More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4789 on replicon NC_008697
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008697  Noca_4789  SMF family protein  100 
 
 		 252 aa  495  1e-139  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.800057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2268  DNA protecting protein DprA  73.89 
 
 		 349 aa  331  7.000000000000001e-90  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3246  DNA protecting protein DprA  50.45 
 
 		 378 aa  181  1e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.261915  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1318  DNA protecting protein DprA  40.97 
 
 		 444 aa  142  6e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0990  DNA protecting protein DprA  48.7 
 
 		 475 aa  140  9.999999999999999e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.638055  normal  0.0748697 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1209  DNA protecting protein DprA  40.53 
 
 		 452 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0671  SMF protein  40.64 
 
 		 394 aa  137  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1548  DNA protecting protein DprA  42.79 
 
 		 391 aa  136  3.0000000000000003e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.20886 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1858  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  38.43 
 
 		 396 aa  135  8e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.306084  hitchhiker  0.00651172 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09850  DNA protecting protein DprA  42.48 
 
 		 383 aa  134  9.999999999999999e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2191  DNA protecting protein DprA  41.59 
 
 		 384 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0946717  normal  0.901386 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3415  DNA protecting protein DprA  39.91 
 
 		 387 aa  133  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1409  DNA protecting protein DprA  47.71 
 
 		 395 aa  131  9e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.79779  normal  0.0660954 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2097  DNA protecting protein DprA  41.18 
 
 		 374 aa  130  2.0000000000000002e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1158  DNA protecting protein DprA  46.79 
 
 		 408 aa  130  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.134749  normal  0.133993 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0233  DNA protecting protein DprA  40.17 
 
 		 400 aa  129  6e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1524  DNA protecting protein DprA  40.08 
 
 		 600 aa  128  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0174562  hitchhiker  0.00583447 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5401  SMF family protein  47.74 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.219936  normal  0.277255 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11160  DNA protecting protein DprA  43.3 
 
 		 371 aa  122  6e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0892181  normal  0.950847 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1177  DNA protecting protein DprA  39.92 
 
 		 402 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3584  DNA processing protein DprA, putative  42.86 
 
 		 446 aa  116  3e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1643  DNA protecting protein DprA  43.02 
 
 		 388 aa  116  3e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0293529  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2511  DNA protecting protein DprA  39.57 
 
 		 386 aa  115  6e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.488528 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1480  DNA protecting protein DprA  38.66 
 
 		 402 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.173906  normal  0.04573 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2472  DNA protecting protein DprA  47.33 
 
 		 394 aa  112  4.0000000000000004e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.156193  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23650  DNA protecting protein DprA  36.21 
 
 		 399 aa  112  5e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0566962  normal  0.0721644 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3996  DNA protecting protein DprA  40.26 
 
 		 422 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12910  hypothetical protein  42.37 
 
 		 389 aa  108  8.000000000000001e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000201466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3718  DNA protecting protein DprA  33.92 
 
 		 389 aa  107  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000018591  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2211  DNA protecting protein DprA  37.55 
 
 		 402 aa  107  1e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000321708 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4138  DNA protecting protein DprA  39.91 
 
 		 388 aa  107  2e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.963935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  39.74 
 
 		 370 aa  106  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3121  DNA protecting protein DprA  44.51 
 
 		 423 aa  107  3e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0011897  normal  0.148234 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1377  DNA protecting protein DprA  40 
 
 		 366 aa  106  4e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3673  DNA protecting protein DprA  43.27 
 
 		 366 aa  106  4e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.917953  normal  0.236598 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10090  DNA protecting protein DprA  39.34 
 
 		 428 aa  106  4e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0180  DNA protecting protein DprA  34.78 
 
 		 382 aa  105  8e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  35.56 
 
 		 386 aa  105  8e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0571  DNA protecting protein DprA  37.02 
 
 		 375 aa  105  9e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.607235  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1967  DNA protecting protein DprA  42.04 
 
 		 376 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.41905 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1987  DNA processing protein DprA, putative  36.99 
 
 		 376 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2033  DNA protecting protein DprA  36.99 
 
 		 376 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.677839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2204  transcriptional regulator, TrmB  41.72 
 
 		 379 aa  100  3e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382652 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2057  DNA protecting protein DprA  38.51 
 
 		 374 aa  99.4  5e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.448378  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  43.92 
 
 		 405 aa  99  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0168  DNA protecting protein DprA  40.54 
 
 		 360 aa  98.2  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.208871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  42.66 
 
 		 358 aa  97.4  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1380  DNA protecting protein DprA  29.74 
 
 		 349 aa  97.4  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.261121  normal  0.326941 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  40 
 
 		 371 aa  97.1  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  43.24 
 
 		 377 aa  96.3  4e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2182  DNA protecting protein DprA  35 
 
 		 365 aa  96.3  4e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00480655  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  44.93 
 
 		 364 aa  96.7  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  35.65 
 
 		 385 aa  96.7  4e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09260  DNA protecting protein DprA  45.22 
 
 		 424 aa  96.3  4e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.180441  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0567  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 356 aa  95.9  5e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  49.17 
 
 		 366 aa  95.9  6e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1396  DNA processing protein DprA, putative  41.27 
 
 		 368 aa  95.9  6e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.649924  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  34.5 
 
 		 362 aa  95.5  6e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4590  DNA protecting protein DprA  42.04 
 
 		 360 aa  95.5  8e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4073  DNA protecting protein DprA  34.15 
 
 		 368 aa  95.5  8e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0718  DNA processing protein DprA, putative  34.62 
 
 		 406 aa  94.7  1e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  41.22 
 
 		 379 aa  94.7  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07520  DNA protecting protein DprA  31.48 
 
 		 409 aa  94.7  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.891455  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4029  Mg chelatase, subunit ChlI  35.54 
 
 		 748 aa  95.1  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  38.26 
 
 		 359 aa  94  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  46.67 
 
 		 389 aa  93.2  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  40.51 
 
 		 374 aa  93.6  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1644  DNA protecting protein DprA  43.92 
 
 		 395 aa  93.6  3e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.263138 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1348  DNA protecting protein DprA  38.61 
 
 		 361 aa  93.6  3e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0122196  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_625  Rossmann fold DNA uptake nucleotide-binding protein  34.62 
 
 		 373 aa  92.8  4e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0103  DNA protecting protein DprA  39.49 
 
 		 365 aa  92.8  4e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  44.37 
 
 		 408 aa  92.8  5e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1290  DNA protecting protein DprA  34 
 
 		 363 aa  92  8e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00929772  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0839  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  36.25 
 
 		 362 aa  92  9e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00754519  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  40.67 
 
 		 356 aa  91.3  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0127  DNA processing protein DprA, putative  42.66 
 
 		 433 aa  91.3  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  38.46 
 
 		 366 aa  91.7  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0653  DNA protecting protein DprA  34.81 
 
 		 373 aa  91.3  1e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.412317  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1994  DNA protecting protein DprA  32.95 
 
 		 293 aa  90.5  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0660  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 375 aa  90.9  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.137383  normal  0.252364 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1859  SMF protein  41.55 
 
 		 355 aa  90.9  2e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0157  DNA protecting protein DprA  45.74 
 
 		 434 aa  90.5  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38909  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0638  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 375 aa  91.3  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1000  DNA protecting protein DprA  33.53 
 
 		 395 aa  91.3  2e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.390395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1985  DNA protecting protein DprA  35.76 
 
 		 364 aa  90.1  3e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435802  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  38.26 
 
 		 385 aa  89.7  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  38.31 
 
 		 362 aa  89.4  6e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2723  DNA protecting protein DprA  36.36 
 
 		 369 aa  89.4  6e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.36752  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1207  DNA processing protein DprA, putative  35.22 
 
 		 310 aa  89  7e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.172047  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1581  DNA processing protein DprA, putative  38 
 
 		 425 aa  89  7e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.301322  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0148  DNA protecting protein DprA  45.74 
 
 		 434 aa  89  7e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3031  DNA processing protein DprA, putative  40.4 
 
 		 422 aa  89  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.461494  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  42 
 
 		 379 aa  89  7e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4729  DNA processing chain A (DprA/Smf)  40.51 
 
 		 372 aa  89  8e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2419  DNA protecting protein DprA  25 
 
 		 426 aa  88.6  8e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2350  DNA protecting protein DprA  45.74 
 
 		 434 aa  88.6  9e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  40.91 
 
 		 401 aa  88.6  9e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2808  DNA protecting protein DprA  45.74 
 
 		 434 aa  88.6  9e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009433  Rsph17025_4391  SMF family protein  41.6 
 
 		 226 aa  87.8  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0141  DNA processing protein DprA, putative  45.74 
 
 		 396 aa  88.2  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>