More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2550 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2550  Polyprenyl synthetase  100 
 
 		 377 aa  741    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3227  Polyprenyl synthetase  48.86 
 
 		 365 aa  285  1.0000000000000001e-75  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274483  normal  0.0178795 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1558  Polyprenyl synthetase  47.83 
 
 		 364 aa  274  2.0000000000000002e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1557  polyprenyl synthetase  46.28 
 
 		 364 aa  266  5.999999999999999e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3478  polyprenyl synthetase  50.3 
 
 		 360 aa  259  6e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395312  normal  0.0269783 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3110  Polyprenyl synthetase  45.1 
 
 		 360 aa  257  3e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27930  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  45.17 
 
 		 361 aa  251  1e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.496263  normal  0.0148812 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1571  Polyprenyl synthetase  46.22 
 
 		 367 aa  251  1e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.40444 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3027  Polyprenyl synthetase  47.35 
 
 		 353 aa  249  7e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.2268  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1051  putative polyprenyl synthase / dimethylallyltranstransferase  47.62 
 
 		 356 aa  249  7e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.154231  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5028  Polyprenyl synthetase  46.73 
 
 		 357 aa  242  9e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8812  normal  0.206356 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2061  Polyprenyl synthetase  46.94 
 
 		 372 aa  239  5e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0993933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3536  polyprenyl synthetase  43.66 
 
 		 359 aa  239  6.999999999999999e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00519723  normal  0.472476 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3251  polyprenyl synthetase  49.4 
 
 		 360 aa  238  2e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.698392  normal  0.34714 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1388  polyprenyl synthetase  54.01 
 
 		 634 aa  237  2e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.196896  hitchhiker  0.00569212 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3308  Polyprenyl synthetase  46.32 
 
 		 375 aa  237  2e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.816432  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2975  polyprenyl synthetase  42.18 
 
 		 359 aa  237  2e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.465028  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1995  Polyprenyl synthetase  44.91 
 
 		 365 aa  234  1.0000000000000001e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.465551  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2787  putative farnesyltranstransferase  44.28 
 
 		 355 aa  232  9e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16070  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  45.02 
 
 		 362 aa  230  3e-59  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00352979  normal  0.115981 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1344  polyprenyl synthetase  43.62 
 
 		 358 aa  226  4e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.522192  decreased coverage  0.000335452 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3084  polyprenyl synthetase  42.9 
 
 		 358 aa  226  4e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15850  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  48.09 
 
 		 369 aa  223  3e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.250165  normal  0.207317 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3280  polyprenyl synthetase  42.86 
 
 		 359 aa  222  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.75227  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3269  polyprenyl synthetase  42.86 
 
 		 359 aa  222  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3331  polyprenyl synthetase  42.86 
 
 		 359 aa  222  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.232682  normal  0.219199 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1400  Polyprenyl synthetase  46.41 
 
 		 356 aa  215  9e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4440  polyprenyl synthetase  46.75 
 
 		 384 aa  212  1e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1911  Polyprenyl synthetase  45.4 
 
 		 362 aa  212  1e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000671619 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4930  polyprenyl synthetase  48.15 
 
 		 384 aa  210  4e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.654302 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12201  geranylgeranyl pyrophosphate synthetase idsA2  41 
 
 		 352 aa  209  4e-53  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3033  Polyprenyl synthetase  42.15 
 
 		 376 aa  206  5e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14310  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  40.12 
 
 		 377 aa  203  4e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3312  Polyprenyl synthetase  41.99 
 
 		 347 aa  203  4e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2662  Polyprenyl synthetase  40.62 
 
 		 362 aa  203  4e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0471  Polyprenyl synthetase  42.82 
 
 		 362 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.25272  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1848  polyprenyl synthetase  40.51 
 
 		 371 aa  197  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3810  Polyprenyl synthetase  44.01 
 
 		 361 aa  192  1e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13720  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  45.51 
 
 		 373 aa  189  9e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5074  polyprenyl synthetase  38.72 
 
 		 374 aa  187  3e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5162  polyprenyl synthetase  38.72 
 
 		 374 aa  187  3e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.18985  normal  0.559036 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3476  Polyprenyl synthetase  40.7 
 
 		 350 aa  186  8e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5453  polyprenyl synthetase  38.11 
 
 		 374 aa  184  3e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2503  Polyprenyl synthetase  40.97 
 
 		 385 aa  183  6e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000233784  hitchhiker  0.00819501 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3574  Polyprenyl synthetase  41.69 
 
 		 380 aa  179  7e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.504985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1430  Polyprenyl synthetase  34.73 
 
 		 368 aa  174  1.9999999999999998e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.28506  normal  0.583365 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3199  Polyprenyl synthetase  42.14 
 
 		 377 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000246433  hitchhiker  0.000997068 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1125  Polyprenyl synthetase  34.22 
 
 		 350 aa  169  5e-41  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0728299  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1577  polyprenyl synthetase  38.21 
 
 		 1155 aa  166  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141416 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2291  polyprenyl synthetase  36.52 
 
 		 418 aa  144  2e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2252  polyprenyl synthetase  36.52 
 
 		 418 aa  144  2e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.359432  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2299  polyprenyl synthetase  36.52 
 
 		 418 aa  144  2e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  30.45 
 
 		 332 aa  124  4e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  35.67 
 
 		 361 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.315144  normal  0.841822 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0316  polyprenyl synthetase  27.24 
 
 		 341 aa  118  9.999999999999999e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0314791  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0295  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  32.12 
 
 		 360 aa  115  8.999999999999998e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0106667  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0690  polyprenyl synthetase  30.45 
 
 		 368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0345  Polyprenyl synthetase  31.67 
 
 		 347 aa  114  2.0000000000000002e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  32.49 
 
 		 313 aa  115  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2220  trans-hexaprenyltranstransferase  32.3 
 
 		 322 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000307661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19620  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  32.77 
 
 		 364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0263779 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  30.1 
 
 		 327 aa  114  2.0000000000000002e-24  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3558  Polyprenyl synthetase  30.65 
 
 		 324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1844  Polyprenyl synthetase  30.87 
 
 		 321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04470  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  37.7 
 
 		 382 aa  111  2.0000000000000002e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  29.83 
 
 		 343 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  30.49 
 
 		 334 aa  109  6e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4219  Trans-hexaprenyltranstransferase  32.03 
 
 		 345 aa  109  8.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  29.75 
 
 		 326 aa  108  1e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1513  farnesyl-diphosphate synthase  34.04 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13433  multi-functional geranylgeranyl pyrophosphate synthetase idsA1: dimethylallyltransferase + geranyltranstransferase + farnesyltranstransferase  33.44 
 
 		 359 aa  107  2e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01980  putative isoprenoid biosynthesis related protein  28.15 
 
 		 324 aa  107  3e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.586835  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1263  polyprenyl synthetase  27.54 
 
 		 324 aa  107  4e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03300  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  31.86 
 
 		 337 aa  106  5e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0577  Polyprenyl synthetase  32.43 
 
 		 349 aa  107  5e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.25249  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0784  polyprenyl synthetase  31.23 
 
 		 325 aa  106  9e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0164  Trans-hexaprenyltranstransferase  31.16 
 
 		 325 aa  105  9e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0195554  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0211  Polyprenyl synthetase  28.31 
 
 		 334 aa  105  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.301992 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1446  isoprenyl synthetase  27.93 
 
 		 331 aa  105  1e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  28.89 
 
 		 323 aa  105  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3918  dimethylallyltranstransferase  30.56 
 
 		 342 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00996484 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1635  dimethylallyltranstransferase  32.1 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.750047  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2886  farnesyltranstransferase  31.01 
 
 		 320 aa  104  3e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.435226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0904  polyprenyl synthetase  32.1 
 
 		 317 aa  104  3e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.28863  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  31.18 
 
 		 323 aa  103  3e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  31.62 
 
 		 330 aa  104  3e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  29.83 
 
 		 317 aa  103  4e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.623686 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0011  Polyprenyl synthetase  32.67 
 
 		 336 aa  103  5e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  29.97 
 
 		 317 aa  103  6e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  30.28 
 
 		 333 aa  103  6e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2399  farnesyltranstransferase  30.51 
 
 		 322 aa  102  7e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0453989  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1004  Polyprenyl synthetase  32.33 
 
 		 299 aa  102  7e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000588963  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  29.59 
 
 		 322 aa  103  7e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2959  trans-hexaprenyltranstransferase  33.44 
 
 		 325 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0367555  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  30.54 
 
 		 322 aa  102  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1618  polyprenyl synthetase  34.04 
 
 		 329 aa  102  1e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.399283 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  29.59 
 
 		 322 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3672  Polyprenyl synthetase  29.21 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00904172  normal  0.171557 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0342  Polyprenyl synthetase  35.86 
 
 		 345 aa  101  2e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.249196 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1651  Trans-hexaprenyltranstransferase  30.62 
 
 		 322 aa  102  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00299697  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>