228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_6741 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_6741  putative DNA processing smf-family protein  100 
 
 		 283 aa  541  1e-153  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000806567  normal  0.0643644 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6742  SMF family protein  50.55 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0382369  normal  0.0640366 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0990  DNA protecting protein DprA  43.1 
 
 		 475 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.638055  normal  0.0748697 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6740  SMF family protein  42.4 
 
 		 283 aa  125  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00228077  normal  0.067475 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0671  SMF protein  39.43 
 
 		 394 aa  124  2e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0233  DNA protecting protein DprA  35.35 
 
 		 400 aa  122  6e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1480  DNA protecting protein DprA  42.04 
 
 		 402 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.173906  normal  0.04573 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1158  DNA protecting protein DprA  37.45 
 
 		 408 aa  117  3e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.134749  normal  0.133993 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1177  DNA protecting protein DprA  40.85 
 
 		 402 aa  113  3e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1858  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  41.03 
 
 		 396 aa  114  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.306084  hitchhiker  0.00651172 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2268  DNA protecting protein DprA  36.33 
 
 		 349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09260  DNA protecting protein DprA  39.46 
 
 		 424 aa  110  3e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.180441  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3415  DNA protecting protein DprA  39.26 
 
 		 387 aa  106  3e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11160  DNA protecting protein DprA  36.52 
 
 		 371 aa  106  5e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0892181  normal  0.950847 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3584  DNA processing protein DprA, putative  35.29 
 
 		 446 aa  104  1e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10090  DNA protecting protein DprA  41.27 
 
 		 428 aa  104  2e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2211  DNA protecting protein DprA  35.66 
 
 		 402 aa  102  9e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000321708 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1524  DNA protecting protein DprA  37.55 
 
 		 600 aa  102  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0174562  hitchhiker  0.00583447 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1409  DNA protecting protein DprA  40.26 
 
 		 395 aa  102  1e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.79779  normal  0.0660954 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23650  DNA protecting protein DprA  36.69 
 
 		 399 aa  100  2e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0566962  normal  0.0721644 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2472  DNA protecting protein DprA  36.89 
 
 		 394 aa  100  3e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.156193  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1548  DNA protecting protein DprA  38.12 
 
 		 391 aa  99.8  5e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.20886 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5401  SMF family protein  34.02 
 
 		 310 aa  98.6  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.219936  normal  0.277255 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2511  DNA protecting protein DprA  37.36 
 
 		 386 aa  97.8  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.488528 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3246  DNA protecting protein DprA  34.22 
 
 		 378 aa  95.5  8e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.261915  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09850  DNA protecting protein DprA  35.29 
 
 		 383 aa  94.7  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1209  DNA protecting protein DprA  32.18 
 
 		 452 aa  92  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4138  DNA protecting protein DprA  34.55 
 
 		 388 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.963935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3996  DNA protecting protein DprA  35.36 
 
 		 422 aa  90.1  4e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2204  transcriptional regulator, TrmB  37.71 
 
 		 379 aa  89.4  7e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382652 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1987  DNA processing protein DprA, putative  37.29 
 
 		 376 aa  89  8e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2033  DNA protecting protein DprA  37.29 
 
 		 376 aa  89  8e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.677839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1967  DNA protecting protein DprA  37.29 
 
 		 376 aa  89  8e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.41905 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3718  DNA protecting protein DprA  30.22 
 
 		 389 aa  87.8  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000018591  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3121  DNA protecting protein DprA  32.24 
 
 		 423 aa  87.8  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0011897  normal  0.148234 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1318  DNA protecting protein DprA  31.21 
 
 		 444 aa  83.6  0.000000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2191  DNA protecting protein DprA  31.82 
 
 		 384 aa  80.1  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0946717  normal  0.901386 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2097  DNA protecting protein DprA  35.02 
 
 		 374 aa  79.7  0.00000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0475  Smf family DNA processing protein  33.82 
 
 		 338 aa  75.1  0.000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.966242  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1643  DNA protecting protein DprA  33.2 
 
 		 388 aa  72.8  0.000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0293529  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1000  DNA protecting protein DprA  32.76 
 
 		 395 aa  71.6  0.00000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.390395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0771  DNA protecting protein DprA  34.58 
 
 		 553 aa  70.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0319665 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0890  DNA protecting protein DprA  34.29 
 
 		 395 aa  70.9  0.00000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.135631  normal  0.947282 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0839  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  24.18 
 
 		 362 aa  69.7  0.00000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00754519  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0571  DNA protecting protein DprA  30.08 
 
 		 375 aa  68.9  0.00000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.607235  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12910  hypothetical protein  36.36 
 
 		 389 aa  68.9  0.00000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000201466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  28.21 
 
 		 366 aa  68.9  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1581  DNA processing protein DprA, putative  32.02 
 
 		 425 aa  67.8  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.301322  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1020  Rossmann fold nucleotide-binding protein for DNA uptake  26.63 
 
 		 295 aa  65.9  0.0000000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.274867  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0474  DNA protecting protein DprA  31.53 
 
 		 367 aa  65.9  0.0000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.13893  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0168  DNA protecting protein DprA  32.77 
 
 		 360 aa  65.5  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.208871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4590  DNA protecting protein DprA  32.05 
 
 		 360 aa  65.1  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1159  DNA protecting protein DprA  32.42 
 
 		 668 aa  64.3  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.20942 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1380  DNA protecting protein DprA  26.38 
 
 		 349 aa  63.9  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.261121  normal  0.326941 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  25.42 
 
 		 370 aa  63.5  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2182  DNA protecting protein DprA  25.23 
 
 		 365 aa  63.5  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00480655  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  30.96 
 
 		 386 aa  63.5  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0026  DNA protecting protein DprA  29.41 
 
 		 340 aa  63.2  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1716  DNA protecting protein DprA  32.49 
 
 		 387 aa  63.2  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.913278  normal  0.251857 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4789  SMF family protein  30.04 
 
 		 252 aa  63.2  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.800057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  24.7 
 
 		 362 aa  62.8  0.000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1317  DNA protecting protein DprA  27.64 
 
 		 330 aa  62.8  0.000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  30.47 
 
 		 372 aa  62.4  0.000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20450  predicted Rossmann fold nucleotide-binding protein involved in DNA uptake  33.33 
 
 		 231 aa  62.4  0.000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.549529  normal  0.263835 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1444  DNA processing protein  26.61 
 
 		 364 aa  62  0.000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4323  DNA protecting protein DprA  30.97 
 
 		 418 aa  61.6  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_625  Rossmann fold DNA uptake nucleotide-binding protein  27.2 
 
 		 373 aa  61.6  0.00000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0730  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 373 aa  62  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2338  DNA processing protein DprA, putative  34.35 
 
 		 382 aa  61.6  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1675  DNA protecting protein DprA  23.14 
 
 		 360 aa  60.8  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0238407  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1609  DNA protecting protein DprA  24.78 
 
 		 264 aa  60.8  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.709828  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0718  DNA processing protein DprA, putative  26.8 
 
 		 406 aa  60.5  0.00000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1859  SMF protein  29.03 
 
 		 355 aa  60.5  0.00000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1957  DNA protecting protein DprA  23.26 
 
 		 360 aa  60.5  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  31.32 
 
 		 361 aa  60.1  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0915  Rossmann fold nucleotide-binding protein for DNA uptake  27.84 
 
 		 281 aa  60.1  0.00000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000483862 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  30.99 
 
 		 365 aa  59.7  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0382  DNA protecting protein DprA  28.57 
 
 		 382 aa  59.7  0.00000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0642748 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  30.99 
 
 		 365 aa  59.7  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0295  DNA processing protein DprA, putative  30.04 
 
 		 374 aa  59.3  0.00000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.332984 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0653  DNA protecting protein DprA  26.29 
 
 		 373 aa  59.3  0.00000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.412317  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1377  DNA protecting protein DprA  30.09 
 
 		 366 aa  59.3  0.00000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  32.39 
 
 		 356 aa  58.5  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1209  DNA processing protein DprA, putative  30.87 
 
 		 360 aa  58.2  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  31.08 
 
 		 384 aa  57.8  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0678  putative DNA uptake protein  27.27 
 
 		 514 aa  57.8  0.0000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0214  DNA protecting protein DprA  26.82 
 
 		 372 aa  57  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000401852  normal  0.0161041 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  30.36 
 
 		 358 aa  57.4  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3587  DNA protecting protein DprA  37.2 
 
 		 375 aa  57  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  29.41 
 
 		 338 aa  56.6  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  29.41 
 
 		 338 aa  57  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  29.41 
 
 		 338 aa  57  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  28.92 
 
 		 394 aa  56.6  0.0000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0412  DNA protecting protein DprA  26.36 
 
 		 383 aa  56.2  0.0000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4546  DNA protecting protein DprA  33.65 
 
 		 369 aa  55.8  0.0000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0103  DNA protecting protein DprA  28.63 
 
 		 365 aa  55.8  0.0000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1508  DNA protecting protein DprA  31.36 
 
 		 366 aa  55.8  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.300262 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  29.33 
 
 		 368 aa  55.5  0.0000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  30.14 
 
 		 338 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0922  DNA processing protein, Smf family  23.65 
 
 		 279 aa  55.1  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>