More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5115 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5115  DNA protecting protein DprA  100 
 
 		 382 aa  743    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3862  DNA processing protein DprA, putative  61.61 
 
 		 409 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  61.82 
 
 		 408 aa  444  1.0000000000000001e-124  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4049  Fis family transcriptional regulator  63.94 
 
 		 386 aa  440  9.999999999999999e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3394  DNA protecting protein DprA  63.43 
 
 		 386 aa  437  1e-121  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4084  DNA protecting protein DprA  61.4 
 
 		 399 aa  433  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.168592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  61.46 
 
 		 374 aa  430  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  62.15 
 
 		 399 aa  422  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  61.74 
 
 		 365 aa  413  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0348  DNA protecting protein DprA  55.7 
 
 		 379 aa  350  2e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.083083 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  55.9 
 
 		 401 aa  344  1e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  54.65 
 
 		 336 aa  340  2e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0835  DNA protecting protein DprA  56.06 
 
 		 405 aa  336  3.9999999999999995e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  55.84 
 
 		 402 aa  335  1e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  54.45 
 
 		 401 aa  329  6e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  53.89 
 
 		 379 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  50.13 
 
 		 372 aa  318  1e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  52.77 
 
 		 389 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  47.42 
 
 		 421 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  55.59 
 
 		 320 aa  312  6.999999999999999e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  53.48 
 
 		 358 aa  310  4e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0097  DNA protecting protein DprA  51.66 
 
 		 387 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3567  DNA processing protein DprA, putative  51.83 
 
 		 371 aa  302  7.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0308  DNA protecting protein DprA  47.12 
 
 		 422 aa  293  5e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  48.34 
 
 		 375 aa  288  2e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  50.39 
 
 		 368 aa  280  3e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  45.63 
 
 		 448 aa  280  3e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  46.17 
 
 		 422 aa  278  9e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0157  DNA protecting protein DprA  49.22 
 
 		 434 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38909  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0148  DNA protecting protein DprA  49.22 
 
 		 434 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  48.83 
 
 		 379 aa  276  3e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0141  DNA processing protein DprA, putative  48.56 
 
 		 396 aa  276  4e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2273  DNA protecting protein DprA  48.56 
 
 		 396 aa  276  4e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0345  SMF family protein  48.56 
 
 		 434 aa  276  6e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2350  DNA protecting protein DprA  48.56 
 
 		 434 aa  276  6e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2808  DNA protecting protein DprA  48.56 
 
 		 434 aa  276  6e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  45.69 
 
 		 475 aa  276  6e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2514  DNA processing protein DprA, putative  45.45 
 
 		 475 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  47.79 
 
 		 364 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  49.5 
 
 		 377 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3183  DNA protecting protein DprA  44.9 
 
 		 422 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3066  DNA protecting protein DprA  45.83 
 
 		 422 aa  266  7e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0127  DNA processing protein DprA, putative  50 
 
 		 433 aa  265  1e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  47.13 
 
 		 308 aa  265  1e-69  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  44.74 
 
 		 388 aa  263  3e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  47.13 
 
 		 296 aa  263  4e-69  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  46.4 
 
 		 365 aa  259  7e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  46.4 
 
 		 365 aa  259  7e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  50.68 
 
 		 377 aa  253  3e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  46.4 
 
 		 384 aa  253  5.000000000000001e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  44.35 
 
 		 358 aa  253  6e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  43.49 
 
 		 379 aa  249  4e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  47.01 
 
 		 405 aa  249  4e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  44.77 
 
 		 361 aa  247  2e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  43.26 
 
 		 361 aa  247  3e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  46.51 
 
 		 368 aa  247  3e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  42.9 
 
 		 356 aa  242  7e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0022  DNA-processing protein smf chain A  51.01 
 
 		 362 aa  242  7e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638184  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  43.54 
 
 		 394 aa  242  9e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3125  DNA protecting protein DprA  45.52 
 
 		 425 aa  241  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.142757 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  48.03 
 
 		 366 aa  241  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  40.83 
 
 		 368 aa  241  2e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  38.56 
 
 		 369 aa  238  1e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  36.75 
 
 		 370 aa  236  4e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  41.05 
 
 		 369 aa  235  9e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  44.71 
 
 		 362 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1931  DNA processing chain A  43.13 
 
 		 381 aa  234  3e-60  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1867  DNA protecting protein DprA  43.13 
 
 		 381 aa  233  4.0000000000000004e-60  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  39.85 
 
 		 399 aa  233  4.0000000000000004e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  40.11 
 
 		 369 aa  233  4.0000000000000004e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  40.8 
 
 		 371 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  45.12 
 
 		 365 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  40.21 
 
 		 359 aa  230  3e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  41.16 
 
 		 352 aa  230  4e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  45.21 
 
 		 331 aa  229  5e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  41.95 
 
 		 366 aa  229  8e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  41.71 
 
 		 389 aa  227  2e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  43.13 
 
 		 338 aa  226  4e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  43.75 
 
 		 365 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  44.41 
 
 		 338 aa  226  6e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  42.63 
 
 		 338 aa  226  6e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  44.33 
 
 		 365 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  42.31 
 
 		 338 aa  225  1e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  42.99 
 
 		 338 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  41.71 
 
 		 372 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04053  DNA protecting protein DprA  48.56 
 
 		 311 aa  224  2e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  41.67 
 
 		 385 aa  224  2e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  42.31 
 
 		 338 aa  224  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0034  DNA protecting protein DprA  42.99 
 
 		 338 aa  224  3e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0029  DNA protecting protein DprA  42.99 
 
 		 338 aa  224  3e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  42.68 
 
 		 338 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000224726 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  37.97 
 
 		 383 aa  222  7e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  45.82 
 
 		 394 aa  222  8e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  37.93 
 
 		 362 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  40.11 
 
 		 386 aa  222  9.999999999999999e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  47.99 
 
 		 365 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0033  DNA protecting protein DprA  43.87 
 
 		 339 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0026  DNA protecting protein DprA  41.35 
 
 		 340 aa  218  1e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2471  Smf/DprA family protein  40.26 
 
 		 371 aa  218  1e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2865  DNA processing protein DprA, putative  45.34 
 
 		 371 aa  214  2.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>