More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_2080 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_2080  DNA protecting protein DprA  100 
 
 		 229 aa  463  9.999999999999999e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  54.85 
 
 		 389 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  53.77 
 
 		 401 aa  219  3e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0127  DNA processing protein DprA, putative  56.67 
 
 		 433 aa  219  3e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  55.29 
 
 		 336 aa  219  3e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0157  DNA protecting protein DprA  55.76 
 
 		 434 aa  219  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38909  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0148  DNA protecting protein DprA  55.76 
 
 		 434 aa  218  6e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0141  DNA processing protein DprA, putative  55.5 
 
 		 396 aa  218  7e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2273  DNA protecting protein DprA  55.5 
 
 		 396 aa  218  7e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0345  SMF family protein  55.76 
 
 		 434 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2808  DNA protecting protein DprA  55.76 
 
 		 434 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2350  DNA protecting protein DprA  55.76 
 
 		 434 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  57.92 
 
 		 448 aa  216  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0308  DNA protecting protein DprA  56.86 
 
 		 422 aa  215  4e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  56.37 
 
 		 421 aa  214  7e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  57.43 
 
 		 475 aa  214  8e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  55.24 
 
 		 379 aa  213  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3066  DNA protecting protein DprA  57.43 
 
 		 422 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  55.56 
 
 		 320 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3183  DNA protecting protein DprA  56.93 
 
 		 422 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2514  DNA processing protein DprA, putative  56.93 
 
 		 475 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  56.44 
 
 		 422 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  53.08 
 
 		 377 aa  212  4.9999999999999996e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  56.52 
 
 		 365 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  55.3 
 
 		 374 aa  211  5.999999999999999e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  55.39 
 
 		 394 aa  211  7e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  56.07 
 
 		 399 aa  211  7.999999999999999e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  53.88 
 
 		 402 aa  209  3e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4084  DNA protecting protein DprA  54.34 
 
 		 399 aa  209  3e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.168592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  53.49 
 
 		 352 aa  209  3e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0357  DNA protecting protein DprA  49.35 
 
 		 377 aa  209  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0657137  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  53.4 
 
 		 401 aa  208  6e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  52.4 
 
 		 405 aa  207  7e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  54.37 
 
 		 365 aa  207  8e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  54.37 
 
 		 365 aa  207  8e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  52.38 
 
 		 361 aa  206  3e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0348  DNA protecting protein DprA  54.72 
 
 		 379 aa  206  4e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.083083 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  52.38 
 
 		 361 aa  205  5e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00024  DNA protecting protein DprA  51.18 
 
 		 369 aa  204  9e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.525554  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  57.29 
 
 		 375 aa  204  1e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  52.88 
 
 		 372 aa  203  2e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  51.23 
 
 		 369 aa  202  3e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  53.62 
 
 		 364 aa  202  4e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2471  Smf/DprA family protein  54.19 
 
 		 371 aa  202  4e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  55.5 
 
 		 384 aa  201  5e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  49.04 
 
 		 377 aa  201  6e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04053  DNA protecting protein DprA  53.17 
 
 		 311 aa  201  6e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1801  DNA processing protein DprA, putative  52.4 
 
 		 375 aa  201  6e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.10636  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3862  DNA processing protein DprA, putative  48.56 
 
 		 409 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0835  DNA protecting protein DprA  50.68 
 
 		 405 aa  199  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  52.45 
 
 		 388 aa  199  3.9999999999999996e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3772  DNA protecting protein DprA  52.66 
 
 		 374 aa  198  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1867  DNA protecting protein DprA  51.96 
 
 		 381 aa  198  6e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0890  DNA protecting protein DprA  50.24 
 
 		 395 aa  198  6e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.135631  normal  0.947282 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1931  DNA processing chain A  51.96 
 
 		 381 aa  198  6e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4049  Fis family transcriptional regulator  53.46 
 
 		 386 aa  198  6e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  51.71 
 
 		 379 aa  198  7e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3394  DNA protecting protein DprA  53 
 
 		 386 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  49.79 
 
 		 408 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3674  DNA protecting protein DprA  52.17 
 
 		 374 aa  196  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3709  DNA protecting protein DprA  52.17 
 
 		 374 aa  196  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.173213  normal  0.0813608 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3601  DNA protecting protein DprA  52.17 
 
 		 374 aa  196  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000541333  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1779  SMF family protein  62.26 
 
 		 161 aa  196  3e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  53.33 
 
 		 358 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  52.68 
 
 		 365 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0097  DNA protecting protein DprA  56.59 
 
 		 387 aa  195  5.000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  52.61 
 
 		 368 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0440  DNA protecting protein DprA  50.24 
 
 		 377 aa  194  7e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.303838  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3567  DNA processing protein DprA, putative  56.25 
 
 		 371 aa  194  8.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  50.98 
 
 		 338 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  54.15 
 
 		 362 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  50.98 
 
 		 338 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  49.51 
 
 		 399 aa  194  9e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  50.98 
 
 		 338 aa  194  9e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  52.94 
 
 		 365 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  50.49 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3602  DNA protecting protein DprA  51.69 
 
 		 374 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.62233 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0022  DNA-processing protein smf chain A  53.92 
 
 		 362 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638184  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  52.66 
 
 		 365 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  54.68 
 
 		 368 aa  193  2e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  52.94 
 
 		 365 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  49.75 
 
 		 338 aa  192  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3825  DNA protecting protein DprA  51.92 
 
 		 592 aa  192  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188675  normal  0.0366246 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  50.49 
 
 		 296 aa  192  3e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3967  DNA protecting protein DprA  51.22 
 
 		 373 aa  192  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.104375  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  49.27 
 
 		 366 aa  191  7e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  48.06 
 
 		 362 aa  191  7e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  50 
 
 		 366 aa  190  1e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  51.23 
 
 		 369 aa  191  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  51.92 
 
 		 366 aa  190  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  52.2 
 
 		 372 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  47.83 
 
 		 362 aa  190  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  49.05 
 
 		 372 aa  190  2e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3125  DNA protecting protein DprA  58.42 
 
 		 425 aa  189  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.142757 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4608  DNA protecting protein DprA  50.72 
 
 		 374 aa  189  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0168836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2723  DNA protecting protein DprA  46.6 
 
 		 369 aa  189  2.9999999999999997e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.36752  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  50.74 
 
 		 369 aa  188  5e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  49.3 
 
 		 394 aa  188  5.999999999999999e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0428  DNA protecting protein DprA  50.24 
 
 		 374 aa  187  8e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03087  hypothetical protein  50.24 
 
 		 374 aa  187  8e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>