More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3084 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_3084  polyprenyl synthetase  100 
 
 		 358 aa  704    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3027  Polyprenyl synthetase  52.74 
 
 		 353 aa  313  1.9999999999999998e-84  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.2268  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1571  Polyprenyl synthetase  52.38 
 
 		 367 aa  302  6.000000000000001e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.40444 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3227  Polyprenyl synthetase  48.16 
 
 		 365 aa  298  1e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274483  normal  0.0178795 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3110  Polyprenyl synthetase  49.42 
 
 		 360 aa  297  2e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3478  polyprenyl synthetase  50.86 
 
 		 360 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395312  normal  0.0269783 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5028  Polyprenyl synthetase  51.59 
 
 		 357 aa  282  6.000000000000001e-75  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8812  normal  0.206356 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1051  putative polyprenyl synthase / dimethylallyltranstransferase  49.57 
 
 		 356 aa  280  2e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.154231  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2787  putative farnesyltranstransferase  47.75 
 
 		 355 aa  278  1e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1995  Polyprenyl synthetase  49.16 
 
 		 365 aa  270  2.9999999999999997e-71  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.465551  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3251  polyprenyl synthetase  51.14 
 
 		 360 aa  270  4e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.698392  normal  0.34714 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2975  polyprenyl synthetase  50.16 
 
 		 359 aa  265  8e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.465028  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27930  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  46.31 
 
 		 361 aa  263  3e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.496263  normal  0.0148812 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3536  polyprenyl synthetase  49.35 
 
 		 359 aa  263  4.999999999999999e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00519723  normal  0.472476 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3308  Polyprenyl synthetase  49.69 
 
 		 375 aa  261  1e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.816432  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1344  polyprenyl synthetase  47.31 
 
 		 358 aa  261  2e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.522192  decreased coverage  0.000335452 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1388  polyprenyl synthetase  57.26 
 
 		 634 aa  259  7e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.196896  hitchhiker  0.00569212 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1558  Polyprenyl synthetase  46.89 
 
 		 364 aa  258  1e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1400  Polyprenyl synthetase  49.04 
 
 		 356 aa  257  2e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1557  polyprenyl synthetase  48.94 
 
 		 364 aa  256  5e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3269  polyprenyl synthetase  48.77 
 
 		 359 aa  256  6e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3331  polyprenyl synthetase  48.77 
 
 		 359 aa  256  6e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.232682  normal  0.219199 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3280  polyprenyl synthetase  48.77 
 
 		 359 aa  256  6e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.75227  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16070  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  43.79 
 
 		 362 aa  250  3e-65  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00352979  normal  0.115981 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15850  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  48.6 
 
 		 369 aa  247  2e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.250165  normal  0.207317 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2061  Polyprenyl synthetase  47.8 
 
 		 372 aa  243  3e-63  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0993933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3312  Polyprenyl synthetase  44.13 
 
 		 347 aa  240  2.9999999999999997e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3033  Polyprenyl synthetase  43.99 
 
 		 376 aa  239  4e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2662  Polyprenyl synthetase  44.48 
 
 		 362 aa  238  1e-61  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12201  geranylgeranyl pyrophosphate synthetase idsA2  46.96 
 
 		 352 aa  232  6e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3810  Polyprenyl synthetase  46.85 
 
 		 361 aa  229  5e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2550  Polyprenyl synthetase  43.23 
 
 		 377 aa  225  1e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1848  polyprenyl synthetase  41.74 
 
 		 371 aa  223  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3476  Polyprenyl synthetase  43.48 
 
 		 350 aa  218  8.999999999999998e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3199  Polyprenyl synthetase  47.81 
 
 		 377 aa  218  1e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000246433  hitchhiker  0.000997068 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5074  polyprenyl synthetase  43.51 
 
 		 374 aa  216  5e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5162  polyprenyl synthetase  43.51 
 
 		 374 aa  216  5e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.18985  normal  0.559036 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5453  polyprenyl synthetase  43.18 
 
 		 374 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4930  polyprenyl synthetase  47.96 
 
 		 384 aa  211  1e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.654302 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1430  Polyprenyl synthetase  40.4 
 
 		 368 aa  210  3e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.28506  normal  0.583365 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4440  polyprenyl synthetase  43.5 
 
 		 384 aa  210  3e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14310  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  41.46 
 
 		 377 aa  208  1e-52  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1911  Polyprenyl synthetase  45.9 
 
 		 362 aa  204  3e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000671619 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0471  Polyprenyl synthetase  43.65 
 
 		 362 aa  199  3.9999999999999996e-50  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.25272  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2503  Polyprenyl synthetase  41.04 
 
 		 385 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000233784  hitchhiker  0.00819501 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13720  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  40.28 
 
 		 373 aa  182  1e-44  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1125  Polyprenyl synthetase  33.67 
 
 		 350 aa  182  1e-44  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0728299  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1577  polyprenyl synthetase  40 
 
 		 1155 aa  181  1e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141416 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3574  Polyprenyl synthetase  46.75 
 
 		 380 aa  176  7e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.504985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2291  polyprenyl synthetase  40.48 
 
 		 418 aa  156  4e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2252  polyprenyl synthetase  40.48 
 
 		 418 aa  156  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.359432  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2299  polyprenyl synthetase  40.48 
 
 		 418 aa  156  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04470  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  40.22 
 
 		 382 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0295  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  38.38 
 
 		 360 aa  139  4.999999999999999e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0106667  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1263  polyprenyl synthetase  31.09 
 
 		 324 aa  129  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1363  polyprenyl synthetase  27.94 
 
 		 332 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.36149  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  35.26 
 
 		 361 aa  125  9e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.315144  normal  0.841822 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1286  polyprenyl synthetase  33.55 
 
 		 338 aa  125  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.916051  normal  0.252037 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3558  Polyprenyl synthetase  31.6 
 
 		 324 aa  124  3e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  30.35 
 
 		 317 aa  124  3e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.623686 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0533  polyprenyl synthetase  32.9 
 
 		 338 aa  124  4e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.506738 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  30.42 
 
 		 326 aa  122  9e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0970  Polyprenyl synthetase  37.95 
 
 		 366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0268682 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1635  dimethylallyltranstransferase  30.03 
 
 		 317 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.750047  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0904  polyprenyl synthetase  30.35 
 
 		 317 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.28863  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01980  putative isoprenoid biosynthesis related protein  28.71 
 
 		 324 aa  120  3.9999999999999996e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.586835  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1844  Polyprenyl synthetase  28.16 
 
 		 321 aa  119  6e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0384  polyprenyl synthetase  28.52 
 
 		 332 aa  119  7.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.671664  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1417  dimethylallyltranstransferase / geranyltranstransferase  33.21 
 
 		 321 aa  119  9e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000231045  decreased coverage  0.000138058 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  28.85 
 
 		 317 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2399  farnesyltranstransferase  29.07 
 
 		 322 aa  116  6e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0453989  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1186  polyprenyl synthetase  27.67 
 
 		 320 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19620  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  35.48 
 
 		 364 aa  115  1.0000000000000001e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0263779 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  31.42 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5744  Dimethylallyltranstransferase  29.06 
 
 		 323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0690  polyprenyl synthetase  27.08 
 
 		 368 aa  110  3e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0577  Polyprenyl synthetase  34.05 
 
 		 349 aa  110  4.0000000000000004e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.25249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  29.75 
 
 		 322 aa  109  6e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0763  Polyprenyl synthetase  33.44 
 
 		 346 aa  109  6e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21240  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  38.43 
 
 		 358 aa  108  1e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0315  Polyprenyl synthetase  26.86 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3672  Polyprenyl synthetase  30.83 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00904172  normal  0.171557 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40810  Trans-hexaprenyltranstransferase  31.65 
 
 		 322 aa  108  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368005  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  32.54 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1765  geranyltranstransferase  28.53 
 
 		 330 aa  108  2e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.281488 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1503  Dimethylallyltranstransferase  34.51 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.29092 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  29.43 
 
 		 322 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0472  farnesyltranstransferase  30.84 
 
 		 327 aa  107  3e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0424008  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1618  polyprenyl synthetase  37.66 
 
 		 329 aa  107  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.399283 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4861  polyprenyl synthetase  30.97 
 
 		 322 aa  106  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.615334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1446  isoprenyl synthetase  27.36 
 
 		 331 aa  106  5e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  29.2 
 
 		 322 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0345  Polyprenyl synthetase  33.99 
 
 		 347 aa  106  6e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  30.41 
 
 		 322 aa  106  7e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0771  polyprenyl-diphosphate synthase  29.12 
 
 		 297 aa  105  8e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  29.2 
 
 		 322 aa  106  8e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0895  bifunctional short chain isoprenyl diphosphate synthase  30.13 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.224244  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0413  Polyprenyl synthetase  26.56 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0011  Polyprenyl synthetase  33.33 
 
 		 336 aa  105  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  30.51 
 
 		 327 aa  105  2e-21  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>