More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2338 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2338  DNA processing protein DprA, putative  100 
 
 		 382 aa  761    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2317  DNA protecting protein DprA  55.59 
 
 		 369 aa  344  2e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0849  DNA protecting protein DprA  55.35 
 
 		 372 aa  341  1e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1138  DNA protecting protein DprA  49.87 
 
 		 379 aa  331  1e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.823359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2177  hypothetical protein  55.08 
 
 		 372 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.809736  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3158  DNA processing protein DprA, putative  53.56 
 
 		 402 aa  327  3e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  48.08 
 
 		 372 aa  297  3e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1716  DNA protecting protein DprA  46.21 
 
 		 387 aa  296  3e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.913278  normal  0.251857 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4323  DNA protecting protein DprA  47.98 
 
 		 418 aa  290  2e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3669  DNA protecting protein DprA  46.22 
 
 		 388 aa  286  4e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215267  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0602  DNA processing protein DprA, putative  43.99 
 
 		 393 aa  271  1e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0567  SMF protein  43.99 
 
 		 393 aa  270  4e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1759  DNA protecting protein DprA  42.31 
 
 		 383 aa  265  7e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1356  DNA protecting protein DprA  43.4 
 
 		 378 aa  264  2e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2010  SMF protein  45.05 
 
 		 372 aa  262  6e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.272582 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2285  DNA processing protein DprA, putative  45.18 
 
 		 372 aa  262  6e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1801  DNA processing protein DprA, putative  42.63 
 
 		 375 aa  261  1e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.10636  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3031  DNA processing protein DprA, putative  44.29 
 
 		 422 aa  256  5e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.461494  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1508  DNA protecting protein DprA  43.68 
 
 		 366 aa  253  3e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.300262 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0842  DNA protecting protein DprA  46.67 
 
 		 396 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0234041  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0933  DNA protecting protein DprA  40.59 
 
 		 383 aa  251  1e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.339365  normal  0.657052 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3194  SMF protein  44.85 
 
 		 374 aa  251  1e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2421  DNA processing protein DprA, putative  43.6 
 
 		 378 aa  250  3e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.254094 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2244  DNA processing protein DprA, putative  43.41 
 
 		 372 aa  250  4e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.282732 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1296  DNA protecting protein DprA  44.5 
 
 		 380 aa  249  7e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.857359  decreased coverage  0.000779051 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3531  DNA protecting protein DprA  42.78 
 
 		 378 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1388  DNA protecting protein DprA  44.23 
 
 		 380 aa  247  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3313  DNA protecting protein DprA  50.52 
 
 		 391 aa  245  6.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0217  SMF protein  39.11 
 
 		 374 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.396484  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1209  DNA processing protein DprA, putative  42.62 
 
 		 360 aa  242  1e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0730  DNA protecting protein DprA  44.17 
 
 		 373 aa  241  1e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3515  DNA protecting protein DprA  40.1 
 
 		 397 aa  241  1e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4729  DNA processing chain A (DprA/Smf)  46.37 
 
 		 372 aa  241  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0883  putative DNA processing protein DprA  37.99 
 
 		 375 aa  238  1e-61  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.430936  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3825  DNA protecting protein DprA  46.94 
 
 		 592 aa  237  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188675  normal  0.0366246 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3857  DNA protecting protein DprA  40.48 
 
 		 422 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113237 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3315  DNA protecting protein DprA  40.25 
 
 		 397 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.451996  normal  0.725027 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3638  DNA protecting protein DprA  40.25 
 
 		 397 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1644  DNA protecting protein DprA  41.67 
 
 		 395 aa  234  2.0000000000000002e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.263138 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4345  DNA protecting protein DprA  50 
 
 		 391 aa  233  3e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.61785 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0474  DNA protecting protein DprA  41.98 
 
 		 403 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal  0.262413 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3916  DNA protecting protein DprA  44.23 
 
 		 378 aa  228  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3421  DNA protecting protein DprA  46.13 
 
 		 429 aa  226  5.0000000000000005e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.143035  normal  0.697351 
 
 
-
 
NC_002978  WD0092  DNA processing chain A  38.78 
 
 		 362 aa  225  1e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  39.68 
 
 		 386 aa  212  7.999999999999999e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  35.42 
 
 		 362 aa  210  4e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0388  putative DNA processing protein DprA  38.2 
 
 		 378 aa  208  1e-52  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0049  DNA protecting protein DprA  38.9 
 
 		 368 aa  207  2e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  39.78 
 
 		 377 aa  206  8e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  40.66 
 
 		 359 aa  206  8e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  44.63 
 
 		 364 aa  205  1e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  39.89 
 
 		 401 aa  204  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  39.57 
 
 		 394 aa  202  7e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  43.77 
 
 		 356 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  40 
 
 		 365 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  39.95 
 
 		 359 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0890  DNA protecting protein DprA  35.01 
 
 		 395 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.135631  normal  0.947282 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  44.6 
 
 		 379 aa  199  5e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  36.67 
 
 		 408 aa  199  5e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  38.67 
 
 		 368 aa  199  7e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0567  DNA protecting protein DprA  35.26 
 
 		 356 aa  197  3e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  41.47 
 
 		 361 aa  197  3e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  37.74 
 
 		 361 aa  197  3e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  39.78 
 
 		 371 aa  197  3e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  41.9 
 
 		 358 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  36.58 
 
 		 369 aa  196  8.000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  37.14 
 
 		 369 aa  195  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  41.1 
 
 		 336 aa  194  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0474  DNA protecting protein DprA  37.63 
 
 		 367 aa  194  2e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.13893  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  39.04 
 
 		 364 aa  193  4e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  34.05 
 
 		 370 aa  192  8e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1581  DNA processing protein DprA, putative  41.07 
 
 		 425 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.301322  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0348  DNA protecting protein DprA  38.26 
 
 		 379 aa  190  4e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.083083 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  38.02 
 
 		 359 aa  189  5e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3718  DNA protecting protein DprA  38.08 
 
 		 389 aa  189  5e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000018591  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1159  DNA protecting protein DprA  41.2 
 
 		 668 aa  189  8e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.20942 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  42.38 
 
 		 401 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0835  DNA protecting protein DprA  37.15 
 
 		 405 aa  189  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  38.56 
 
 		 338 aa  188  1e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  36.75 
 
 		 366 aa  188  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  38.19 
 
 		 331 aa  189  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  38.15 
 
 		 365 aa  187  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  38.15 
 
 		 365 aa  187  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  39.17 
 
 		 394 aa  187  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  37.93 
 
 		 338 aa  187  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3394  DNA protecting protein DprA  37.11 
 
 		 386 aa  187  4e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0103  DNA protecting protein DprA  36.34 
 
 		 365 aa  187  4e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0571  DNA protecting protein DprA  40.97 
 
 		 375 aa  187  4e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.607235  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  41.38 
 
 		 399 aa  186  6e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  46.54 
 
 		 377 aa  186  6e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  36.48 
 
 		 374 aa  186  6e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  43.55 
 
 		 402 aa  186  6e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  37.93 
 
 		 338 aa  186  7e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  37.9 
 
 		 338 aa  186  8e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3661  DNA protecting protein DprA  37.19 
 
 		 365 aa  186  8e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4049  Fis family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 386 aa  185  9e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  44.83 
 
 		 366 aa  185  9e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  37.62 
 
 		 383 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  44.03 
 
 		 368 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  36.14 
 
 		 388 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>