More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2177 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2177  hypothetical protein  100 
 
 		 372 aa  710    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.809736  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0849  DNA protecting protein DprA  98.66 
 
 		 372 aa  697    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2317  DNA protecting protein DprA  84.64 
 
 		 369 aa  530  1e-149  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3158  DNA processing protein DprA, putative  62.21 
 
 		 402 aa  368  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2338  DNA processing protein DprA, putative  55.08 
 
 		 382 aa  370  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4323  DNA protecting protein DprA  54.08 
 
 		 418 aa  328  1.0000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1138  DNA protecting protein DprA  54.24 
 
 		 379 aa  319  5e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.823359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3194  SMF protein  52.01 
 
 		 374 aa  302  7.000000000000001e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  49.59 
 
 		 372 aa  299  6e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2010  SMF protein  49.73 
 
 		 372 aa  292  7e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.272582 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2285  DNA processing protein DprA, putative  50.13 
 
 		 372 aa  283  3.0000000000000004e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3531  DNA protecting protein DprA  47.78 
 
 		 378 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2421  DNA processing protein DprA, putative  50.69 
 
 		 378 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.254094 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3031  DNA processing protein DprA, putative  50 
 
 		 422 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.461494  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1209  DNA processing protein DprA, putative  48.88 
 
 		 360 aa  279  7e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4729  DNA processing chain A (DprA/Smf)  50.14 
 
 		 372 aa  277  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2244  DNA processing protein DprA, putative  48.51 
 
 		 372 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.282732 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1759  DNA protecting protein DprA  45.83 
 
 		 383 aa  270  4e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1801  DNA processing protein DprA, putative  46.59 
 
 		 375 aa  269  5e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.10636  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3857  DNA protecting protein DprA  43.69 
 
 		 422 aa  264  1e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113237 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3515  DNA protecting protein DprA  46.43 
 
 		 397 aa  263  2e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0933  DNA protecting protein DprA  46.83 
 
 		 383 aa  264  2e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.339365  normal  0.657052 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3315  DNA protecting protein DprA  45.52 
 
 		 397 aa  259  4e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.451996  normal  0.725027 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3638  DNA protecting protein DprA  45.73 
 
 		 397 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0602  DNA processing protein DprA, putative  43.7 
 
 		 393 aa  258  8e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3669  DNA protecting protein DprA  43.32 
 
 		 388 aa  258  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215267  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0474  DNA protecting protein DprA  48.13 
 
 		 403 aa  257  3e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal  0.262413 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1716  DNA protecting protein DprA  43.01 
 
 		 387 aa  255  7e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.913278  normal  0.251857 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3825  DNA protecting protein DprA  48.81 
 
 		 592 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188675  normal  0.0366246 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0730  DNA protecting protein DprA  47.65 
 
 		 373 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1356  DNA protecting protein DprA  47.03 
 
 		 378 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1388  DNA protecting protein DprA  47.19 
 
 		 380 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0567  SMF protein  43.16 
 
 		 393 aa  253  3e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0842  DNA protecting protein DprA  39.63 
 
 		 396 aa  253  5.000000000000001e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0234041  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3916  DNA protecting protein DprA  49.17 
 
 		 378 aa  252  1e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1296  DNA protecting protein DprA  46.15 
 
 		 380 aa  250  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.857359  decreased coverage  0.000779051 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3313  DNA protecting protein DprA  47.93 
 
 		 391 aa  249  8e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3421  DNA protecting protein DprA  42 
 
 		 429 aa  244  9.999999999999999e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.143035  normal  0.697351 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0217  SMF protein  35.75 
 
 		 374 aa  243  5e-63  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.396484  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4345  DNA protecting protein DprA  47.67 
 
 		 391 aa  239  5e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.61785 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0883  putative DNA processing protein DprA  35.81 
 
 		 375 aa  238  2e-61  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.430936  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1508  DNA protecting protein DprA  45.86 
 
 		 366 aa  238  2e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.300262 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1644  DNA protecting protein DprA  42.02 
 
 		 395 aa  227  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.263138 
 
 
-
 
NC_002978  WD0092  DNA processing chain A  38.94 
 
 		 362 aa  223  4e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  42.45 
 
 		 356 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  47.16 
 
 		 377 aa  211  2e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  42.3 
 
 		 364 aa  211  2e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  42.08 
 
 		 401 aa  209  7e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  42.06 
 
 		 394 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0388  putative DNA processing protein DprA  36.27 
 
 		 378 aa  207  2e-52  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3661  DNA protecting protein DprA  43.87 
 
 		 365 aa  206  4e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34529  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  44.85 
 
 		 364 aa  206  5e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  39.48 
 
 		 359 aa  206  5e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0890  DNA protecting protein DprA  40.17 
 
 		 395 aa  206  8e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.135631  normal  0.947282 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  39.66 
 
 		 358 aa  205  9e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  43.06 
 
 		 377 aa  205  1e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  38.54 
 
 		 379 aa  205  1e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  41.05 
 
 		 388 aa  204  1e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  46.37 
 
 		 394 aa  204  2e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  40 
 
 		 368 aa  202  6e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  44.63 
 
 		 320 aa  202  7e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  36.21 
 
 		 361 aa  202  9.999999999999999e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  43.64 
 
 		 336 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  36.21 
 
 		 361 aa  200  3.9999999999999996e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  40.37 
 
 		 379 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  41.71 
 
 		 372 aa  199  6e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  41.36 
 
 		 369 aa  199  7e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  41.09 
 
 		 359 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  38.25 
 
 		 362 aa  197  3e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  42.32 
 
 		 369 aa  196  4.0000000000000005e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0168  DNA protecting protein DprA  40.52 
 
 		 360 aa  196  4.0000000000000005e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.208871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  40.27 
 
 		 366 aa  196  6e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  40.8 
 
 		 359 aa  196  7e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  42.95 
 
 		 375 aa  195  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  42.01 
 
 		 369 aa  194  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  41.07 
 
 		 368 aa  194  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  42.72 
 
 		 361 aa  194  3e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  42.9 
 
 		 365 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  39.08 
 
 		 371 aa  193  3e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0049  DNA protecting protein DprA  36.24 
 
 		 368 aa  194  3e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0148  DNA protecting protein DprA  43.23 
 
 		 434 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3718  DNA protecting protein DprA  40.05 
 
 		 389 aa  193  4e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000018591  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  42.66 
 
 		 338 aa  193  4e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  42.15 
 
 		 366 aa  192  7e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  38.23 
 
 		 389 aa  192  7e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1867  DNA protecting protein DprA  39.1 
 
 		 381 aa  192  8e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_625  Rossmann fold DNA uptake nucleotide-binding protein  41.13 
 
 		 373 aa  192  8e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0718  DNA processing protein DprA, putative  41.84 
 
 		 406 aa  192  1e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1931  DNA processing chain A  39.1 
 
 		 381 aa  191  1e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  38.07 
 
 		 372 aa  192  1e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  41.92 
 
 		 365 aa  192  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  41.92 
 
 		 365 aa  192  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0653  DNA protecting protein DprA  41.07 
 
 		 373 aa  192  1e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.412317  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2273  DNA protecting protein DprA  43.85 
 
 		 396 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  39.3 
 
 		 383 aa  191  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  41.69 
 
 		 401 aa  191  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0141  DNA processing protein DprA, putative  43.85 
 
 		 396 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2350  DNA protecting protein DprA  43.85 
 
 		 434 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  36.7 
 
 		 399 aa  191  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4590  DNA protecting protein DprA  38.08 
 
 		 360 aa  191  2e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>