More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A3410 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  100 
 
 		 379 aa  745    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  55.67 
 
 		 401 aa  392  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3567  DNA processing protein DprA, putative  61.02 
 
 		 371 aa  389  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  57.67 
 
 		 401 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  57.07 
 
 		 402 aa  383  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  52.63 
 
 		 372 aa  353  2.9999999999999997e-96  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0097  DNA protecting protein DprA  55.44 
 
 		 387 aa  345  5e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  53.39 
 
 		 336 aa  342  7e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  51.23 
 
 		 374 aa  340  2e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  53.99 
 
 		 365 aa  336  5e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  51.12 
 
 		 421 aa  334  1e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  52.49 
 
 		 389 aa  332  8e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  50.12 
 
 		 448 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0308  DNA protecting protein DprA  51.01 
 
 		 422 aa  323  3e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  54.83 
 
 		 320 aa  322  8e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4084  DNA protecting protein DprA  48.35 
 
 		 399 aa  321  1.9999999999999998e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.168592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  49.5 
 
 		 408 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  52.21 
 
 		 358 aa  318  7.999999999999999e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  48.23 
 
 		 399 aa  317  2e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  50 
 
 		 475 aa  317  2e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  49.75 
 
 		 422 aa  316  5e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3183  DNA protecting protein DprA  49.25 
 
 		 422 aa  315  7e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5115  DNA protecting protein DprA  53.89 
 
 		 382 aa  315  9.999999999999999e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2514  DNA processing protein DprA, putative  49.75 
 
 		 475 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4049  Fis family transcriptional regulator  51.17 
 
 		 386 aa  314  1.9999999999999998e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3394  DNA protecting protein DprA  50.65 
 
 		 386 aa  313  3.9999999999999997e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3066  DNA protecting protein DprA  48.51 
 
 		 422 aa  311  1e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0148  DNA protecting protein DprA  54.32 
 
 		 434 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0157  DNA protecting protein DprA  54.04 
 
 		 434 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38909  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2273  DNA protecting protein DprA  54.32 
 
 		 396 aa  305  6e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0141  DNA processing protein DprA, putative  54.32 
 
 		 396 aa  305  6e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0345  SMF family protein  53.76 
 
 		 434 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2350  DNA protecting protein DprA  54.32 
 
 		 434 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2808  DNA protecting protein DprA  54.32 
 
 		 434 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0348  DNA protecting protein DprA  50.53 
 
 		 379 aa  303  3.0000000000000004e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.083083 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0127  DNA processing protein DprA, putative  59.86 
 
 		 433 aa  301  1e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3862  DNA processing protein DprA, putative  45.19 
 
 		 409 aa  297  2e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  46.79 
 
 		 375 aa  294  1e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0835  DNA protecting protein DprA  46.43 
 
 		 405 aa  295  1e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  46.85 
 
 		 388 aa  293  4e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  48.24 
 
 		 368 aa  290  3e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  46.22 
 
 		 379 aa  280  3e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  44.78 
 
 		 377 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3125  DNA protecting protein DprA  47.74 
 
 		 425 aa  272  7e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.142757 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  46.59 
 
 		 366 aa  267  2e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  44.79 
 
 		 356 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  46.69 
 
 		 365 aa  265  1e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  46.69 
 
 		 365 aa  265  1e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  47.44 
 
 		 377 aa  263  4e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  47.47 
 
 		 368 aa  261  2e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  43.7 
 
 		 358 aa  261  2e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  45.61 
 
 		 352 aa  260  3e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  46.07 
 
 		 394 aa  260  3e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1867  DNA protecting protein DprA  44.35 
 
 		 381 aa  260  3e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04053  DNA protecting protein DprA  51.01 
 
 		 311 aa  259  7e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  46.05 
 
 		 361 aa  258  1e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1931  DNA processing chain A  43.99 
 
 		 381 aa  258  1e-67  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  45.43 
 
 		 365 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  44.41 
 
 		 364 aa  257  2e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  45.15 
 
 		 365 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  44.88 
 
 		 365 aa  255  9e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  45.7 
 
 		 361 aa  254  2.0000000000000002e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  42.58 
 
 		 399 aa  254  2.0000000000000002e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  49.48 
 
 		 365 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  41.58 
 
 		 369 aa  251  1e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  41.58 
 
 		 369 aa  251  1e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  45.14 
 
 		 308 aa  248  1e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  38.89 
 
 		 362 aa  248  1e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0022  DNA-processing protein smf chain A  52.28 
 
 		 362 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638184  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  44.5 
 
 		 384 aa  248  2e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  45.14 
 
 		 296 aa  246  3e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  43.92 
 
 		 372 aa  246  4e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  40.72 
 
 		 359 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  41.48 
 
 		 364 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  41.11 
 
 		 359 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  39.5 
 
 		 368 aa  242  7e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  41.27 
 
 		 359 aa  242  7.999999999999999e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  43.87 
 
 		 385 aa  242  9e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  45.12 
 
 		 331 aa  242  9e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  47.09 
 
 		 366 aa  241  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  41.64 
 
 		 371 aa  239  5e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  42.86 
 
 		 379 aa  238  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00024  DNA protecting protein DprA  40.22 
 
 		 369 aa  236  5.0000000000000005e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.525554  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  47.31 
 
 		 362 aa  236  7e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  44.08 
 
 		 338 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3967  DNA protecting protein DprA  43 
 
 		 373 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.104375  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  42.68 
 
 		 338 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  43.77 
 
 		 338 aa  233  6e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  43.77 
 
 		 338 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  43.77 
 
 		 338 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  39.78 
 
 		 369 aa  231  1e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4510  DNA protecting protein DprA  43.33 
 
 		 373 aa  231  2e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00273954  hitchhiker  0.000201451 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1801  DNA processing protein DprA, putative  41.99 
 
 		 375 aa  228  1e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.10636  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2865  DNA processing protein DprA, putative  41.44 
 
 		 371 aa  228  1e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  42.42 
 
 		 338 aa  227  2e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000224726 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  42.76 
 
 		 338 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0029  DNA protecting protein DprA  42.42 
 
 		 338 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0034  DNA protecting protein DprA  42.42 
 
 		 338 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  36.74 
 
 		 370 aa  225  9e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0357  DNA protecting protein DprA  39.24 
 
 		 377 aa  225  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0657137  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>