More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4729 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4729  DNA processing chain A (DprA/Smf)  100 
 
 		 372 aa  724    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2244  DNA processing protein DprA, putative  73.32 
 
 		 372 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.282732 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2010  SMF protein  70.96 
 
 		 372 aa  485  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.272582 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2285  DNA processing protein DprA, putative  69.05 
 
 		 372 aa  481  1e-135  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3031  DNA processing protein DprA, putative  72.33 
 
 		 422 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.461494  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3531  DNA protecting protein DprA  71.54 
 
 		 378 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2421  DNA processing protein DprA, putative  73.97 
 
 		 378 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.254094 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1759  DNA protecting protein DprA  56.79 
 
 		 383 aa  392  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0933  DNA protecting protein DprA  57.88 
 
 		 383 aa  391  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.339365  normal  0.657052 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3669  DNA protecting protein DprA  55.11 
 
 		 388 aa  379  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215267  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3916  DNA protecting protein DprA  59.5 
 
 		 378 aa  375  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1296  DNA protecting protein DprA  56.99 
 
 		 380 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.857359  decreased coverage  0.000779051 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1388  DNA protecting protein DprA  56.73 
 
 		 380 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0602  DNA processing protein DprA, putative  53.23 
 
 		 393 aa  370  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1356  DNA protecting protein DprA  58.08 
 
 		 378 aa  363  3e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3638  DNA protecting protein DprA  52.66 
 
 		 397 aa  362  8e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3313  DNA protecting protein DprA  55.5 
 
 		 391 aa  361  1e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0567  SMF protein  52.15 
 
 		 393 aa  359  3e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3315  DNA protecting protein DprA  52.79 
 
 		 397 aa  359  5e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.451996  normal  0.725027 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3515  DNA protecting protein DprA  52.15 
 
 		 397 aa  353  4e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0474  DNA protecting protein DprA  53.23 
 
 		 403 aa  345  7e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal  0.262413 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  55.43 
 
 		 372 aa  342  5e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4345  DNA protecting protein DprA  53.45 
 
 		 391 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.61785 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0842  DNA protecting protein DprA  47.89 
 
 		 396 aa  337  2.9999999999999997e-91  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0234041  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3194  SMF protein  52.16 
 
 		 374 aa  334  2e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3421  DNA protecting protein DprA  47.02 
 
 		 429 aa  321  9.999999999999999e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.143035  normal  0.697351 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3857  DNA protecting protein DprA  47.03 
 
 		 422 aa  310  2e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113237 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1508  DNA protecting protein DprA  50 
 
 		 366 aa  296  4e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.300262 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1209  DNA processing protein DprA, putative  48.37 
 
 		 360 aa  292  8e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3825  DNA protecting protein DprA  53.55 
 
 		 592 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188675  normal  0.0366246 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0883  putative DNA processing protein DprA  40.59 
 
 		 375 aa  277  3e-73  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.430936  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0217  SMF protein  39.25 
 
 		 374 aa  272  6e-72  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.396484  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2317  DNA protecting protein DprA  49.03 
 
 		 369 aa  272  6e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1801  DNA processing protein DprA, putative  46.51 
 
 		 375 aa  268  8e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.10636  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1716  DNA protecting protein DprA  46.42 
 
 		 387 aa  268  8.999999999999999e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.913278  normal  0.251857 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0730  DNA protecting protein DprA  48.66 
 
 		 373 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3158  DNA processing protein DprA, putative  48.01 
 
 		 402 aa  266  4e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1138  DNA protecting protein DprA  48.04 
 
 		 379 aa  257  2e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.823359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0849  DNA protecting protein DprA  50.69 
 
 		 372 aa  256  5e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2338  DNA processing protein DprA, putative  44.14 
 
 		 382 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2177  hypothetical protein  49.31 
 
 		 372 aa  245  8e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.809736  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1644  DNA protecting protein DprA  45.33 
 
 		 395 aa  239  4e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.263138 
 
 
-
 
NC_002978  WD0092  DNA processing chain A  39.4 
 
 		 362 aa  224  2e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4323  DNA protecting protein DprA  43.48 
 
 		 418 aa  221  1.9999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0388  putative DNA processing protein DprA  37.7 
 
 		 378 aa  218  1e-55  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  41.14 
 
 		 365 aa  216  7e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  42.54 
 
 		 364 aa  216  7e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  43.7 
 
 		 371 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  44.41 
 
 		 388 aa  213  5.999999999999999e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3661  DNA protecting protein DprA  41.27 
 
 		 365 aa  212  9e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  41.5 
 
 		 389 aa  211  1e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  41.23 
 
 		 379 aa  210  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  43.44 
 
 		 359 aa  210  3e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  40.6 
 
 		 365 aa  209  7e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  41.79 
 
 		 384 aa  209  8e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  42.19 
 
 		 365 aa  208  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  42.19 
 
 		 365 aa  208  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  41.42 
 
 		 394 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  40.64 
 
 		 374 aa  208  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  41.69 
 
 		 365 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1581  DNA processing protein DprA, putative  42.17 
 
 		 425 aa  206  6e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.301322  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  46.36 
 
 		 336 aa  206  6e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07520  DNA protecting protein DprA  34.9 
 
 		 409 aa  205  1e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.891455  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  40.9 
 
 		 368 aa  204  2e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  40.05 
 
 		 365 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  42.61 
 
 		 386 aa  204  2e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3717  DNA protecting protein DprA  44.9 
 
 		 374 aa  203  3e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00862167  decreased coverage  0.00279195 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3718  DNA protecting protein DprA  39.89 
 
 		 389 aa  202  6e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000018591  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  48.08 
 
 		 366 aa  202  7e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  39.35 
 
 		 422 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  41.6 
 
 		 366 aa  202  8e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  36.29 
 
 		 399 aa  201  9.999999999999999e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  38.2 
 
 		 448 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  45.02 
 
 		 338 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  39.03 
 
 		 408 aa  199  3.9999999999999996e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  38.92 
 
 		 394 aa  199  5e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  39.94 
 
 		 361 aa  199  5e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  39.88 
 
 		 369 aa  199  5e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  43.1 
 
 		 377 aa  199  6e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  41.75 
 
 		 369 aa  199  9e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1527  DNA protecting protein DprA  37.79 
 
 		 364 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0993227  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0103  DNA protecting protein DprA  38.38 
 
 		 365 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  40.22 
 
 		 366 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  44.1 
 
 		 368 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  38.81 
 
 		 385 aa  197  2.0000000000000003e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  36.13 
 
 		 370 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  38.53 
 
 		 368 aa  197  2.0000000000000003e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  38.11 
 
 		 356 aa  197  3e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_625  Rossmann fold DNA uptake nucleotide-binding protein  40.4 
 
 		 373 aa  197  3e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  40.57 
 
 		 385 aa  197  3e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  41.02 
 
 		 379 aa  196  4.0000000000000005e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  38.15 
 
 		 362 aa  196  6e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  41.64 
 
 		 359 aa  196  7e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  43.39 
 
 		 338 aa  196  7e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  39.68 
 
 		 372 aa  196  8.000000000000001e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  39.61 
 
 		 377 aa  195  1e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  39.84 
 
 		 375 aa  194  2e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  40.21 
 
 		 401 aa  194  3e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  40.76 
 
 		 358 aa  194  3e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  40.75 
 
 		 364 aa  193  3e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>