More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_04053 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010717  PXO_04053  DNA protecting protein DprA  100 
 
 
311 aa  620  1e-176  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1867  DNA protecting protein DprA  64.52 
 
 
381 aa  384  1e-105  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1931  DNA processing chain A  64.52 
 
 
381 aa  383  1e-105  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3587  DNA protecting protein DprA  56.87 
 
 
375 aa  308  8e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  52.24 
 
 
375 aa  267  2e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  51.94 
 
 
368 aa  266  2.9999999999999995e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  50 
 
 
388 aa  259  3e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  51.01 
 
 
379 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  48.03 
 
 
377 aa  256  4e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  48.51 
 
 
364 aa  253  3e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  47.92 
 
 
379 aa  250  2e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  46.75 
 
 
336 aa  248  9e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  45.81 
 
 
372 aa  247  2e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  47.62 
 
 
389 aa  245  6e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  49.5 
 
 
365 aa  242  5e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  47.42 
 
 
320 aa  242  6e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  42.26 
 
 
399 aa  237  2e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0308  DNA protecting protein DprA  43.86 
 
 
422 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  46.25 
 
 
365 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  43.14 
 
 
383 aa  235  6e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  42.26 
 
 
368 aa  235  7e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  43.04 
 
 
377 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  43.99 
 
 
421 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  45.98 
 
 
365 aa  233  3e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  45.98 
 
 
365 aa  233  3e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  45.28 
 
 
365 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  45.51 
 
 
384 aa  233  3e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  46.25 
 
 
366 aa  231  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  45.6 
 
 
401 aa  229  3e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  52.94 
 
 
394 aa  229  4e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0835  DNA protecting protein DprA  47.34 
 
 
405 aa  229  4e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  48.24 
 
 
358 aa  228  9e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  41.39 
 
 
361 aa  228  1e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  45.6 
 
 
365 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0097  DNA protecting protein DprA  46.2 
 
 
387 aa  227  2e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3567  DNA processing protein DprA, putative  47.4 
 
 
371 aa  227  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  44.63 
 
 
365 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  41.39 
 
 
361 aa  226  4e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  54.75 
 
 
362 aa  226  4e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  47.5 
 
 
402 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0357  DNA protecting protein DprA  42.39 
 
 
377 aa  224  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0657137  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0022  DNA-processing protein smf chain A  54.75 
 
 
362 aa  224  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638184  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  39.81 
 
 
308 aa  224  2e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  47 
 
 
408 aa  223  4e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  41.94 
 
 
338 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3394  DNA protecting protein DprA  47.71 
 
 
386 aa  222  4.9999999999999996e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  45.02 
 
 
475 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0157  DNA protecting protein DprA  46.13 
 
 
434 aa  222  7e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38909  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  46.76 
 
 
401 aa  222  8e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4049  Fis family transcriptional regulator  47.39 
 
 
386 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0148  DNA protecting protein DprA  46.13 
 
 
434 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  40.82 
 
 
338 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  45.16 
 
 
368 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4510  DNA protecting protein DprA  42.72 
 
 
373 aa  221  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00273954  hitchhiker  0.000201451 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  40.65 
 
 
331 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2514  DNA processing protein DprA, putative  44.71 
 
 
475 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  44.04 
 
 
338 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  39.61 
 
 
296 aa  220  3e-56  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0348  DNA protecting protein DprA  44.84 
 
 
379 aa  218  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.083083 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0317  DNA protecting protein DprA  41.42 
 
 
373 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.595486  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  39.5 
 
 
338 aa  218  1e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  47.27 
 
 
405 aa  217  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3881  DNA protecting protein DprA  41.42 
 
 
373 aa  217  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000308128  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  40 
 
 
338 aa  217  2e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  40 
 
 
338 aa  217  2e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4084  DNA protecting protein DprA  45.08 
 
 
399 aa  216  4e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.168592  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0026  DNA protecting protein DprA  40.66 
 
 
340 aa  216  5e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  41.29 
 
 
338 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  53.39 
 
 
372 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2471  Smf/DprA family protein  44.22 
 
 
371 aa  215  5.9999999999999996e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  42.98 
 
 
448 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  40.97 
 
 
338 aa  215  7e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000224726 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0034  DNA protecting protein DprA  41.29 
 
 
338 aa  215  8e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0029  DNA protecting protein DprA  41.29 
 
 
338 aa  215  8e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5115  DNA protecting protein DprA  48.56 
 
 
382 aa  214  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  42.3 
 
 
369 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  44.41 
 
 
422 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  38.06 
 
 
379 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  41.53 
 
 
369 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0033  DNA protecting protein DprA  43.38 
 
 
339 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3183  DNA protecting protein DprA  42.94 
 
 
422 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  38.39 
 
 
352 aa  214  1.9999999999999998e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2350  DNA protecting protein DprA  45.16 
 
 
434 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0141  DNA processing protein DprA, putative  45.16 
 
 
396 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2273  DNA protecting protein DprA  45.16 
 
 
396 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  40.59 
 
 
369 aa  213  2.9999999999999995e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2808  DNA protecting protein DprA  45.16 
 
 
434 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3734  DNA protecting protein DprA  43.43 
 
 
339 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.242141  hitchhiker  0.0022522 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3066  DNA protecting protein DprA  43.2 
 
 
422 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2463  DNA processing protein DprA, putative  41.53 
 
 
407 aa  212  7.999999999999999e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.327666 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2377  DNA protecting protein DprA  39.04 
 
 
421 aa  211  9e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  46.1 
 
 
366 aa  211  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1801  DNA processing protein DprA, putative  45.36 
 
 
375 aa  210  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.10636  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0440  DNA protecting protein DprA  40.84 
 
 
377 aa  211  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.303838  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2135  DNA processing protein  40.13 
 
 
405 aa  210  3e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.497205 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2865  DNA processing protein DprA, putative  45.72 
 
 
371 aa  210  3e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0345  SMF family protein  44.52 
 
 
434 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  37.66 
 
 
368 aa  207  1e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00024  DNA protecting protein DprA  38.06 
 
 
369 aa  207  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.525554  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3967  DNA protecting protein DprA  38.91 
 
 
373 aa  206  3e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.104375  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>