More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3825 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3825  DNA protecting protein DprA  100 
 
 		 592 aa  1110    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188675  normal  0.0366246 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1209  DNA processing protein DprA, putative  64.15 
 
 		 360 aa  391  1e-107  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1801  DNA processing protein DprA, putative  57.75 
 
 		 375 aa  361  2e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.10636  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2285  DNA processing protein DprA, putative  54.64 
 
 		 372 aa  326  7e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  53.13 
 
 		 372 aa  325  2e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3194  SMF protein  54.22 
 
 		 374 aa  320  6e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3669  DNA protecting protein DprA  50.4 
 
 		 388 aa  319  7.999999999999999e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215267  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3916  DNA protecting protein DprA  55.52 
 
 		 378 aa  319  9e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2010  SMF protein  52.57 
 
 		 372 aa  316  7e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.272582 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0602  DNA processing protein DprA, putative  49.07 
 
 		 393 aa  310  5e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1356  DNA protecting protein DprA  51.89 
 
 		 378 aa  308  2.0000000000000002e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2244  DNA processing protein DprA, putative  52.57 
 
 		 372 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.282732 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4729  DNA processing chain A (DprA/Smf)  53.55 
 
 		 372 aa  304  3.0000000000000004e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0567  SMF protein  48.28 
 
 		 393 aa  300  4e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3031  DNA processing protein DprA, putative  52.7 
 
 		 422 aa  299  8e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.461494  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1296  DNA protecting protein DprA  51.62 
 
 		 380 aa  299  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.857359  decreased coverage  0.000779051 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1388  DNA protecting protein DprA  51.63 
 
 		 380 aa  297  4e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3515  DNA protecting protein DprA  48.35 
 
 		 397 aa  295  1e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0474  DNA protecting protein DprA  50.99 
 
 		 403 aa  295  2e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal  0.262413 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3315  DNA protecting protein DprA  48.61 
 
 		 397 aa  293  4e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.451996  normal  0.725027 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0933  DNA protecting protein DprA  46.87 
 
 		 383 aa  292  1e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.339365  normal  0.657052 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3638  DNA protecting protein DprA  48.85 
 
 		 397 aa  291  2e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3531  DNA protecting protein DprA  51.62 
 
 		 378 aa  286  7e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1716  DNA protecting protein DprA  48.77 
 
 		 387 aa  285  2.0000000000000002e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.913278  normal  0.251857 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2421  DNA processing protein DprA, putative  51.62 
 
 		 378 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.254094 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1759  DNA protecting protein DprA  45.7 
 
 		 383 aa  283  7.000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0730  DNA protecting protein DprA  52.28 
 
 		 373 aa  281  2e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0842  DNA protecting protein DprA  43.16 
 
 		 396 aa  274  3e-72  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0234041  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4345  DNA protecting protein DprA  51.28 
 
 		 391 aa  273  7e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.61785 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3313  DNA protecting protein DprA  49.61 
 
 		 391 aa  272  1e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4323  DNA protecting protein DprA  49.49 
 
 		 418 aa  271  2e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3857  DNA protecting protein DprA  44.79 
 
 		 422 aa  271  2.9999999999999997e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113237 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1508  DNA protecting protein DprA  49.73 
 
 		 366 aa  270  7e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.300262 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2338  DNA processing protein DprA, putative  46.94 
 
 		 382 aa  268  2e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1138  DNA protecting protein DprA  47.49 
 
 		 379 aa  265  2e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.823359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2317  DNA protecting protein DprA  50.99 
 
 		 369 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0849  DNA protecting protein DprA  51.55 
 
 		 372 aa  260  4e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3158  DNA processing protein DprA, putative  48.85 
 
 		 402 aa  259  1e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3421  DNA protecting protein DprA  41.9 
 
 		 429 aa  254  3e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.143035  normal  0.697351 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2177  hypothetical protein  51.27 
 
 		 372 aa  251  2e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.809736  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0217  SMF protein  37.77 
 
 		 374 aa  249  1e-64  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.396484  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0883  putative DNA processing protein DprA  37.3 
 
 		 375 aa  244  3e-63  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.430936  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1644  DNA protecting protein DprA  44.53 
 
 		 395 aa  237  6e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.263138 
 
 
-
 
NC_002978  WD0092  DNA processing chain A  41.8 
 
 		 362 aa  231  2e-59  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3661  DNA protecting protein DprA  41.44 
 
 		 365 aa  224  3e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  42.43 
 
 		 388 aa  215  1.9999999999999998e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  39.73 
 
 		 377 aa  214  2.9999999999999995e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  43.06 
 
 		 377 aa  211  2e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  43.09 
 
 		 379 aa  211  2e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  41.9 
 
 		 401 aa  209  1e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  42.06 
 
 		 368 aa  207  4e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  43.93 
 
 		 364 aa  206  7e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  40.6 
 
 		 379 aa  205  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0388  putative DNA processing protein DprA  35.66 
 
 		 378 aa  205  2e-51  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  43.57 
 
 		 365 aa  201  3.9999999999999996e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  43.57 
 
 		 365 aa  201  3.9999999999999996e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  42.26 
 
 		 402 aa  200  6e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  39.47 
 
 		 374 aa  197  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  42.16 
 
 		 384 aa  197  4.0000000000000005e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  47.2 
 
 		 366 aa  197  5.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  43.2 
 
 		 336 aa  197  5.000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  40.76 
 
 		 375 aa  197  6e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  39.94 
 
 		 359 aa  196  8.000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  34.63 
 
 		 362 aa  196  1e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  40 
 
 		 359 aa  196  1e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  40.46 
 
 		 364 aa  195  2e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2345  DNA processing protein DprA, putative  41.62 
 
 		 358 aa  194  3e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  40.11 
 
 		 356 aa  194  4e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_625  Rossmann fold DNA uptake nucleotide-binding protein  40.5 
 
 		 373 aa  194  4e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  41.92 
 
 		 394 aa  194  5e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0474  DNA protecting protein DprA  37.14 
 
 		 367 aa  193  6e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.13893  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  45.33 
 
 		 401 aa  193  6e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  40.94 
 
 		 362 aa  193  8e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  39.67 
 
 		 359 aa  192  1e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  41.29 
 
 		 371 aa  192  1e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2080  DNA protecting protein DprA  51.92 
 
 		 229 aa  192  2e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0653  DNA protecting protein DprA  40.94 
 
 		 373 aa  191  2.9999999999999997e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.412317  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4590  DNA protecting protein DprA  40.59 
 
 		 360 aa  191  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  43.53 
 
 		 338 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  40.95 
 
 		 365 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_002936  DET0718  DNA processing protein DprA, putative  34.4 
 
 		 406 aa  191  4e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3066  DNA protecting protein DprA  42.44 
 
 		 422 aa  191  5e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  40.91 
 
 		 358 aa  190  5e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1380  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 349 aa  190  5e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.261121  normal  0.326941 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  43.18 
 
 		 365 aa  190  5e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  36.61 
 
 		 389 aa  189  8e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  39.62 
 
 		 366 aa  189  9e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  40.82 
 
 		 365 aa  189  9e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0148  DNA protecting protein DprA  45.64 
 
 		 434 aa  189  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  43.34 
 
 		 320 aa  188  2e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  38.77 
 
 		 408 aa  188  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3567  DNA processing protein DprA, putative  43.05 
 
 		 371 aa  188  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0571  DNA protecting protein DprA  40.24 
 
 		 375 aa  188  2e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.607235  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  40.65 
 
 		 331 aa  189  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  42.45 
 
 		 338 aa  188  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  42.45 
 
 		 338 aa  188  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  48.64 
 
 		 405 aa  188  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  42.45 
 
 		 338 aa  187  4e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  42.26 
 
 		 475 aa  187  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  39.94 
 
 		 386 aa  187  4e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>