344  polyprenyl synthetase  45.87 
 
 		 358 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.522192  decreased coverage  0.000335452 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2662  Polyprenyl synthetase  42.42 
 
 		 362 aa  212  1e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16070  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  40.22 
 
 		 362 aa  208  1e-52  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00352979  normal  0.115981 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2061  Polyprenyl synthetase  43.53 
 
 		 372 aa  202  9.999999999999999e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0993933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1557  polyprenyl synthetase  39.44 
 
 		 364 aa  201  9.999999999999999e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1558  Polyprenyl synthetase  38.98 
 
 		 364 aa  201  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1577  polyprenyl synthetase  40.85 
 
 		 1155 aa  201  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141416 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3810  Polyprenyl synthetase  45.71 
 
 		 361 aa  199  7e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15850  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  41.99 
 
 		 369 aa  197  4.0000000000000005e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.250165  normal  0.207317 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3199  Polyprenyl synthetase  44.38 
 
 		 377 aa  194  2e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000246433  hitchhiker  0.000997068 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3574  Polyprenyl synthetase  40.56 
 
 		 380 aa  194  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.504985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2503  Polyprenyl synthetase  45.1 
 
 		 385 aa  193  3e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000233784  hitchhiker  0.00819501 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3312  Polyprenyl synthetase  40.97 
 
 		 347 aa  193  4e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3476  Polyprenyl synthetase  41.83 
 
 		 350 aa  192  1e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0471  Polyprenyl synthetase  41.85 
 
 		 362 aa  186  6e-46  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.25272  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1911  Polyprenyl synthetase  47.64 
 
 		 362 aa  182  1e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000671619 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1430  Polyprenyl synthetase  39.17 
 
 		 368 aa  179  1e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.28506  normal  0.583365 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2252  polyprenyl synthetase  38.82 
 
 		 418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.359432  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2299  polyprenyl synthetase  38.82 
 
 		 418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2291  polyprenyl synthetase  38.82 
 
 		 418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14310  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  37.42 
 
 		 377 aa  161  2e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13720  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  41.49 
 
 		 373 aa  153  5.9999999999999996e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1125  Polyprenyl synthetase  31.21 
 
 		 350 aa  143  6e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0728299  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  37.58 
 
 		 330 aa  138  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  36.62 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0316  polyprenyl synthetase  26.21 
 
 		 341 aa  124  3e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0314791  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4513  octaprenyl-diphosphate synthase  29.1 
 
 		 327 aa  120  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  35.03 
 
 		 361 aa  119  6e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.315144  normal  0.841822 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1186  polyprenyl synthetase  28.67 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1363  polyprenyl synthetase  27.54 
 
 		 332 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.36149  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1844  Polyprenyl synthetase  30.1 
 
 		 321 aa  119  9.999999999999999e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0851  polyprenyl synthetase  32.7 
 
 		 323 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000684066  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  32.27 
 
 		 323 aa  117  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000612724  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  28.34 
 
 		 332 aa  117  5e-25  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  27.89 
 
 		 317 aa  115  8.999999999999998e-25  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0315  Polyprenyl synthetase  29.81 
 
 		 332 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04470  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  35.95 
 
 		 382 aa  114  4.0000000000000004e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0211  Polyprenyl synthetase  34.38 
 
 		 334 aa  113  6e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.301992 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0970  Polyprenyl synthetase  35.71 
 
 		 366 aa  113  6e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0268682 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1513  farnesyl-diphosphate synthase  36.05 
 
 		 297 aa  113  7.000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0413  Polyprenyl synthetase  29.94 
 
 		 337 aa  113  7.000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  30.25 
 
 		 327 aa  112  1.0000000000000001e-23  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  32.81 
 
 		 323 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0295  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  34.72 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0106667  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  34.77 
 
 		 323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  29.8 
 
 		 326 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0384  polyprenyl synthetase  28.21 
 
 		 332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.671664  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21240  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  39.22 
 
 		 358 aa  111  2.0000000000000002e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0461  geranyltranstransferase (farnesyl-diphosphate synthase)  30.1 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.215839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0383  Polyprenyl synthetase  28.57 
 
 		 337 aa  110  4.0000000000000004e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.955565  normal  0.0650374 
 
 
-
 
NC_002950  PG0784  polyprenyl synthetase  32.39 
 
 		 325 aa  110  5e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  29.92 
 
 		 323 aa  110  5e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3215  Polyprenyl synthetase  36.72 
 
 		 334 aa  110  6e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.119356 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  31.75 
 
 		 323 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  34.02 
 
 		 294 aa  109  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3481  octaprenyl diphosphate synthase  30.22 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000172444  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  33.44 
 
 		 323 aa  108  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13417  polyprenyl synthetase idsB  34.75 
 
 		 350 aa  108  2e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  32.49 
 
 		 333 aa  108  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2220  trans-hexaprenyltranstransferase  32.48 
 
 		 322 aa  107  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000307661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0769  Polyprenyl synthetase  34.04 
 
 		 327 aa  107  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  33.75 
 
 		 323 aa  107  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  33.75 
 
 		 323 aa  107  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  32.11 
 
 		 343 aa  107  4e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3613  octaprenyl diphosphate synthase  30.53 
 
 		 323 aa  107  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000738852  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  33.75 
 
 		 323 aa  107  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3758  octaprenyl diphosphate synthase  30.53 
 
 		 323 aa  107  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000253501  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  33.75 
 
 		 323 aa  107  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  33.75 
 
 		 323 aa  107  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  33.75 
 
 		 323 aa  107  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  33.75 
 
 		 323 aa  107  5e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>