More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_0308 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0308  DNA protecting protein DprA  100 
 
 		 422 aa  823    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  84.94 
 
 		 421 aa  665    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  63.72 
 
 		 389 aa  483  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  58.09 
 
 		 448 aa  425  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  56.66 
 
 		 422 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  57.42 
 
 		 475 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2514  DNA processing protein DprA, putative  57.18 
 
 		 475 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3066  DNA protecting protein DprA  55.39 
 
 		 422 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3183  DNA protecting protein DprA  55.88 
 
 		 422 aa  393  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0148  DNA protecting protein DprA  57.04 
 
 		 434 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0157  DNA protecting protein DprA  56.8 
 
 		 434 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38909  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0345  SMF family protein  56.55 
 
 		 434 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0141  DNA processing protein DprA, putative  56.07 
 
 		 396 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2273  DNA protecting protein DprA  56.07 
 
 		 396 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2808  DNA protecting protein DprA  56.07 
 
 		 434 aa  371  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2350  DNA protecting protein DprA  56.07 
 
 		 434 aa  371  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0127  DNA processing protein DprA, putative  68.04 
 
 		 433 aa  364  1e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3125  DNA protecting protein DprA  56.62 
 
 		 425 aa  363  2e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.142757 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  51.49 
 
 		 379 aa  351  1e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  50.12 
 
 		 402 aa  332  5e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  59.18 
 
 		 401 aa  327  4.0000000000000003e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  51.1 
 
 		 401 aa  325  1e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  48.2 
 
 		 336 aa  325  1e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5115  DNA protecting protein DprA  47.78 
 
 		 382 aa  312  5.999999999999999e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  49.02 
 
 		 365 aa  312  9e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4084  DNA protecting protein DprA  46.28 
 
 		 399 aa  308  1.0000000000000001e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.168592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  53.31 
 
 		 372 aa  304  2.0000000000000002e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  46.45 
 
 		 408 aa  303  5.000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  48.42 
 
 		 358 aa  301  1e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  44.84 
 
 		 374 aa  296  7e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3862  DNA processing protein DprA, putative  42.09 
 
 		 409 aa  292  8e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4049  Fis family transcriptional regulator  44.73 
 
 		 386 aa  291  1e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0097  DNA protecting protein DprA  49.53 
 
 		 387 aa  291  2e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0348  DNA protecting protein DprA  47.45 
 
 		 379 aa  290  4e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.083083 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3394  DNA protecting protein DprA  44.26 
 
 		 386 aa  288  1e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  61.8 
 
 		 320 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3567  DNA processing protein DprA, putative  45.37 
 
 		 371 aa  285  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  52.72 
 
 		 399 aa  283  4.0000000000000003e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  42.44 
 
 		 368 aa  269  7e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  43.6 
 
 		 365 aa  266  4e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  43.6 
 
 		 365 aa  266  4e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  40.69 
 
 		 388 aa  264  2e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  42.89 
 
 		 384 aa  263  3e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  41.45 
 
 		 377 aa  261  2e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  51.03 
 
 		 375 aa  258  1e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0835  DNA protecting protein DprA  41.72 
 
 		 405 aa  254  3e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  39.36 
 
 		 377 aa  252  8.000000000000001e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  40.92 
 
 		 379 aa  248  2e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  39.71 
 
 		 364 aa  245  9e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  35.35 
 
 		 369 aa  244  3e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  38.41 
 
 		 369 aa  243  6e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  38.33 
 
 		 386 aa  242  1e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  48.06 
 
 		 358 aa  241  2e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04053  DNA protecting protein DprA  44.74 
 
 		 311 aa  238  2e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  37.95 
 
 		 369 aa  237  3e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  38.67 
 
 		 361 aa  236  5.0000000000000005e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  39.52 
 
 		 399 aa  236  5.0000000000000005e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  36.91 
 
 		 361 aa  234  2.0000000000000002e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  37.47 
 
 		 359 aa  234  3e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  37.62 
 
 		 371 aa  233  7.000000000000001e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  38.46 
 
 		 352 aa  232  9e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1867  DNA protecting protein DprA  39.31 
 
 		 381 aa  231  2e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  36.7 
 
 		 359 aa  230  3e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1931  DNA processing chain A  39.31 
 
 		 381 aa  231  3e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  50.85 
 
 		 394 aa  229  9e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3587  DNA protecting protein DprA  44.15 
 
 		 375 aa  226  4e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  46.98 
 
 		 356 aa  226  7e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  45.72 
 
 		 368 aa  225  9e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  49.8 
 
 		 405 aa  225  1e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  37.68 
 
 		 308 aa  224  2e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2471  Smf/DprA family protein  38.48 
 
 		 371 aa  224  2e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  45.99 
 
 		 365 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  36.48 
 
 		 359 aa  223  6e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  37.68 
 
 		 296 aa  222  9e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  37.5 
 
 		 331 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  38.78 
 
 		 389 aa  219  5e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  44.75 
 
 		 365 aa  219  6e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  44.98 
 
 		 385 aa  219  6e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  44.56 
 
 		 364 aa  219  7e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  36.52 
 
 		 361 aa  219  7.999999999999999e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  36.17 
 
 		 383 aa  218  1e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  36.43 
 
 		 385 aa  219  1e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  36.1 
 
 		 379 aa  218  1e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  44.07 
 
 		 365 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03136  hypothetical protein  38.92 
 
 		 374 aa  217  4e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.393563  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0428  DNA protecting protein DprA  38.92 
 
 		 374 aa  217  4e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3479  DNA protecting protein DprA  38.92 
 
 		 374 aa  217  4e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000661668  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0428  DNA protecting protein DprA  38.92 
 
 		 374 aa  217  4e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0030328  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03087  hypothetical protein  38.92 
 
 		 374 aa  217  4e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4608  DNA protecting protein DprA  38.92 
 
 		 374 aa  216  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0168836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  47.9 
 
 		 365 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2080  DNA protecting protein DprA  56.86 
 
 		 229 aa  215  9e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  43 
 
 		 372 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  51.33 
 
 		 366 aa  215  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3670  DNA protecting protein DprA  38.64 
 
 		 374 aa  215  9.999999999999999e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.206561  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3768  DNA protecting protein DprA  38.64 
 
 		 374 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00137702  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  48.23 
 
 		 338 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  48.23 
 
 		 338 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  48.23 
 
 		 338 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3581  DNA protecting protein DprA  38.35 
 
 		 374 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0315496  normal  0.18869 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>