More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_27930 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_27930  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  100 
 
 		 361 aa  709    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.496263  normal  0.0148812 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1400  Polyprenyl synthetase  61 
 
 		 356 aa  400  9.999999999999999e-111  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3478  polyprenyl synthetase  51.68 
 
 		 360 aa  312  5.999999999999999e-84  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395312  normal  0.0269783 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3110  Polyprenyl synthetase  49.86 
 
 		 360 aa  306  5.0000000000000004e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3536  polyprenyl synthetase  47.8 
 
 		 359 aa  305  6e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00519723  normal  0.472476 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5028  Polyprenyl synthetase  49.72 
 
 		 357 aa  303  4.0000000000000003e-81  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8812  normal  0.206356 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2975  polyprenyl synthetase  45.05 
 
 		 359 aa  295  1e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.465028  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3251  polyprenyl synthetase  51.4 
 
 		 360 aa  293  3e-78  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.698392  normal  0.34714 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2662  Polyprenyl synthetase  49.71 
 
 		 362 aa  291  1e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3027  Polyprenyl synthetase  51.92 
 
 		 353 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.2268  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3033  Polyprenyl synthetase  48.91 
 
 		 376 aa  285  9e-76  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1571  Polyprenyl synthetase  48.21 
 
 		 367 aa  285  9e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.40444 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3810  Polyprenyl synthetase  52.72 
 
 		 361 aa  279  4e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3227  Polyprenyl synthetase  44.81 
 
 		 365 aa  275  8e-73  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274483  normal  0.0178795 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3269  polyprenyl synthetase  46.7 
 
 		 359 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3331  polyprenyl synthetase  46.7 
 
 		 359 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.232682  normal  0.219199 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3280  polyprenyl synthetase  46.7 
 
 		 359 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.75227  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2787  putative farnesyltranstransferase  45.97 
 
 		 355 aa  274  2.0000000000000002e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1051  putative polyprenyl synthase / dimethylallyltranstransferase  48.88 
 
 		 356 aa  269  5e-71  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.154231  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12201  geranylgeranyl pyrophosphate synthetase idsA2  46.15 
 
 		 352 aa  262  8e-69  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1344  polyprenyl synthetase  46.15 
 
 		 358 aa  261  1e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.522192  decreased coverage  0.000335452 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3308  Polyprenyl synthetase  47.84 
 
 		 375 aa  257  2e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.816432  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3084  polyprenyl synthetase  46.31 
 
 		 358 aa  256  5e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3574  Polyprenyl synthetase  46.39 
 
 		 380 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.504985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3199  Polyprenyl synthetase  46.94 
 
 		 377 aa  250  3e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000246433  hitchhiker  0.000997068 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1995  Polyprenyl synthetase  48.12 
 
 		 365 aa  249  7e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.465551  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1388  polyprenyl synthetase  49.12 
 
 		 634 aa  248  9e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.196896  hitchhiker  0.00569212 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16070  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  45.85 
 
 		 362 aa  246  4e-64  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00352979  normal  0.115981 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1557  polyprenyl synthetase  45.68 
 
 		 364 aa  245  9e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2550  Polyprenyl synthetase  47.47 
 
 		 377 aa  236  3e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2061  Polyprenyl synthetase  48.1 
 
 		 372 aa  236  4e-61  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0993933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15850  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  50 
 
 		 369 aa  230  3e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.250165  normal  0.207317 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1558  Polyprenyl synthetase  43.21 
 
 		 364 aa  226  7e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14310  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  40.75 
 
 		 377 aa  220  3e-56  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4930  polyprenyl synthetase  45.77 
 
 		 384 aa  216  4e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.654302 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4440  polyprenyl synthetase  44.85 
 
 		 384 aa  216  7e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5074  polyprenyl synthetase  42.28 
 
 		 374 aa  211  1e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5162  polyprenyl synthetase  42.28 
 
 		 374 aa  211  1e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.18985  normal  0.559036 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5453  polyprenyl synthetase  42.28 
 
 		 374 aa  211  1e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3312  Polyprenyl synthetase  40 
 
 		 347 aa  209  7e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1848  polyprenyl synthetase  42.45 
 
 		 371 aa  205  1e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1430  Polyprenyl synthetase  41.25 
 
 		 368 aa  201  9.999999999999999e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.28506  normal  0.583365 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1911  Polyprenyl synthetase  43.48 
 
 		 362 aa  199  5e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000671619 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2503  Polyprenyl synthetase  43.42 
 
 		 385 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000233784  hitchhiker  0.00819501 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0471  Polyprenyl synthetase  41.82 
 
 		 362 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.25272  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2252  polyprenyl synthetase  39.77 
 
 		 418 aa  194  1e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.359432  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2299  polyprenyl synthetase  39.77 
 
 		 418 aa  194  1e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2291  polyprenyl synthetase  39.77 
 
 		 418 aa  194  1e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1577  polyprenyl synthetase  40.13 
 
 		 1155 aa  192  9e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141416 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3476  Polyprenyl synthetase  40.52 
 
 		 350 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1125  Polyprenyl synthetase  33.85 
 
 		 350 aa  184  2.0000000000000003e-45  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0728299  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13720  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  42.35 
 
 		 373 aa  175  9.999999999999999e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  27.76 
 
 		 326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04470  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  41.99 
 
 		 382 aa  130  3e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0690  polyprenyl synthetase  30.75 
 
 		 368 aa  129  6e-29  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  35.37 
 
 		 333 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01980  putative isoprenoid biosynthesis related protein  28.62 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.586835  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  33.24 
 
 		 322 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1363  polyprenyl synthetase  28.05 
 
 		 332 aa  126  7e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.36149  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  32.68 
 
 		 322 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  32.68 
 
 		 322 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  32.68 
 
 		 322 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  31.78 
 
 		 327 aa  124  4e-27  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0295  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  35.35 
 
 		 360 aa  122  8e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0106667  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0345  Polyprenyl synthetase  32.2 
 
 		 347 aa  122  9e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  33.78 
 
 		 322 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  34.81 
 
 		 331 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  34.81 
 
 		 331 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000587704  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3324  Polyprenyl synthetase  34.81 
 
 		 331 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000403675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  34.81 
 
 		 331 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  34.69 
 
 		 323 aa  120  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000612724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19620  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  29.32 
 
 		 364 aa  120  3.9999999999999996e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0263779 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  32.4 
 
 		 322 aa  119  6e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40810  Trans-hexaprenyltranstransferase  33.98 
 
 		 322 aa  119  7e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368005  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2048  Polyprenyl synthetase  32.67 
 
 		 348 aa  119  7.999999999999999e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.225827  normal  0.179552 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0316  polyprenyl synthetase  23.82 
 
 		 341 aa  118  9.999999999999999e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0314791  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  32.03 
 
 		 317 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  31.56 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  33.86 
 
 		 323 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1004  Polyprenyl synthetase  31.52 
 
 		 299 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000588963  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  33.23 
 
 		 323 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21240  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  40.76 
 
 		 358 aa  117  3e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2399  farnesyltranstransferase  32.9 
 
 		 322 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0453989  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  38.21 
 
 		 361 aa  116  5e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.315144  normal  0.841822 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3090  trans-hexaprenyltranstransferase  33.23 
 
 		 323 aa  116  5e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0851  polyprenyl synthetase  34.7 
 
 		 323 aa  117  5e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000684066  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0784  polyprenyl synthetase  31.72 
 
 		 325 aa  116  6e-25  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0533  polyprenyl synthetase  34.1 
 
 		 338 aa  115  7.999999999999999e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.506738 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1286  polyprenyl synthetase  32.42 
 
 		 338 aa  115  8.999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.916051  normal  0.252037 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  32.7 
 
 		 323 aa  115  8.999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  27.1 
 
 		 317 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.623686 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1651  Trans-hexaprenyltranstransferase  33.33 
 
 		 322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00299697  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0978  trans-hexaprenyltranstransferase  35.12 
 
 		 331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234439  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1635  dimethylallyltranstransferase  27.51 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.750047  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0904  polyprenyl synthetase  27.51 
 
 		 317 aa  114  3e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.28863  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  30.71 
 
 		 332 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2372  Polyprenyl synthetase  30.03 
 
 		 320 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.550389  normal  0.440356 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3558  Polyprenyl synthetase  29.81 
 
 		 324 aa  113  7.000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358562  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4513  octaprenyl-diphosphate synthase  28.69 
 
 		 327 aa  112  8.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1263  polyprenyl synthetase  27.16 
 
 		 324 aa  112  9e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>