More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2618 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A2618  farnesyl-diphosphate synthase  100 
 
 		 305 aa  611  9.999999999999999e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0780  polyprenyl synthetase  61.99 
 
 		 302 aa  317  1e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.175929  normal  0.724613 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1198  polyprenyl synthetase  61.05 
 
 		 301 aa  312  3.9999999999999997e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.805389  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2253  farnesyl-diphosphate synthase  54.58 
 
 		 303 aa  300  2e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0847122  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0313  polyprenyl synthetase  57.46 
 
 		 321 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3315  polyprenyl synthetase  54.76 
 
 		 294 aa  281  1e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0623  polyprenyl synthetase  56.72 
 
 		 308 aa  279  3e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.226314  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7621  farnesyl-diphosphate synthase  56.51 
 
 		 307 aa  278  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0290776  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0497  polyprenyl synthetase  55.91 
 
 		 308 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.385542  normal  0.0104009 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0088  Polyprenyl synthetase  54.7 
 
 		 311 aa  277  2e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0102091  normal  0.401967 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0516  polyprenyl synthetase  54.68 
 
 		 308 aa  275  8e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.472432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0022  farnesyl-diphosphate synthase  60.42 
 
 		 297 aa  273  3e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2194  polyprenyl synthetase  55.44 
 
 		 306 aa  270  2e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0525  Polyprenyl synthetase  55.97 
 
 		 308 aa  269  4e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0818  Polyprenyl synthetase  55.35 
 
 		 309 aa  268  1e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.238069 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0495  polyprenyl synthetase  56.13 
 
 		 308 aa  267  2e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0423  polyprenyl synthetase  53.7 
 
 		 310 aa  264  1e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.175484 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0848  farnesyl-diphosphate synthase  52.31 
 
 		 295 aa  261  1e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.840697  normal  0.407344 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  47.64 
 
 		 295 aa  258  6e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  47.97 
 
 		 295 aa  257  2e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7389  Polyprenyl synthetase  51.87 
 
 		 337 aa  256  3e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1049  farnesyl-diphosphate synthase  48.98 
 
 		 294 aa  255  8e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0120  polyprenyl synthetase  51.88 
 
 		 300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0833  farnesyl-diphosphate synthase  49.47 
 
 		 299 aa  246  4e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0162065  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  45.95 
 
 		 294 aa  245  6.999999999999999e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1417  polyprenyl synthetase  47.02 
 
 		 296 aa  245  6.999999999999999e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.430266  normal  0.288086 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0205  polyprenyl synthetase  55.11 
 
 		 308 aa  239  5e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0937506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0416  Polyprenyl synthetase  50.34 
 
 		 297 aa  238  6.999999999999999e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1126  polyprenyl synthetase  52.4 
 
 		 304 aa  238  6.999999999999999e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1423  Polyprenyl synthetase  44.08 
 
 		 300 aa  238  1e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.37451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6645  polyprenyl synthetase  52.61 
 
 		 290 aa  237  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0105803 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1697  farnesyl-diphosphate synthase  41.96 
 
 		 297 aa  235  6e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.110898 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1526  geranyltranstransferase  45.83 
 
 		 293 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1777  geranyltranstransferase  51.87 
 
 		 304 aa  233  2.0000000000000002e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.66005  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1276  polyprenyl synthetase  45.49 
 
 		 293 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0835849  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0612  polyprenyl synthetase  51.49 
 
 		 323 aa  231  9e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0831  farnesyl-diphosphate synthase  44.95 
 
 		 295 aa  231  1e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000171972  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1358  polyprenyl synthetase  45.1 
 
 		 293 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00331153  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0945  farnesyl-diphosphate synthase  45.18 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3002  Polyprenyl synthetase  45.1 
 
 		 293 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  decreased coverage  0.0000000854993 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0608  Polyprenyl synthetase  44.56 
 
 		 307 aa  231  2e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.887352 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1344  polyprenyl synthetase  45.1 
 
 		 293 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00140947  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1383  polyprenyl synthetase  45.1 
 
 		 293 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1712  geranyltranstransferase  51.49 
 
 		 304 aa  229  4e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11191  polyprenyl synthetase  46.93 
 
 		 300 aa  229  4e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.646183 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2752  Polyprenyl synthetase  49.63 
 
 		 320 aa  228  1e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.882711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2529  polyprenyl synthetase  49.63 
 
 		 320 aa  228  1e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0681  polyprenyl synthetase  47.1 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3432  farnesyl-diphosphate synthase  46.59 
 
 		 315 aa  227  2e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_17563  predicted protein  45.62 
 
 		 312 aa  226  3e-58  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0164113  normal  0.0513256 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15151  polyprenyl synthetase  47.1 
 
 		 299 aa  226  4e-58  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.423714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1663  polyprenyl synthetase  43.42 
 
 		 295 aa  226  4e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.746907  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  46.82 
 
 		 292 aa  226  5.0000000000000005e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3060  farnesyl-diphosphate synthase  44.19 
 
 		 297 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.016258  hitchhiker  0.00000723246 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1500  polyprenyl synthetase  48.67 
 
 		 327 aa  225  7e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09331  polyprenyl synthetase  47.79 
 
 		 306 aa  225  8e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3649  polyprenyl synthetase  47.39 
 
 		 294 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4487  polyprenyl synthetase  47.39 
 
 		 294 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3878  polyprenyl synthetase  47.39 
 
 		 294 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.235577 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0399  polyprenyl synthetase  50.53 
 
 		 287 aa  224  1e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0776  farnesyl-diphosphate synthase  48.4 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.10408 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11761  polyprenyl synthetase  45.59 
 
 		 299 aa  223  2e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0156  Polyprenyl synthetase  46.49 
 
 		 309 aa  223  2e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2212  farnesyl-diphosphate synthase  47.2 
 
 		 294 aa  224  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0152  Polyprenyl synthetase  46.49 
 
 		 309 aa  223  2e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00117274  hitchhiker  0.00332618 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1081  polyprenyl synthetase  45.59 
 
 		 300 aa  224  2e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.168923  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11751  polyprenyl synthetase  45.59 
 
 		 300 aa  223  3e-57  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_19000  farnesyltranstransferase  42.14 
 
 		 337 aa  223  4.9999999999999996e-57  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.916261  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1746  farnesyl-diphosphate synthase  48.54 
 
 		 306 aa  222  6e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3249  polyprenyl synthetase  47.04 
 
 		 294 aa  222  7e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923814  normal  0.018819 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1765  geranyltranstransferase  47.06 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0316781  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3775  polyprenyl synthetase  47.04 
 
 		 294 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0109984  normal  0.0572479 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2789  polyprenyl synthetase  43.92 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00992702  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1538  polyprenyl synthetase  43.16 
 
 		 294 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000356422  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4821  polyprenyl synthetase  46.85 
 
 		 294 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1643  Polyprenyl synthetase  45.86 
 
 		 306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000512207 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0235  polyprenyl synthetase  42.81 
 
 		 297 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1975  geranyltranstransferase  45.86 
 
 		 306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.668358  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2037  polyprenyl synthetase  45.58 
 
 		 296 aa  219  3e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2791  polyprenyl synthetase  53.65 
 
 		 289 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0405242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11601  polyprenyl synthetase  44.85 
 
 		 300 aa  218  7e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0880  farnesyl-diphosphate synthase  47.35 
 
 		 296 aa  218  7.999999999999999e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3221  farnesyl-diphosphate synthase  50.57 
 
 		 295 aa  218  8.999999999999998e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0363  geranyltranstransferase  47.04 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2183  Polyprenyl synthetase  45.45 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000465843  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2990  polyprenyl synthetase  46.07 
 
 		 293 aa  217  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0298794  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0329  geranyltranstransferase  47.04 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1705  geranyltranstransferase  47.04 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1511  geranyltranstransferase  47.04 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0934  geranyltranstransferase  44.76 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.298715  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0843  geranyltranstransferase  47.04 
 
 		 294 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2393  geranyltranstransferase  47.04 
 
 		 294 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2535  geranyltranstransferase  47.04 
 
 		 294 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2803  farnesyl-diphosphate synthase  46.53 
 
 		 293 aa  215  7e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.141503  normal  0.75892 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1456  farnesyl-diphosphate synthase  47.97 
 
 		 299 aa  215  8e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.292762  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4173  farnesyl-diphosphate synthase  44.28 
 
 		 316 aa  215  9e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  normal  0.522672 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3841  farnesyl-diphosphate synthase  50 
 
 		 295 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.599692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3477  polyprenyl synthetase  41.9 
 
 		 293 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171034  hitchhiker  0.00323812 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20600  geranyltranstransferase  50.93 
 
 		 295 aa  213  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.715859  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07880  geranyltranstransferase  50.93 
 
 		 295 aa  213  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.408699  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>