More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3031 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3031  DNA processing protein DprA, putative  100 
 
 		 422 aa  820    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.461494  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2421  DNA processing protein DprA, putative  91.13 
 
 		 378 aa  610  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.254094 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3531  DNA protecting protein DprA  87.4 
 
 		 378 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2244  DNA processing protein DprA, putative  77.42 
 
 		 372 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.282732 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2285  DNA processing protein DprA, putative  73.91 
 
 		 372 aa  502  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2010  SMF protein  73.64 
 
 		 372 aa  499  1e-140  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.272582 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4729  DNA processing chain A (DprA/Smf)  72.33 
 
 		 372 aa  480  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0933  DNA protecting protein DprA  57.48 
 
 		 383 aa  395  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.339365  normal  0.657052 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1759  DNA protecting protein DprA  54.83 
 
 		 383 aa  379  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1296  DNA protecting protein DprA  57.26 
 
 		 380 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.857359  decreased coverage  0.000779051 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1388  DNA protecting protein DprA  57.52 
 
 		 380 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3916  DNA protecting protein DprA  57.55 
 
 		 378 aa  360  2e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3638  DNA protecting protein DprA  51.76 
 
 		 397 aa  355  1e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3315  DNA protecting protein DprA  52.01 
 
 		 397 aa  354  2e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.451996  normal  0.725027 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0602  DNA processing protein DprA, putative  50.39 
 
 		 393 aa  352  1e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3669  DNA protecting protein DprA  51.67 
 
 		 388 aa  350  2e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215267  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3313  DNA protecting protein DprA  53.88 
 
 		 391 aa  350  4e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0567  SMF protein  49.87 
 
 		 393 aa  346  4e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3515  DNA protecting protein DprA  50.63 
 
 		 397 aa  342  7e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0474  DNA protecting protein DprA  52.22 
 
 		 403 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal  0.262413 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0842  DNA protecting protein DprA  45.95 
 
 		 396 aa  336  5e-91  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0234041  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4345  DNA protecting protein DprA  54.06 
 
 		 391 aa  335  1e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.61785 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1356  DNA protecting protein DprA  53.76 
 
 		 378 aa  332  7.000000000000001e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  51.74 
 
 		 372 aa  322  7e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3194  SMF protein  51.75 
 
 		 374 aa  317  2e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3421  DNA protecting protein DprA  45.11 
 
 		 429 aa  317  3e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.143035  normal  0.697351 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3857  DNA protecting protein DprA  45.45 
 
 		 422 aa  299  8e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113237 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1508  DNA protecting protein DprA  48.66 
 
 		 366 aa  295  8e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.300262 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1209  DNA processing protein DprA, putative  48.91 
 
 		 360 aa  278  1e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3825  DNA protecting protein DprA  52.7 
 
 		 592 aa  276  6e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188675  normal  0.0366246 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0730  DNA protecting protein DprA  48.14 
 
 		 373 aa  269  7e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1716  DNA protecting protein DprA  44.65 
 
 		 387 aa  263  4e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.913278  normal  0.251857 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2338  DNA processing protein DprA, putative  44.29 
 
 		 382 aa  262  6.999999999999999e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1138  DNA protecting protein DprA  45.56 
 
 		 379 aa  258  1e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.823359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1801  DNA processing protein DprA, putative  45.04 
 
 		 375 aa  256  4e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.10636  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3158  DNA processing protein DprA, putative  46.57 
 
 		 402 aa  255  1.0000000000000001e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0849  DNA protecting protein DprA  50.27 
 
 		 372 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2317  DNA protecting protein DprA  48.48 
 
 		 369 aa  249  7e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2177  hypothetical protein  48.9 
 
 		 372 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.809736  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0217  SMF protein  36.53 
 
 		 374 aa  241  2e-62  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.396484  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1644  DNA protecting protein DprA  44.56 
 
 		 395 aa  230  4e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.263138 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0883  putative DNA processing protein DprA  35.75 
 
 		 375 aa  229  8e-59  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.430936  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0092  DNA processing chain A  39.62 
 
 		 362 aa  227  3e-58  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4323  DNA protecting protein DprA  42.89 
 
 		 418 aa  222  9.999999999999999e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  40.86 
 
 		 371 aa  212  7.999999999999999e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3661  DNA protecting protein DprA  39.23 
 
 		 365 aa  212  9e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  42.58 
 
 		 365 aa  212  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  42.38 
 
 		 359 aa  209  7e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  42.22 
 
 		 388 aa  209  1e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  48.94 
 
 		 366 aa  208  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  42.03 
 
 		 365 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  38.93 
 
 		 389 aa  205  1e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  42.31 
 
 		 394 aa  202  9e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0388  putative DNA processing protein DprA  34.04 
 
 		 378 aa  201  1.9999999999999998e-50  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  40.44 
 
 		 386 aa  200  3.9999999999999996e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  40.34 
 
 		 377 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  39.78 
 
 		 368 aa  199  6e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  36.44 
 
 		 377 aa  199  7.999999999999999e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  41.9 
 
 		 365 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  40.78 
 
 		 372 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1581  DNA processing protein DprA, putative  41.32 
 
 		 425 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.301322  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  39.73 
 
 		 379 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  40.43 
 
 		 385 aa  196  5.000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  39.73 
 
 		 379 aa  195  1e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  43.99 
 
 		 365 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  39.72 
 
 		 366 aa  194  2e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  41.62 
 
 		 384 aa  194  2e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  38.08 
 
 		 375 aa  194  3e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0103  DNA protecting protein DprA  37.53 
 
 		 365 aa  194  3e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  33.78 
 
 		 370 aa  193  4e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  40.56 
 
 		 356 aa  193  5e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07520  DNA protecting protein DprA  34.75 
 
 		 409 aa  192  9e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.891455  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  39.2 
 
 		 366 aa  192  9e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  43.02 
 
 		 368 aa  192  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  38.42 
 
 		 364 aa  191  2e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  38.71 
 
 		 364 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3718  DNA protecting protein DprA  38.29 
 
 		 389 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000018591  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  38.75 
 
 		 374 aa  189  5.999999999999999e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  38.27 
 
 		 368 aa  189  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  39.25 
 
 		 372 aa  189  1e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0022  DNA-processing protein smf chain A  44.41 
 
 		 362 aa  188  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638184  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  35.36 
 
 		 399 aa  188  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  35.46 
 
 		 408 aa  187  3e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  39 
 
 		 359 aa  187  4e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  38.72 
 
 		 359 aa  187  4e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  37.53 
 
 		 365 aa  186  5e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  37.53 
 
 		 365 aa  186  5e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  50 
 
 		 362 aa  186  6e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4049  Fis family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 386 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3394  DNA protecting protein DprA  37.7 
 
 		 386 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3717  DNA protecting protein DprA  37.43 
 
 		 374 aa  184  2.0000000000000003e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00862167  decreased coverage  0.00279195 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  41.64 
 
 		 338 aa  184  3e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  38.87 
 
 		 358 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4510  DNA protecting protein DprA  43.2 
 
 		 373 aa  183  4.0000000000000006e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00273954  hitchhiker  0.000201451 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  40.86 
 
 		 389 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  41.14 
 
 		 358 aa  182  7e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  36.92 
 
 		 394 aa  182  7e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  41.47 
 
 		 338 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0890  DNA protecting protein DprA  42.03 
 
 		 395 aa  182  1e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.135631  normal  0.947282 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  34.79 
 
 		 421 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>