More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_2010 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2010  SMF protein  100 
 
 		 372 aa  724    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.272582 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2285  DNA processing protein DprA, putative  86.29 
 
 		 372 aa  607  1e-173  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2244  DNA processing protein DprA, putative  75.55 
 
 		 372 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.282732 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3031  DNA processing protein DprA, putative  73.91 
 
 		 422 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.461494  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3531  DNA protecting protein DprA  72.36 
 
 		 378 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2421  DNA processing protein DprA, putative  73.57 
 
 		 378 aa  487  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.254094 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4729  DNA processing chain A (DprA/Smf)  71.23 
 
 		 372 aa  472  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1759  DNA protecting protein DprA  57.72 
 
 		 383 aa  384  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0933  DNA protecting protein DprA  57.22 
 
 		 383 aa  376  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.339365  normal  0.657052 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3916  DNA protecting protein DprA  58.38 
 
 		 378 aa  374  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1296  DNA protecting protein DprA  57.38 
 
 		 380 aa  368  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.857359  decreased coverage  0.000779051 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3669  DNA protecting protein DprA  54.28 
 
 		 388 aa  367  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215267  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1388  DNA protecting protein DprA  57.61 
 
 		 380 aa  366  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3313  DNA protecting protein DprA  57.54 
 
 		 391 aa  365  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0602  DNA processing protein DprA, putative  54.4 
 
 		 393 aa  362  5.0000000000000005e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3638  DNA protecting protein DprA  54.43 
 
 		 397 aa  360  2e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3315  DNA protecting protein DprA  54.43 
 
 		 397 aa  360  3e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.451996  normal  0.725027 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1356  DNA protecting protein DprA  56.44 
 
 		 378 aa  357  9.999999999999999e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0567  SMF protein  53.33 
 
 		 393 aa  352  5.9999999999999994e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3515  DNA protecting protein DprA  52.64 
 
 		 397 aa  350  2e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0474  DNA protecting protein DprA  54.09 
 
 		 403 aa  350  2e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal  0.262413 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4345  DNA protecting protein DprA  55.75 
 
 		 391 aa  347  2e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.61785 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  53.85 
 
 		 372 aa  345  8e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0842  DNA protecting protein DprA  47.52 
 
 		 396 aa  342  8e-93  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0234041  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3194  SMF protein  51.09 
 
 		 374 aa  333  4e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3421  DNA protecting protein DprA  47.72 
 
 		 429 aa  332  6e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.143035  normal  0.697351 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3857  DNA protecting protein DprA  46.63 
 
 		 422 aa  311  1e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113237 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1508  DNA protecting protein DprA  48.92 
 
 		 366 aa  297  2e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.300262 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3825  DNA protecting protein DprA  54.1 
 
 		 592 aa  292  8e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188675  normal  0.0366246 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1716  DNA protecting protein DprA  46.98 
 
 		 387 aa  277  2e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.913278  normal  0.251857 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2317  DNA protecting protein DprA  50.14 
 
 		 369 aa  275  8e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0730  DNA protecting protein DprA  46.61 
 
 		 373 aa  271  1e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3158  DNA processing protein DprA, putative  48.02 
 
 		 402 aa  269  5.9999999999999995e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2338  DNA processing protein DprA, putative  45.45 
 
 		 382 aa  269  7e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0849  DNA protecting protein DprA  51.65 
 
 		 372 aa  264  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1209  DNA processing protein DprA, putative  45.45 
 
 		 360 aa  262  8e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1801  DNA processing protein DprA, putative  45.73 
 
 		 375 aa  260  3e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.10636  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1138  DNA protecting protein DprA  46.22 
 
 		 379 aa  255  9e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.823359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0217  SMF protein  37.8 
 
 		 374 aa  253  3e-66  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.396484  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2177  hypothetical protein  50.27 
 
 		 372 aa  252  6e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.809736  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0883  putative DNA processing protein DprA  36.9 
 
 		 375 aa  247  2e-64  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.430936  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4323  DNA protecting protein DprA  43.11 
 
 		 418 aa  231  1e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1644  DNA protecting protein DprA  43.16 
 
 		 395 aa  227  3e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.263138 
 
 
-
 
NC_002978  WD0092  DNA processing chain A  38.07 
 
 		 362 aa  226  4e-58  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0388  putative DNA processing protein DprA  35.2 
 
 		 378 aa  226  4e-58  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  36.78 
 
 		 377 aa  220  3e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3661  DNA protecting protein DprA  40 
 
 		 365 aa  210  3e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  42.02 
 
 		 386 aa  208  1e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  35.8 
 
 		 362 aa  207  2e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  47.04 
 
 		 366 aa  207  4e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  41.23 
 
 		 365 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  39.84 
 
 		 364 aa  206  5e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  41.23 
 
 		 365 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  43.94 
 
 		 336 aa  204  1e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07520  DNA protecting protein DprA  34.59 
 
 		 409 aa  204  2e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.891455  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  40 
 
 		 388 aa  204  2e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  37.27 
 
 		 385 aa  203  4e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3718  DNA protecting protein DprA  39.23 
 
 		 389 aa  202  6e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000018591  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  42.73 
 
 		 358 aa  202  7e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  41.36 
 
 		 366 aa  202  9.999999999999999e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  41.34 
 
 		 365 aa  199  7e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  40.22 
 
 		 364 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  38.89 
 
 		 371 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  38.16 
 
 		 379 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  37.63 
 
 		 401 aa  197  3e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  38.07 
 
 		 389 aa  197  3e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  38.86 
 
 		 377 aa  197  3e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  36.27 
 
 		 399 aa  196  4.0000000000000005e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  44.29 
 
 		 365 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  38.55 
 
 		 368 aa  196  6e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  39.5 
 
 		 408 aa  196  6e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  44.11 
 
 		 366 aa  196  7e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1581  DNA processing protein DprA, putative  39.12 
 
 		 425 aa  196  8.000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.301322  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  42.03 
 
 		 369 aa  195  9e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  39.43 
 
 		 359 aa  195  9e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  40.65 
 
 		 394 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  39.08 
 
 		 384 aa  194  2e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  37.91 
 
 		 361 aa  194  2e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  42.61 
 
 		 368 aa  194  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0103  DNA protecting protein DprA  34.55 
 
 		 365 aa  193  4e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  37.87 
 
 		 365 aa  192  7e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  42.14 
 
 		 369 aa  192  7e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  37.87 
 
 		 365 aa  192  7e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  32.52 
 
 		 370 aa  192  8e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  42.35 
 
 		 338 aa  192  9e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  38.1 
 
 		 422 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  38.44 
 
 		 394 aa  191  2e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0357  DNA protecting protein DprA  36.8 
 
 		 377 aa  191  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0657137  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  43.77 
 
 		 320 aa  191  2.9999999999999997e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  37.4 
 
 		 375 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  38.52 
 
 		 374 aa  190  4e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  37.27 
 
 		 372 aa  189  5e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4510  DNA protecting protein DprA  42.48 
 
 		 373 aa  189  5e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00273954  hitchhiker  0.000201451 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  39.03 
 
 		 356 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  41.42 
 
 		 368 aa  189  7e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  38.14 
 
 		 358 aa  189  9e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  41.28 
 
 		 331 aa  188  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2057  DNA protecting protein DprA  39.93 
 
 		 374 aa  189  1e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.448378  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  38.11 
 
 		 475 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1527  DNA protecting protein DprA  33.43 
 
 		 364 aa  188  2e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0993227  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>