More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3194 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3194  SMF protein  100 
 
 		 374 aa  721    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2285  DNA processing protein DprA, putative  51.63 
 
 		 372 aa  345  7e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  51.5 
 
 		 372 aa  344  2e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2010  SMF protein  50.27 
 
 		 372 aa  339  4e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.272582 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2244  DNA processing protein DprA, putative  52.04 
 
 		 372 aa  334  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.282732 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4729  DNA processing chain A (DprA/Smf)  52.16 
 
 		 372 aa  329  4e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0730  DNA protecting protein DprA  51.74 
 
 		 373 aa  322  8e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1209  DNA processing protein DprA, putative  50.27 
 
 		 360 aa  320  1.9999999999999998e-86  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3669  DNA protecting protein DprA  47.34 
 
 		 388 aa  319  5e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215267  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1759  DNA protecting protein DprA  46.63 
 
 		 383 aa  318  7e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0602  DNA processing protein DprA, putative  48.4 
 
 		 393 aa  318  1e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3916  DNA protecting protein DprA  53.41 
 
 		 378 aa  317  3e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3031  DNA processing protein DprA, putative  51.75 
 
 		 422 aa  315  8e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.461494  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1356  DNA protecting protein DprA  51.94 
 
 		 378 aa  315  8e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0567  SMF protein  47.86 
 
 		 393 aa  311  9e-84  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3531  DNA protecting protein DprA  51.21 
 
 		 378 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2421  DNA processing protein DprA, putative  50.81 
 
 		 378 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.254094 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0933  DNA protecting protein DprA  46.32 
 
 		 383 aa  301  2e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.339365  normal  0.657052 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1801  DNA processing protein DprA, putative  46.3 
 
 		 375 aa  300  2e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.10636  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1508  DNA protecting protein DprA  50.54 
 
 		 366 aa  300  2e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.300262 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3825  DNA protecting protein DprA  54.22 
 
 		 592 aa  300  4e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188675  normal  0.0366246 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1296  DNA protecting protein DprA  46.52 
 
 		 380 aa  296  3e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.857359  decreased coverage  0.000779051 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0842  DNA protecting protein DprA  43.39 
 
 		 396 aa  293  3e-78  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0234041  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1388  DNA protecting protein DprA  46.26 
 
 		 380 aa  291  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0849  DNA protecting protein DprA  51.74 
 
 		 372 aa  290  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3515  DNA protecting protein DprA  47.61 
 
 		 397 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3315  DNA protecting protein DprA  46.15 
 
 		 397 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.451996  normal  0.725027 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3638  DNA protecting protein DprA  45.41 
 
 		 397 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3857  DNA protecting protein DprA  44.23 
 
 		 422 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113237 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2177  hypothetical protein  51.47 
 
 		 372 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.809736  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2317  DNA protecting protein DprA  50.7 
 
 		 369 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3421  DNA protecting protein DprA  42.86 
 
 		 429 aa  281  2e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.143035  normal  0.697351 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0217  SMF protein  36.77 
 
 		 374 aa  278  1e-73  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.396484  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3313  DNA protecting protein DprA  46.83 
 
 		 391 aa  278  2e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1716  DNA protecting protein DprA  46.34 
 
 		 387 aa  275  9e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.913278  normal  0.251857 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1138  DNA protecting protein DprA  46.72 
 
 		 379 aa  271  1e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.823359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3158  DNA processing protein DprA, putative  49.71 
 
 		 402 aa  270  2.9999999999999997e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4345  DNA protecting protein DprA  47.51 
 
 		 391 aa  269  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.61785 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2338  DNA processing protein DprA, putative  44.75 
 
 		 382 aa  269  7e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0474  DNA protecting protein DprA  44.94 
 
 		 403 aa  268  1e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal  0.262413 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0883  putative DNA processing protein DprA  37.2 
 
 		 375 aa  268  1e-70  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.430936  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1644  DNA protecting protein DprA  46.26 
 
 		 395 aa  261  1e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.263138 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4323  DNA protecting protein DprA  41.22 
 
 		 418 aa  238  1e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3661  DNA protecting protein DprA  41.16 
 
 		 365 aa  236  6e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  39.84 
 
 		 365 aa  227  3e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  39.84 
 
 		 365 aa  227  3e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  41.73 
 
 		 388 aa  225  1e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0092  DNA processing chain A  38.12 
 
 		 362 aa  222  8e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  40.61 
 
 		 364 aa  219  6e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  40 
 
 		 358 aa  219  7.999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  40.06 
 
 		 359 aa  217  2.9999999999999998e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  39.78 
 
 		 389 aa  215  9.999999999999999e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  40.17 
 
 		 359 aa  213  4.9999999999999996e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  41.32 
 
 		 379 aa  212  7e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  43.19 
 
 		 336 aa  211  2e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0890  DNA protecting protein DprA  38.56 
 
 		 395 aa  211  2e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.135631  normal  0.947282 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  42.52 
 
 		 377 aa  210  3e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0388  putative DNA processing protein DprA  35.11 
 
 		 378 aa  210  3e-53  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  37.4 
 
 		 366 aa  209  6e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  39.57 
 
 		 371 aa  209  7e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  40.71 
 
 		 386 aa  209  8e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  39.39 
 
 		 377 aa  209  9e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  40.17 
 
 		 359 aa  208  1e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  33.79 
 
 		 362 aa  207  2e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  45.48 
 
 		 394 aa  207  2e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  40.77 
 
 		 365 aa  207  3e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  39.52 
 
 		 361 aa  205  9e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  39.94 
 
 		 356 aa  205  1e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  40.95 
 
 		 338 aa  204  1e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2471  Smf/DprA family protein  48.6 
 
 		 371 aa  204  2e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  39.5 
 
 		 375 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  40.14 
 
 		 331 aa  204  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  39.02 
 
 		 366 aa  204  3e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1159  DNA protecting protein DprA  41.9 
 
 		 668 aa  202  7e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.20942 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  35.08 
 
 		 370 aa  202  9e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0474  DNA protecting protein DprA  39.45 
 
 		 367 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.13893  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3718  DNA protecting protein DprA  35.45 
 
 		 389 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000018591  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_625  Rossmann fold DNA uptake nucleotide-binding protein  38.31 
 
 		 373 aa  199  5e-50  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  41.2 
 
 		 362 aa  199  6e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  35.62 
 
 		 399 aa  198  1.0000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  39.17 
 
 		 369 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0718  DNA processing protein DprA, putative  38.64 
 
 		 406 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  44.41 
 
 		 320 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  38.44 
 
 		 384 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  40.82 
 
 		 369 aa  197  2.0000000000000003e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  38.4 
 
 		 368 aa  197  3e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  40.82 
 
 		 369 aa  196  5.000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  40.93 
 
 		 368 aa  196  7e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  38.19 
 
 		 364 aa  195  1e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1985  DNA protecting protein DprA  39.86 
 
 		 364 aa  195  1e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435802  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0049  DNA protecting protein DprA  35.56 
 
 		 368 aa  195  1e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4084  DNA protecting protein DprA  40.05 
 
 		 399 aa  195  1e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.168592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  39.03 
 
 		 408 aa  194  2e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1581  DNA processing protein DprA, putative  41.14 
 
 		 425 aa  194  2e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.301322  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3567  DNA processing protein DprA, putative  39.94 
 
 		 371 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  39.73 
 
 		 374 aa  194  3e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  39.44 
 
 		 338 aa  194  3e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000224726 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0653  DNA protecting protein DprA  37.58 
 
 		 373 aa  193  4e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.412317  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0771  DNA protecting protein DprA  42.57 
 
 		 553 aa  193  4e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0319665 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1610  DNA protecting protein DprA  36.41 
 
 		 370 aa  193  4e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>