More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3857 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3857  DNA protecting protein DprA  100 
 
 		 422 aa  819    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113237 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3421  DNA protecting protein DprA  59.43 
 
 		 429 aa  443  1e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.143035  normal  0.697351 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0474  DNA protecting protein DprA  53.1 
 
 		 403 aa  355  6.999999999999999e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal  0.262413 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3315  DNA protecting protein DprA  51.54 
 
 		 397 aa  347  3e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.451996  normal  0.725027 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3638  DNA protecting protein DprA  51.19 
 
 		 397 aa  345  7e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3515  DNA protecting protein DprA  51.07 
 
 		 397 aa  344  2e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3313  DNA protecting protein DprA  52.02 
 
 		 391 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0933  DNA protecting protein DprA  44.71 
 
 		 383 aa  315  9.999999999999999e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.339365  normal  0.657052 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4345  DNA protecting protein DprA  51.79 
 
 		 391 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.61785 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1759  DNA protecting protein DprA  43.91 
 
 		 383 aa  310  2.9999999999999997e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2244  DNA processing protein DprA, putative  46.75 
 
 		 372 aa  310  4e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.282732 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2285  DNA processing protein DprA, putative  46.06 
 
 		 372 aa  309  5e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4729  DNA processing chain A (DprA/Smf)  47.27 
 
 		 372 aa  308  2.0000000000000002e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3531  DNA protecting protein DprA  46.65 
 
 		 378 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1296  DNA protecting protein DprA  46.76 
 
 		 380 aa  306  6e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.857359  decreased coverage  0.000779051 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  45.48 
 
 		 372 aa  305  1.0000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3669  DNA protecting protein DprA  44.36 
 
 		 388 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215267  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1388  DNA protecting protein DprA  47.12 
 
 		 380 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3031  DNA processing protein DprA, putative  45.45 
 
 		 422 aa  302  7.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.461494  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0602  DNA processing protein DprA, putative  45.08 
 
 		 393 aa  299  5e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1716  DNA protecting protein DprA  47.01 
 
 		 387 aa  299  7e-80  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.913278  normal  0.251857 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3916  DNA protecting protein DprA  46.88 
 
 		 378 aa  298  1e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0567  SMF protein  44.84 
 
 		 393 aa  295  8e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0842  DNA protecting protein DprA  40.38 
 
 		 396 aa  293  3e-78  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0234041  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1508  DNA protecting protein DprA  46.93 
 
 		 366 aa  283  4.0000000000000003e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.300262 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2010  SMF protein  53.08 
 
 		 372 aa  277  3e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.272582 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1801  DNA processing protein DprA, putative  43.46 
 
 		 375 aa  276  7e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.10636  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3194  SMF protein  44.23 
 
 		 374 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3158  DNA processing protein DprA, putative  43.58 
 
 		 402 aa  267  2.9999999999999995e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1356  DNA protecting protein DprA  42.65 
 
 		 378 aa  261  1e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2421  DNA processing protein DprA, putative  52.8 
 
 		 378 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.254094 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0217  SMF protein  41.49 
 
 		 374 aa  255  9e-67  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.396484  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0883  putative DNA processing protein DprA  41.14 
 
 		 375 aa  251  1e-65  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.430936  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2338  DNA processing protein DprA, putative  40.48 
 
 		 382 aa  246  6.999999999999999e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1209  DNA processing protein DprA, putative  41.71 
 
 		 360 aa  246  8e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3825  DNA protecting protein DprA  44.79 
 
 		 592 aa  245  9.999999999999999e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188675  normal  0.0366246 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4323  DNA protecting protein DprA  43.95 
 
 		 418 aa  245  9.999999999999999e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2317  DNA protecting protein DprA  53.24 
 
 		 369 aa  239  9e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1644  DNA protecting protein DprA  42.75 
 
 		 395 aa  238  1e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.263138 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1138  DNA protecting protein DprA  52.78 
 
 		 379 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.823359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0730  DNA protecting protein DprA  43.24 
 
 		 373 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0849  DNA protecting protein DprA  44.66 
 
 		 372 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2177  hypothetical protein  43.55 
 
 		 372 aa  219  6e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.809736  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0092  DNA processing chain A  42.05 
 
 		 362 aa  217  4e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  44.84 
 
 		 365 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  45.15 
 
 		 366 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  44.25 
 
 		 365 aa  210  4e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  43.12 
 
 		 394 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  46.8 
 
 		 369 aa  208  2e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  44.79 
 
 		 379 aa  207  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  44.3 
 
 		 386 aa  205  1e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  41.04 
 
 		 364 aa  203  5e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  38.68 
 
 		 369 aa  202  8e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4590  DNA protecting protein DprA  37.56 
 
 		 360 aa  202  9.999999999999999e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  44.96 
 
 		 372 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0388  putative DNA processing protein DprA  40.2 
 
 		 378 aa  201  3e-50  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  43.29 
 
 		 365 aa  200  3.9999999999999996e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  43.29 
 
 		 365 aa  200  3.9999999999999996e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  45.26 
 
 		 385 aa  197  3e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  37.2 
 
 		 448 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0168  DNA protecting protein DprA  37.56 
 
 		 360 aa  196  6e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.208871  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  47.19 
 
 		 365 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  45.55 
 
 		 368 aa  195  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  41.33 
 
 		 366 aa  195  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  42.96 
 
 		 356 aa  194  3e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  46.44 
 
 		 365 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  37.54 
 
 		 369 aa  194  4e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  40.55 
 
 		 358 aa  193  5e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1527  DNA protecting protein DprA  41.25 
 
 		 364 aa  193  5e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0993227  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  40.91 
 
 		 359 aa  193  6e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  44.52 
 
 		 372 aa  193  6e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0718  DNA processing protein DprA, putative  42.49 
 
 		 406 aa  192  1e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4546  DNA protecting protein DprA  43.66 
 
 		 369 aa  192  1e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  44.14 
 
 		 366 aa  191  2e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  33.97 
 
 		 399 aa  191  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  38.34 
 
 		 359 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3718  DNA protecting protein DprA  34.62 
 
 		 389 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000018591  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  35.22 
 
 		 368 aa  191  2.9999999999999997e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  42.92 
 
 		 370 aa  190  2.9999999999999997e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  52.24 
 
 		 405 aa  190  4e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  37.14 
 
 		 422 aa  190  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  40.23 
 
 		 366 aa  190  4e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  37.32 
 
 		 377 aa  190  4e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  41.03 
 
 		 352 aa  190  5e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0653  DNA protecting protein DprA  45.76 
 
 		 373 aa  189  5.999999999999999e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.412317  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0022  DNA-processing protein smf chain A  50.91 
 
 		 362 aa  189  8e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638184  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2471  Smf/DprA family protein  39.39 
 
 		 371 aa  189  8e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  49.76 
 
 		 377 aa  189  8e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  42.71 
 
 		 375 aa  189  1e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0103  DNA protecting protein DprA  40.71 
 
 		 365 aa  188  2e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_625  Rossmann fold DNA uptake nucleotide-binding protein  42.96 
 
 		 373 aa  188  2e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  35.38 
 
 		 371 aa  187  2e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  38.34 
 
 		 359 aa  187  4e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  45 
 
 		 388 aa  187  4e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0148  DNA protecting protein DprA  43.97 
 
 		 434 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  36.34 
 
 		 389 aa  186  5e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3602  DNA protecting protein DprA  46.49 
 
 		 374 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.62233 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0345  SMF family protein  43.97 
 
 		 434 aa  186  8e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3772  DNA protecting protein DprA  46.49 
 
 		 374 aa  186  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  36 
 
 		 362 aa  186  9e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>