More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3996 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_3996  DNA protecting protein DprA  100 
 
 		 422 aa  811    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09850  DNA protecting protein DprA  51.44 
 
 		 383 aa  326  5e-88  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1318  DNA protecting protein DprA  52.96 
 
 		 444 aa  320  3.9999999999999996e-86  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1209  DNA protecting protein DprA  52.7 
 
 		 452 aa  318  9e-86  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1548  DNA protecting protein DprA  51.69 
 
 		 391 aa  306  5.0000000000000004e-82  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.20886 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2191  DNA protecting protein DprA  48.19 
 
 		 384 aa  290  4e-77  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0946717  normal  0.901386 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3415  DNA protecting protein DprA  49.23 
 
 		 387 aa  289  7e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1858  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  47.58 
 
 		 396 aa  288  2e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.306084  hitchhiker  0.00651172 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4138  DNA protecting protein DprA  47.44 
 
 		 388 aa  285  8e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.963935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2204  transcriptional regulator, TrmB  49.61 
 
 		 379 aa  285  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382652 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0990  DNA protecting protein DprA  52.8 
 
 		 475 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.638055  normal  0.0748697 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1967  DNA protecting protein DprA  47.23 
 
 		 376 aa  280  4e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.41905 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1987  DNA processing protein DprA, putative  46.97 
 
 		 376 aa  277  3e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2033  DNA protecting protein DprA  46.97 
 
 		 376 aa  277  3e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.677839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0671  SMF protein  51.25 
 
 		 394 aa  266  5e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2097  DNA protecting protein DprA  46.02 
 
 		 374 aa  266  7e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1643  DNA protecting protein DprA  45.66 
 
 		 388 aa  264  3e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0293529  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1158  DNA protecting protein DprA  48.03 
 
 		 408 aa  261  2e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.134749  normal  0.133993 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12910  hypothetical protein  48.02 
 
 		 389 aa  261  2e-68  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000201466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1524  DNA protecting protein DprA  45.63 
 
 		 600 aa  256  5e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0174562  hitchhiker  0.00583447 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3584  DNA processing protein DprA, putative  52 
 
 		 446 aa  256  6e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1409  DNA protecting protein DprA  49.87 
 
 		 395 aa  253  6e-66  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.79779  normal  0.0660954 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3121  DNA protecting protein DprA  44.53 
 
 		 423 aa  250  3e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0011897  normal  0.148234 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3246  DNA protecting protein DprA  44.47 
 
 		 378 aa  239  8e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.261915  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1177  DNA protecting protein DprA  49.23 
 
 		 402 aa  239  1e-61  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0233  DNA protecting protein DprA  51.11 
 
 		 400 aa  237  4e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2472  DNA protecting protein DprA  42.47 
 
 		 394 aa  229  5e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.156193  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5401  SMF family protein  49.62 
 
 		 310 aa  225  1e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.219936  normal  0.277255 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23650  DNA protecting protein DprA  42.44 
 
 		 399 aa  222  8e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0566962  normal  0.0721644 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2211  DNA protecting protein DprA  42.89 
 
 		 402 aa  221  3e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000321708 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2511  DNA protecting protein DprA  42.03 
 
 		 386 aa  216  7e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.488528 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1480  DNA protecting protein DprA  48.76 
 
 		 402 aa  214  2.9999999999999995e-54  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.173906  normal  0.04573 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2268  DNA protecting protein DprA  45.42 
 
 		 349 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09260  DNA protecting protein DprA  41.74 
 
 		 424 aa  200  5e-50  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.180441  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11160  DNA protecting protein DprA  42.41 
 
 		 371 aa  197  2.0000000000000003e-49  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0892181  normal  0.950847 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10090  DNA protecting protein DprA  47.64 
 
 		 428 aa  178  1e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1000  DNA protecting protein DprA  37.54 
 
 		 395 aa  171  3e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.390395  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  43.4 
 
 		 377 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  33.65 
 
 		 362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  44.32 
 
 		 379 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0839  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  34.24 
 
 		 362 aa  165  2.0000000000000002e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00754519  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  39.23 
 
 		 356 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  44.08 
 
 		 389 aa  163  6e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  37.46 
 
 		 394 aa  163  6e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2057  DNA protecting protein DprA  34.47 
 
 		 374 aa  162  8.000000000000001e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.448378  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0157  DNA protecting protein DprA  42.08 
 
 		 434 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38909  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4590  DNA protecting protein DprA  38.05 
 
 		 360 aa  160  4e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  38.91 
 
 		 358 aa  160  4e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  45.02 
 
 		 421 aa  160  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0168  DNA protecting protein DprA  40.89 
 
 		 360 aa  160  5e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.208871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0148  DNA protecting protein DprA  42.08 
 
 		 434 aa  160  5e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  37.19 
 
 		 377 aa  159  7e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0345  SMF family protein  44.1 
 
 		 434 aa  159  8e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3066  DNA protecting protein DprA  49.75 
 
 		 422 aa  159  8e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  49.75 
 
 		 475 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0141  DNA processing protein DprA, putative  44.1 
 
 		 396 aa  159  9e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2273  DNA protecting protein DprA  44.1 
 
 		 396 aa  159  9e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  42.86 
 
 		 402 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  44.93 
 
 		 405 aa  159  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2350  DNA protecting protein DprA  44.1 
 
 		 434 aa  159  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2808  DNA protecting protein DprA  44.1 
 
 		 434 aa  159  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0308  DNA protecting protein DprA  44.55 
 
 		 422 aa  158  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  49.25 
 
 		 422 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  31.25 
 
 		 370 aa  157  3e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  42.99 
 
 		 448 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  35.64 
 
 		 361 aa  157  3e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2514  DNA processing protein DprA, putative  49.25 
 
 		 475 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  46.92 
 
 		 365 aa  157  3e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  41.58 
 
 		 386 aa  157  3e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1317  DNA protecting protein DprA  39.05 
 
 		 330 aa  157  4e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3183  DNA protecting protein DprA  48.26 
 
 		 422 aa  156  7e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  40.85 
 
 		 331 aa  155  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  32.74 
 
 		 352 aa  155  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  35.53 
 
 		 338 aa  154  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0127  DNA processing protein DprA, putative  47.21 
 
 		 433 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  41.07 
 
 		 368 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  36.41 
 
 		 372 aa  154  2.9999999999999998e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  38.89 
 
 		 374 aa  153  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1801  DNA processing protein DprA, putative  37.24 
 
 		 375 aa  153  5e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.10636  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  37.64 
 
 		 336 aa  153  5e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  36.25 
 
 		 399 aa  153  5.9999999999999996e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0567  DNA protecting protein DprA  40.56 
 
 		 356 aa  153  7e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1572  DNA protecting protein DprA  29.38 
 
 		 333 aa  152  1e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2338  DNA processing protein DprA, putative  37.3 
 
 		 382 aa  152  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  42.92 
 
 		 338 aa  152  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  42.04 
 
 		 401 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0571  DNA protecting protein DprA  42.15 
 
 		 375 aa  151  3e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.607235  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  38.49 
 
 		 371 aa  151  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  31.23 
 
 		 399 aa  150  4e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  33.88 
 
 		 366 aa  150  5e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  36.57 
 
 		 359 aa  149  7e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1716  DNA protecting protein DprA  38.02 
 
 		 387 aa  149  7e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.913278  normal  0.251857 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  41.63 
 
 		 401 aa  149  8e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  35.92 
 
 		 359 aa  149  8e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0698  DNA protecting protein DprA  35.2 
 
 		 337 aa  149  8e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.194765  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  39.05 
 
 		 385 aa  149  9e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  42.44 
 
 		 364 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  42.38 
 
 		 372 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3718  DNA protecting protein DprA  36.17 
 
 		 389 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000018591  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1290  DNA protecting protein DprA  34.67 
 
 		 363 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00929772  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>