More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1138 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1138  DNA protecting protein DprA  100 
 
 		 379 aa  743    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.823359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2338  DNA processing protein DprA, putative  50.67 
 
 		 382 aa  356  3.9999999999999996e-97  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3158  DNA processing protein DprA, putative  55.33 
 
 		 402 aa  332  8e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2317  DNA protecting protein DprA  53.37 
 
 		 369 aa  320  3e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4323  DNA protecting protein DprA  49.13 
 
 		 418 aa  318  1e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  49.73 
 
 		 372 aa  315  9e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0849  DNA protecting protein DprA  55.49 
 
 		 372 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2177  hypothetical protein  55.77 
 
 		 372 aa  294  2e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.809736  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1716  DNA protecting protein DprA  47.09 
 
 		 387 aa  285  1.0000000000000001e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.913278  normal  0.251857 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3194  SMF protein  47.27 
 
 		 374 aa  282  9e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3031  DNA processing protein DprA, putative  46.28 
 
 		 422 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.461494  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1759  DNA protecting protein DprA  44.57 
 
 		 383 aa  280  4e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3531  DNA protecting protein DprA  46.2 
 
 		 378 aa  278  8e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2244  DNA processing protein DprA, putative  46.26 
 
 		 372 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.282732 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1801  DNA processing protein DprA, putative  44.78 
 
 		 375 aa  278  2e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.10636  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2285  DNA processing protein DprA, putative  45.96 
 
 		 372 aa  277  2e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2010  SMF protein  44.47 
 
 		 372 aa  272  9e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.272582 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0933  DNA protecting protein DprA  44.08 
 
 		 383 aa  271  1e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.339365  normal  0.657052 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2421  DNA processing protein DprA, putative  45.98 
 
 		 378 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.254094 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1508  DNA protecting protein DprA  46.8 
 
 		 366 aa  271  1e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.300262 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4729  DNA processing chain A (DprA/Smf)  48.9 
 
 		 372 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1209  DNA processing protein DprA, putative  45.79 
 
 		 360 aa  269  7e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3916  DNA protecting protein DprA  47.51 
 
 		 378 aa  267  2.9999999999999995e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3313  DNA protecting protein DprA  45.19 
 
 		 391 aa  266  4e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3825  DNA protecting protein DprA  47.98 
 
 		 592 aa  266  4e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188675  normal  0.0366246 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3515  DNA protecting protein DprA  43.52 
 
 		 397 aa  265  8e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1356  DNA protecting protein DprA  43.61 
 
 		 378 aa  265  8e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3669  DNA protecting protein DprA  41.96 
 
 		 388 aa  263  4.999999999999999e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215267  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0842  DNA protecting protein DprA  40.64 
 
 		 396 aa  260  3e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0234041  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1388  DNA protecting protein DprA  46.24 
 
 		 380 aa  258  9e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0602  DNA processing protein DprA, putative  41.03 
 
 		 393 aa  258  1e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3857  DNA protecting protein DprA  42.99 
 
 		 422 aa  258  1e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113237 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3315  DNA protecting protein DprA  41.39 
 
 		 397 aa  257  3e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.451996  normal  0.725027 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1296  DNA protecting protein DprA  45.53 
 
 		 380 aa  256  6e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.857359  decreased coverage  0.000779051 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0567  SMF protein  40.76 
 
 		 393 aa  255  7e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3638  DNA protecting protein DprA  41.39 
 
 		 397 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0730  DNA protecting protein DprA  45.86 
 
 		 373 aa  248  2e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4345  DNA protecting protein DprA  45.43 
 
 		 391 aa  246  6e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.61785 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0217  SMF protein  36.99 
 
 		 374 aa  246  6e-64  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.396484  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1644  DNA protecting protein DprA  45.45 
 
 		 395 aa  244  1.9999999999999999e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.263138 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3421  DNA protecting protein DprA  38.86 
 
 		 429 aa  236  4e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.143035  normal  0.697351 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0474  DNA protecting protein DprA  42.39 
 
 		 403 aa  236  6e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal  0.262413 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0883  putative DNA processing protein DprA  35.97 
 
 		 375 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.430936  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0388  putative DNA processing protein DprA  38.38 
 
 		 378 aa  229  6e-59  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3661  DNA protecting protein DprA  42.02 
 
 		 365 aa  228  2e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34529  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  43.09 
 
 		 401 aa  222  7e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  39.04 
 
 		 374 aa  218  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0092  DNA processing chain A  36.59 
 
 		 362 aa  216  5.9999999999999996e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  38.99 
 
 		 408 aa  216  5.9999999999999996e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0049  DNA protecting protein DprA  37.05 
 
 		 368 aa  214  1.9999999999999998e-54  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  38.89 
 
 		 379 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  38.15 
 
 		 359 aa  213  5.999999999999999e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  41.21 
 
 		 394 aa  211  1e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  40.38 
 
 		 365 aa  211  1e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0890  DNA protecting protein DprA  37.03 
 
 		 395 aa  210  3e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.135631  normal  0.947282 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  41.6 
 
 		 388 aa  209  5e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  40.75 
 
 		 386 aa  209  6e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  40.3 
 
 		 336 aa  209  8e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  42.52 
 
 		 402 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  40.33 
 
 		 371 aa  207  2e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  39.79 
 
 		 394 aa  207  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  46.59 
 
 		 401 aa  206  5e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  39.39 
 
 		 356 aa  206  6e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  39.78 
 
 		 365 aa  205  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  39.78 
 
 		 365 aa  205  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  41.21 
 
 		 364 aa  204  2e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  38.72 
 
 		 359 aa  204  2e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4084  DNA protecting protein DprA  38.32 
 
 		 399 aa  204  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.168592  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  40.35 
 
 		 377 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0474  DNA protecting protein DprA  39.01 
 
 		 367 aa  204  2e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.13893  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  41.55 
 
 		 368 aa  204  3e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  37.03 
 
 		 358 aa  204  3e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  39.62 
 
 		 364 aa  203  3e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3394  DNA protecting protein DprA  39.23 
 
 		 386 aa  202  9.999999999999999e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  39.61 
 
 		 359 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  37.16 
 
 		 377 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  41.19 
 
 		 399 aa  200  3.9999999999999996e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3792  SMF protein  35.79 
 
 		 372 aa  199  6e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4049  Fis family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 386 aa  199  7e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0348  DNA protecting protein DprA  41.02 
 
 		 379 aa  198  1.0000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.083083 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  46.93 
 
 		 366 aa  197  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  44.22 
 
 		 405 aa  197  3e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  41.67 
 
 		 366 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  39.24 
 
 		 366 aa  196  7e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  37.94 
 
 		 379 aa  196  7e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5115  DNA protecting protein DprA  39.35 
 
 		 382 aa  196  7e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  46.81 
 
 		 368 aa  195  9e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0097  DNA protecting protein DprA  39.68 
 
 		 387 aa  195  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  38.72 
 
 		 375 aa  194  2e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  37.74 
 
 		 361 aa  194  3e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3862  DNA processing protein DprA, putative  35 
 
 		 409 aa  194  3e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0103  DNA protecting protein DprA  37.12 
 
 		 365 aa  193  4e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  36.74 
 
 		 369 aa  191  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  33.24 
 
 		 362 aa  191  2e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0771  DNA protecting protein DprA  42.61 
 
 		 553 aa  191  2e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0319665 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  40.11 
 
 		 365 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  37.57 
 
 		 369 aa  190  4e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  43.75 
 
 		 320 aa  190  4e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  35.69 
 
 		 389 aa  190  4e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  35.39 
 
 		 399 aa  189  5e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>