More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3421 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3421  DNA protecting protein DprA  100 
 
 		 429 aa  841    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.143035  normal  0.697351 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3857  DNA protecting protein DprA  59.43 
 
 		 422 aa  429  1e-119  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113237 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3313  DNA protecting protein DprA  52.04 
 
 		 391 aa  364  1e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4345  DNA protecting protein DprA  51.44 
 
 		 391 aa  348  7e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.61785 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3515  DNA protecting protein DprA  48.81 
 
 		 397 aa  344  2e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3315  DNA protecting protein DprA  48.71 
 
 		 397 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.451996  normal  0.725027 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0474  DNA protecting protein DprA  49.88 
 
 		 403 aa  341  1e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal  0.262413 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3638  DNA protecting protein DprA  48.46 
 
 		 397 aa  340  2e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2285  DNA processing protein DprA, putative  47 
 
 		 372 aa  329  5.0000000000000004e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0933  DNA protecting protein DprA  45.78 
 
 		 383 aa  325  1e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.339365  normal  0.657052 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3669  DNA protecting protein DprA  45.19 
 
 		 388 aa  318  1e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215267  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2244  DNA processing protein DprA, putative  45.45 
 
 		 372 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.282732 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3916  DNA protecting protein DprA  45.89 
 
 		 378 aa  314  1.9999999999999998e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1759  DNA protecting protein DprA  43.78 
 
 		 383 aa  313  3.9999999999999997e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0842  DNA protecting protein DprA  42.24 
 
 		 396 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0234041  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4729  DNA processing chain A (DprA/Smf)  47.02 
 
 		 372 aa  307  3e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3031  DNA processing protein DprA, putative  45.35 
 
 		 422 aa  306  7e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.461494  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3531  DNA protecting protein DprA  45.26 
 
 		 378 aa  302  7.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1296  DNA protecting protein DprA  45.06 
 
 		 380 aa  299  5e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.857359  decreased coverage  0.000779051 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0602  DNA processing protein DprA, putative  43.75 
 
 		 393 aa  297  3e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1388  DNA protecting protein DprA  45.08 
 
 		 380 aa  296  5e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2010  SMF protein  54.77 
 
 		 372 aa  293  3e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.272582 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0567  SMF protein  43.51 
 
 		 393 aa  293  3e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1356  DNA protecting protein DprA  45.73 
 
 		 378 aa  293  4e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1508  DNA protecting protein DprA  43.49 
 
 		 366 aa  287  2.9999999999999996e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.300262 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1716  DNA protecting protein DprA  44.12 
 
 		 387 aa  284  2.0000000000000002e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.913278  normal  0.251857 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2421  DNA processing protein DprA, putative  44.15 
 
 		 378 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.254094 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  52.48 
 
 		 372 aa  267  2.9999999999999995e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3194  SMF protein  42.86 
 
 		 374 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1801  DNA processing protein DprA, putative  40.42 
 
 		 375 aa  251  3e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.10636  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0217  SMF protein  42.86 
 
 		 374 aa  243  7e-63  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.396484  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3158  DNA processing protein DprA, putative  42.28 
 
 		 402 aa  239  9e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0730  DNA protecting protein DprA  41.65 
 
 		 373 aa  239  1e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0883  putative DNA processing protein DprA  42.12 
 
 		 375 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.430936  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1209  DNA processing protein DprA, putative  39.13 
 
 		 360 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2338  DNA processing protein DprA, putative  46.13 
 
 		 382 aa  226  6e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3825  DNA protecting protein DprA  41.9 
 
 		 592 aa  219  5e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188675  normal  0.0366246 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0849  DNA protecting protein DprA  42.24 
 
 		 372 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0092  DNA processing chain A  41.34 
 
 		 362 aa  215  9.999999999999999e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2317  DNA protecting protein DprA  48.81 
 
 		 369 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0388  putative DNA processing protein DprA  34.29 
 
 		 378 aa  212  1e-53  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4323  DNA protecting protein DprA  39.75 
 
 		 418 aa  212  1e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1644  DNA protecting protein DprA  38.97 
 
 		 395 aa  208  1e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.263138 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2177  hypothetical protein  42 
 
 		 372 aa  207  4e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.809736  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1138  DNA protecting protein DprA  47.44 
 
 		 379 aa  204  2e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.823359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  37.68 
 
 		 389 aa  204  3e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  36.76 
 
 		 386 aa  201  3e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  40.48 
 
 		 359 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  46.92 
 
 		 369 aa  197  3e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  39.53 
 
 		 358 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  40.86 
 
 		 369 aa  194  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  33.73 
 
 		 399 aa  193  6e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  35.18 
 
 		 364 aa  193  6e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  39.68 
 
 		 365 aa  192  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  41.45 
 
 		 394 aa  192  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  39.68 
 
 		 365 aa  192  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  43.75 
 
 		 365 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  34.96 
 
 		 448 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  41.43 
 
 		 377 aa  191  2e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  35.69 
 
 		 421 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  39.86 
 
 		 356 aa  189  1e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2471  Smf/DprA family protein  40.28 
 
 		 371 aa  188  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  37.75 
 
 		 369 aa  189  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  41.52 
 
 		 364 aa  187  2e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0507  DNA protecting protein DprA  41.32 
 
 		 362 aa  187  2e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.402405  hitchhiker  0.00180808 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07520  DNA protecting protein DprA  38.38 
 
 		 409 aa  187  2e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.891455  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0440  DNA protecting protein DprA  35.96 
 
 		 377 aa  187  3e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.303838  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0357  DNA protecting protein DprA  37.99 
 
 		 377 aa  187  3e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0657137  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  38.89 
 
 		 371 aa  186  5e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  40.79 
 
 		 361 aa  186  7e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  40.85 
 
 		 366 aa  186  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0308  DNA protecting protein DprA  36.28 
 
 		 422 aa  186  8e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  45.37 
 
 		 366 aa  186  8e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  42.71 
 
 		 365 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  39.65 
 
 		 359 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4546  DNA protecting protein DprA  32.62 
 
 		 369 aa  184  3e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  39.3 
 
 		 359 aa  184  3e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  40.2 
 
 		 361 aa  183  4.0000000000000006e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  46.09 
 
 		 366 aa  182  8.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  39.65 
 
 		 370 aa  182  1e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  43.29 
 
 		 338 aa  182  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  38.95 
 
 		 368 aa  182  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  43.29 
 
 		 338 aa  182  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  39.1 
 
 		 368 aa  181  2e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  40.43 
 
 		 372 aa  181  2e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  45.21 
 
 		 338 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000224726 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  44.75 
 
 		 338 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  45.33 
 
 		 338 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  41.64 
 
 		 375 aa  180  4e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0029  DNA protecting protein DprA  44.75 
 
 		 338 aa  180  4e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0103  DNA protecting protein DprA  39.64 
 
 		 365 aa  180  4e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  44.83 
 
 		 338 aa  180  4e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0034  DNA protecting protein DprA  44.75 
 
 		 338 aa  180  4e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  45.66 
 
 		 338 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0026  DNA protecting protein DprA  45.79 
 
 		 340 aa  179  8e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  45.16 
 
 		 338 aa  179  9e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  40.94 
 
 		 401 aa  179  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  35.15 
 
 		 362 aa  179  1e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  39.55 
 
 		 401 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  40.54 
 
 		 402 aa  178  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>