More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0412 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0412  DNA protecting protein DprA  100 
 
 		 383 aa  786    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0383  DNA protecting protein DprA  57.22 
 
 		 381 aa  425  1e-118  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.2777  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1447  SMF protein  54.86 
 
 		 385 aa  393  1e-108  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0382  DNA protecting protein DprA  54.57 
 
 		 382 aa  388  1e-107  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0642748 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0314  DNA protecting protein DprA  55.84 
 
 		 392 aa  388  1e-106  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0415  DNA protecting protein DprA  50.66 
 
 		 382 aa  374  1e-102  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.251198 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1766  SMF protein  63.91 
 
 		 286 aa  352  7e-96  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.273008 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  41.55 
 
 		 385 aa  256  4e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  41.27 
 
 		 370 aa  236  4e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  39.78 
 
 		 356 aa  226  4e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  38.32 
 
 		 361 aa  225  9e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  41.59 
 
 		 359 aa  225  1e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  44 
 
 		 358 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_625  Rossmann fold DNA uptake nucleotide-binding protein  37.5 
 
 		 373 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0718  DNA processing protein DprA, putative  38.04 
 
 		 406 aa  220  3e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07520  DNA protecting protein DprA  35.66 
 
 		 409 aa  219  6e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.891455  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4590  DNA protecting protein DprA  38.5 
 
 		 360 aa  219  8.999999999999998e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  42.38 
 
 		 371 aa  217  2e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0168  DNA protecting protein DprA  37.7 
 
 		 360 aa  216  5.9999999999999996e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.208871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0507  DNA protecting protein DprA  39.34 
 
 		 362 aa  216  5.9999999999999996e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.402405  hitchhiker  0.00180808 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  38.93 
 
 		 386 aa  215  9e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0653  DNA protecting protein DprA  37.23 
 
 		 373 aa  215  9.999999999999999e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.412317  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0103  DNA protecting protein DprA  37.47 
 
 		 365 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4546  DNA protecting protein DprA  36.83 
 
 		 369 aa  213  3.9999999999999995e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  40.35 
 
 		 359 aa  213  4.9999999999999996e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  40.52 
 
 		 359 aa  211  3e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  37.17 
 
 		 385 aa  210  3e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  37.02 
 
 		 389 aa  206  4e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  38.07 
 
 		 361 aa  202  6e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  38.07 
 
 		 361 aa  202  8e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  39.62 
 
 		 338 aa  202  9e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  39.31 
 
 		 338 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000224726 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2723  DNA protecting protein DprA  35.5 
 
 		 369 aa  202  9.999999999999999e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.36752  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0029  DNA protecting protein DprA  39.62 
 
 		 338 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  36.03 
 
 		 362 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0034  DNA protecting protein DprA  39.62 
 
 		 338 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  41.97 
 
 		 366 aa  200  3e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  41.86 
 
 		 338 aa  200  3e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  40.38 
 
 		 338 aa  200  3e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  41.86 
 
 		 338 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  41.86 
 
 		 338 aa  199  5e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  41.64 
 
 		 366 aa  199  6e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0214  DNA protecting protein DprA  35.22 
 
 		 372 aa  199  7.999999999999999e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000401852  normal  0.0161041 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  38.94 
 
 		 362 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  38.82 
 
 		 375 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1527  DNA protecting protein DprA  38.61 
 
 		 364 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0993227  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1380  DNA protecting protein DprA  36.61 
 
 		 349 aa  196  5.000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.261121  normal  0.326941 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2057  DNA protecting protein DprA  40.32 
 
 		 374 aa  196  5.000000000000001e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.448378  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1716  DNA protecting protein DprA  38.15 
 
 		 387 aa  196  7e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.913278  normal  0.251857 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  39.8 
 
 		 331 aa  196  7e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  41.1 
 
 		 338 aa  194  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  40.07 
 
 		 372 aa  194  2e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  36.32 
 
 		 368 aa  194  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  41.5 
 
 		 377 aa  193  4e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  37.2 
 
 		 364 aa  193  5e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1433  DNA protecting protein DprA  34.05 
 
 		 363 aa  193  5e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.577785  normal  0.644688 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  39.31 
 
 		 379 aa  192  6e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0049  DNA protecting protein DprA  37.06 
 
 		 368 aa  192  1e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  40.54 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0567  DNA protecting protein DprA  34.13 
 
 		 356 aa  191  2e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2865  DNA processing protein DprA, putative  38.32 
 
 		 371 aa  191  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  38.73 
 
 		 352 aa  191  2e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  40.07 
 
 		 377 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  35.42 
 
 		 365 aa  190  4e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  35.42 
 
 		 365 aa  190  4e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  40.2 
 
 		 338 aa  189  5e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1985  DNA protecting protein DprA  48.17 
 
 		 364 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435802  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3792  SMF protein  31.5 
 
 		 372 aa  189  7e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0217  SMF protein  34.43 
 
 		 374 aa  189  9e-47  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.396484  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0022  DNA-processing protein smf chain A  40.19 
 
 		 362 aa  189  9e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638184  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  37.29 
 
 		 320 aa  189  1e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3718  DNA protecting protein DprA  40.27 
 
 		 389 aa  188  1e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000018591  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  39.25 
 
 		 336 aa  188  1e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  40.2 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0026  DNA protecting protein DprA  39.46 
 
 		 340 aa  188  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1444  DNA processing protein  33.86 
 
 		 364 aa  188  1e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0033  DNA protecting protein DprA  46.55 
 
 		 339 aa  188  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  39.1 
 
 		 365 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0674  DNA protecting protein DprA  36.7 
 
 		 337 aa  187  3e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0035594  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  41.36 
 
 		 366 aa  187  3e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0180  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 382 aa  187  3e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  38.7 
 
 		 365 aa  186  5e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  37.97 
 
 		 388 aa  186  6e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0839  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  41.11 
 
 		 362 aa  186  6e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00754519  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0698  DNA protecting protein DprA  36.7 
 
 		 337 aa  186  7e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.194765  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  38.46 
 
 		 394 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  37.63 
 
 		 379 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  38.06 
 
 		 369 aa  185  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  39.1 
 
 		 365 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00024  DNA protecting protein DprA  37.67 
 
 		 369 aa  185  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.525554  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1675  DNA protecting protein DprA  31.55 
 
 		 360 aa  185  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0238407  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  35.73 
 
 		 364 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0571  DNA protecting protein DprA  34.39 
 
 		 375 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.607235  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0883  putative DNA processing protein DprA  35.87 
 
 		 375 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.430936  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1957  DNA protecting protein DprA  31.85 
 
 		 360 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  36.05 
 
 		 399 aa  184  3e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0890  DNA protecting protein DprA  32.38 
 
 		 395 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.135631  normal  0.947282 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  38.78 
 
 		 365 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  34.75 
 
 		 369 aa  182  6e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  39.62 
 
 		 368 aa  182  6e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>