More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0933 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0933  DNA protecting protein DprA  100 
 
 		 383 aa  756    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.339365  normal  0.657052 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1759  DNA protecting protein DprA  69.74 
 
 		 383 aa  530  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1388  DNA protecting protein DprA  72.7 
 
 		 380 aa  519  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1296  DNA protecting protein DprA  71.28 
 
 		 380 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.857359  decreased coverage  0.000779051 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3669  DNA protecting protein DprA  56.08 
 
 		 388 aa  414  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215267  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0602  DNA processing protein DprA, putative  54.31 
 
 		 393 aa  404  1e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0567  SMF protein  54.31 
 
 		 393 aa  402  1e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2244  DNA processing protein DprA, putative  57.22 
 
 		 372 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.282732 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3031  DNA processing protein DprA, putative  57.48 
 
 		 422 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.461494  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4729  DNA processing chain A (DprA/Smf)  57.88 
 
 		 372 aa  377  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0842  DNA protecting protein DprA  50.79 
 
 		 396 aa  378  1e-103  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0234041  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2285  DNA processing protein DprA, putative  57.77 
 
 		 372 aa  373  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1356  DNA protecting protein DprA  56.51 
 
 		 378 aa  373  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3531  DNA protecting protein DprA  57.95 
 
 		 378 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2010  SMF protein  56.1 
 
 		 372 aa  368  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.272582 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3916  DNA protecting protein DprA  55.31 
 
 		 378 aa  364  2e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2421  DNA processing protein DprA, putative  58.49 
 
 		 378 aa  362  9e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.254094 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3315  DNA protecting protein DprA  49.5 
 
 		 397 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.451996  normal  0.725027 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3638  DNA protecting protein DprA  49.25 
 
 		 397 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3313  DNA protecting protein DprA  51.03 
 
 		 391 aa  335  5e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  51.47 
 
 		 372 aa  334  2e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3421  DNA protecting protein DprA  45.78 
 
 		 429 aa  325  1e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.143035  normal  0.697351 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3515  DNA protecting protein DprA  46.73 
 
 		 397 aa  320  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4345  DNA protecting protein DprA  48.47 
 
 		 391 aa  316  5e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.61785 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0474  DNA protecting protein DprA  48.88 
 
 		 403 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal  0.262413 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3857  DNA protecting protein DprA  44.71 
 
 		 422 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113237 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1209  DNA processing protein DprA, putative  45.78 
 
 		 360 aa  287  2e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3194  SMF protein  46.32 
 
 		 374 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0217  SMF protein  37.17 
 
 		 374 aa  272  6e-72  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.396484  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0883  putative DNA processing protein DprA  38.24 
 
 		 375 aa  270  4e-71  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.430936  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1508  DNA protecting protein DprA  43.85 
 
 		 366 aa  268  1e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.300262 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1801  DNA processing protein DprA, putative  43.04 
 
 		 375 aa  265  7e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.10636  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0730  DNA protecting protein DprA  45.01 
 
 		 373 aa  264  2e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3825  DNA protecting protein DprA  46.87 
 
 		 592 aa  258  2e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188675  normal  0.0366246 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3158  DNA processing protein DprA, putative  46.61 
 
 		 402 aa  251  1e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2338  DNA processing protein DprA, putative  40.59 
 
 		 382 aa  251  1e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1138  DNA protecting protein DprA  43.8 
 
 		 379 aa  251  2e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.823359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1716  DNA protecting protein DprA  41.05 
 
 		 387 aa  248  1e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.913278  normal  0.251857 
 
 
-
 
NC_002978  WD0092  DNA processing chain A  38.87 
 
 		 362 aa  247  2e-64  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2317  DNA protecting protein DprA  44.29 
 
 		 369 aa  242  7e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0388  putative DNA processing protein DprA  37.53 
 
 		 378 aa  237  2e-61  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0849  DNA protecting protein DprA  45.65 
 
 		 372 aa  232  9e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1644  DNA protecting protein DprA  42.4 
 
 		 395 aa  231  1e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.263138 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2177  hypothetical protein  46.83 
 
 		 372 aa  223  3e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.809736  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4323  DNA protecting protein DprA  40.91 
 
 		 418 aa  218  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07520  DNA protecting protein DprA  36.19 
 
 		 409 aa  204  2e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.891455  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  37.33 
 
 		 359 aa  204  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  38.61 
 
 		 371 aa  199  5e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3661  DNA protecting protein DprA  37.03 
 
 		 365 aa  197  2.0000000000000003e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  37.57 
 
 		 366 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  37.98 
 
 		 389 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0653  DNA protecting protein DprA  37.57 
 
 		 373 aa  194  2e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.412317  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  37.43 
 
 		 386 aa  192  8e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  37.36 
 
 		 364 aa  191  2e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  37.6 
 
 		 379 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  34.92 
 
 		 370 aa  190  2.9999999999999997e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  34.92 
 
 		 399 aa  189  9e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  36.49 
 
 		 359 aa  187  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  41.61 
 
 		 366 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_625  Rossmann fold DNA uptake nucleotide-binding protein  35.81 
 
 		 373 aa  187  3e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  38.15 
 
 		 375 aa  186  5e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  36.56 
 
 		 394 aa  186  8e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0103  DNA protecting protein DprA  34.32 
 
 		 365 aa  185  9e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  36.41 
 
 		 359 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  37.05 
 
 		 377 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  37.85 
 
 		 379 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0474  DNA protecting protein DprA  36.86 
 
 		 367 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.13893  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  35.98 
 
 		 385 aa  184  3e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3718  DNA protecting protein DprA  34.62 
 
 		 389 aa  183  5.0000000000000004e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000018591  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  34.75 
 
 		 364 aa  182  6e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  35.68 
 
 		 422 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  38.4 
 
 		 384 aa  182  1e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0718  DNA processing protein DprA, putative  35.07 
 
 		 406 aa  181  2e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  36.39 
 
 		 366 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0835  DNA protecting protein DprA  37.02 
 
 		 405 aa  181  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  35.56 
 
 		 448 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  35.54 
 
 		 365 aa  180  4.999999999999999e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  35.54 
 
 		 365 aa  180  4.999999999999999e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  35.31 
 
 		 356 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  37.7 
 
 		 394 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  36.63 
 
 		 365 aa  179  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  33.87 
 
 		 369 aa  178  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  35.92 
 
 		 374 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  33.42 
 
 		 369 aa  178  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  31.34 
 
 		 362 aa  178  1e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  35.73 
 
 		 475 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  38.89 
 
 		 358 aa  178  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  34.55 
 
 		 368 aa  178  2e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  40.67 
 
 		 320 aa  177  3e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  36.36 
 
 		 358 aa  177  3e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  38.65 
 
 		 369 aa  176  5e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2514  DNA processing protein DprA, putative  35.64 
 
 		 475 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2057  DNA protecting protein DprA  32.78 
 
 		 374 aa  176  5e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.448378  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  40.21 
 
 		 336 aa  176  8e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0415  DNA protecting protein DprA  33.51 
 
 		 382 aa  176  8e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.251198 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4590  DNA protecting protein DprA  36.02 
 
 		 360 aa  175  9.999999999999999e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  37.36 
 
 		 372 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  38.6 
 
 		 377 aa  175  9.999999999999999e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  33.53 
 
 		 368 aa  175  9.999999999999999e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0567  DNA protecting protein DprA  33.89 
 
 		 356 aa  175  9.999999999999999e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>