More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0496 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0496  dimethylallyltransferase  100 
 
 
575 aa  1145    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.432422  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0392  Dimethylallyltranstransferase  54.63 
 
 
319 aa  296  7e-79  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0147729  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1503  Dimethylallyltranstransferase  50.32 
 
 
319 aa  256  9e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.29092 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  39.1 
 
 
322 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  38.51 
 
 
322 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  38.81 
 
 
322 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  38.81 
 
 
322 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  38.81 
 
 
322 aa  200  5e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  39.1 
 
 
322 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3683  polyprenyl synthetase  41.27 
 
 
322 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.719488  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  40.82 
 
 
322 aa  196  7e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  40.19 
 
 
322 aa  196  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40810  Trans-hexaprenyltranstransferase  39.56 
 
 
322 aa  195  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368005  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4861  polyprenyl synthetase  38.21 
 
 
322 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.615334  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0473  trans-hexaprenyltranstransferase  40.79 
 
 
337 aa  190  5e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.521014  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0211  Polyprenyl synthetase  37.74 
 
 
334 aa  187  4e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.301992 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  40 
 
 
330 aa  186  8e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0472  octaprenyl diphosphate synthase  38.05 
 
 
323 aa  186  9e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000437093  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  37.05 
 
 
322 aa  185  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  38.02 
 
 
334 aa  183  8.000000000000001e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  36.89 
 
 
323 aa  182  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  37.42 
 
 
322 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0360  octaprenyl-diphosphate synthase  36.27 
 
 
323 aa  181  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00089716  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  36.31 
 
 
370 aa  179  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  36.31 
 
 
370 aa  179  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  36.31 
 
 
370 aa  179  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  36.31 
 
 
370 aa  179  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  36.31 
 
 
370 aa  179  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03732  Geranylgeranyl pyrophosphate synthase  34.84 
 
 
324 aa  179  1e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.100816  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1651  Trans-hexaprenyltranstransferase  37.46 
 
 
322 aa  179  1e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00299697  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  36.68 
 
 
323 aa  179  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3973  octaprenyl diphosphate synthase  37.22 
 
 
323 aa  179  2e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000694297  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0054  Polyprenyl synthetase  40.48 
 
 
358 aa  179  2e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00942137  normal  0.0473484 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3758  octaprenyl diphosphate synthase  37.22 
 
 
323 aa  177  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000253501  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  35.69 
 
 
331 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  35.69 
 
 
331 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  37.97 
 
 
323 aa  178  3e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000411512  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3613  octaprenyl diphosphate synthase  37.22 
 
 
323 aa  177  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000738852  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  35.69 
 
 
331 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000587704  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  38.61 
 
 
313 aa  177  3e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1687  farnesyl pyrophosphate synthetase  37.34 
 
 
332 aa  177  4e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0622197  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3324  Polyprenyl synthetase  35.69 
 
 
331 aa  177  4e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000403675  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  38.1 
 
 
323 aa  177  5e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  37.22 
 
 
323 aa  177  7e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  34.46 
 
 
322 aa  177  7e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0492  polyprenyl synthetase family protein  37.14 
 
 
332 aa  176  9.999999999999999e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000926468  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  37.22 
 
 
323 aa  176  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000010929  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3481  octaprenyl diphosphate synthase  36.83 
 
 
323 aa  176  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000172444  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  36.59 
 
 
323 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  36.59 
 
 
323 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  36.59 
 
 
323 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  36.59 
 
 
323 aa  176  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  36.59 
 
 
323 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0524  octaprenyl-diphosphate synthase  35.97 
 
 
331 aa  175  1.9999999999999998e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2277  Polyprenyl synthetase  35.26 
 
 
322 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  36.59 
 
 
323 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  36.28 
 
 
323 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  36.48 
 
 
323 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  36.89 
 
 
323 aa  173  5.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  33.85 
 
 
322 aa  172  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0680  trans-hexaprenyltranstransferase  39.27 
 
 
322 aa  172  2e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000360106  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  35.19 
 
 
322 aa  171  5e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1007  phage tail region protein  36.18 
 
 
320 aa  170  6e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000193077  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0164  Trans-hexaprenyltranstransferase  39.41 
 
 
325 aa  170  8e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0195554  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3032  trans-hexaprenyltranstransferase  33.97 
 
 
345 aa  169  1e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0340  trans-hexaprenyltranstransferase  35.95 
 
 
321 aa  169  1e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104163  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3068  Polyprenyl synthetase  39.02 
 
 
325 aa  169  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1365  Polyprenyl synthetase  36.16 
 
 
322 aa  168  2e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0978  trans-hexaprenyltranstransferase  35.5 
 
 
331 aa  169  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234439  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2184  trans-hexaprenyltranstransferase  38.98 
 
 
340 aa  168  2e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4239  polyprenyl synthetase  34.1 
 
 
326 aa  169  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000759134  hitchhiker  0.000000348565 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0244  octaprenyl-diphosphate synthase  33.33 
 
 
326 aa  167  2.9999999999999998e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000222684  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  35.18 
 
 
323 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0890  polyprenyl synthetase  36.42 
 
 
309 aa  167  4e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0253423 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2823  octaprenyl-diphosphate synthase  39.68 
 
 
322 aa  167  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000462084  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02016  polyprenyl synthetase  37.11 
 
 
332 aa  167  4e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0409  Polyprenyl synthetase  31.21 
 
 
317 aa  167  4e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000164225  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3653  octaprenyl-diphosphate synthase  35.83 
 
 
323 aa  167  5e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6080  polyprenyl synthetase  38.32 
 
 
338 aa  167  5e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.176249 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3220  polyprenyl synthetase  35.83 
 
 
331 aa  166  9e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000594957  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2166  trans-hexaprenyltranstransferase  33.33 
 
 
320 aa  166  9e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  34.85 
 
 
323 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0855  polyprenyl synthetase  39.38 
 
 
336 aa  166  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215594  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3090  trans-hexaprenyltranstransferase  34.43 
 
 
323 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3301  Polyprenyl synthetase  36.84 
 
 
351 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.470384 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  33.54 
 
 
322 aa  165  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2928  trans-hexaprenyltranstransferase  34.07 
 
 
323 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000191483  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1756  trans-hexaprenyltranstransferase  35.33 
 
 
344 aa  165  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.726809  normal  0.071428 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0894  trans-hexaprenyltranstransferase  35.5 
 
 
331 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000238398  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3126  trans-hexaprenyltranstransferase  35.5 
 
 
331 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000273118  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  34.63 
 
 
343 aa  164  3e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2149  heptaprenyl diphosphate synthase component II  36.46 
 
 
320 aa  164  3e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000900813  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2582  hypothetical protein  35.28 
 
 
322 aa  164  4.0000000000000004e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  33.88 
 
 
323 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000612724  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1432  polyprenyl synthetase  38.36 
 
 
344 aa  164  4.0000000000000004e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  35.16 
 
 
323 aa  164  4.0000000000000004e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1574  octaprenyl-diphosphate synthase  34.73 
 
 
349 aa  164  5.0000000000000005e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.836554 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  34.97 
 
 
333 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2709  hypothetical protein  35.28 
 
 
322 aa  164  6e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1350  trans-hexaprenyltranstransferase  35.37 
 
 
318 aa  163  7e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>