More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4323 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4323  DNA protecting protein DprA  100 
 
 		 418 aa  810    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3158  DNA processing protein DprA, putative  52.09 
 
 		 402 aa  336  5e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1138  DNA protecting protein DprA  47.64 
 
 		 379 aa  316  5e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.823359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0849  DNA protecting protein DprA  54.81 
 
 		 372 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2338  DNA processing protein DprA, putative  47.98 
 
 		 382 aa  311  1e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2177  hypothetical protein  54.08 
 
 		 372 aa  302  7.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.809736  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2317  DNA protecting protein DprA  51.89 
 
 		 369 aa  298  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  45.77 
 
 		 372 aa  285  1.0000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1209  DNA processing protein DprA, putative  44.53 
 
 		 360 aa  266  4e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1801  DNA processing protein DprA, putative  41.52 
 
 		 375 aa  263  6e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.10636  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3857  DNA protecting protein DprA  44.44 
 
 		 422 aa  262  6.999999999999999e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113237 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3825  DNA protecting protein DprA  49.49 
 
 		 592 aa  257  2e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188675  normal  0.0366246 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3515  DNA protecting protein DprA  43.75 
 
 		 397 aa  255  8e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0474  DNA protecting protein DprA  46.59 
 
 		 403 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal  0.262413 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1716  DNA protecting protein DprA  42.41 
 
 		 387 aa  252  7e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.913278  normal  0.251857 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2010  SMF protein  42.56 
 
 		 372 aa  249  5e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.272582 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3669  DNA protecting protein DprA  39.55 
 
 		 388 aa  248  2e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215267  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3194  SMF protein  41.73 
 
 		 374 aa  248  2e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0933  DNA protecting protein DprA  40.91 
 
 		 383 aa  247  3e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.339365  normal  0.657052 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3313  DNA protecting protein DprA  45.96 
 
 		 391 aa  247  3e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3916  DNA protecting protein DprA  43.8 
 
 		 378 aa  247  4e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0217  SMF protein  35.34 
 
 		 374 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.396484  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2285  DNA processing protein DprA, putative  42.86 
 
 		 372 aa  245  9.999999999999999e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3531  DNA protecting protein DprA  43.29 
 
 		 378 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3315  DNA protecting protein DprA  43.11 
 
 		 397 aa  244  3e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.451996  normal  0.725027 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3031  DNA processing protein DprA, putative  42.89 
 
 		 422 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.461494  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3638  DNA protecting protein DprA  42.36 
 
 		 397 aa  241  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1296  DNA protecting protein DprA  42.23 
 
 		 380 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.857359  decreased coverage  0.000779051 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2244  DNA processing protein DprA, putative  41.41 
 
 		 372 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.282732 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0842  DNA protecting protein DprA  44.09 
 
 		 396 aa  238  1e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0234041  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0883  putative DNA processing protein DprA  35.01 
 
 		 375 aa  238  2e-61  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.430936  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1356  DNA protecting protein DprA  40.65 
 
 		 378 aa  236  5.0000000000000005e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0730  DNA protecting protein DprA  42.89 
 
 		 373 aa  236  6e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1759  DNA protecting protein DprA  38.42 
 
 		 383 aa  234  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4729  DNA processing chain A (DprA/Smf)  43.48 
 
 		 372 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1388  DNA protecting protein DprA  42.01 
 
 		 380 aa  234  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3421  DNA protecting protein DprA  40.4 
 
 		 429 aa  232  8.000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.143035  normal  0.697351 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0602  DNA processing protein DprA, putative  39.34 
 
 		 393 aa  231  2e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1508  DNA protecting protein DprA  40.71 
 
 		 366 aa  230  3e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.300262 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2421  DNA processing protein DprA, putative  42.64 
 
 		 378 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.254094 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4345  DNA protecting protein DprA  45.39 
 
 		 391 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.61785 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1644  DNA protecting protein DprA  42.11 
 
 		 395 aa  224  3e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.263138 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0567  SMF protein  38.73 
 
 		 393 aa  223  4e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0092  DNA processing chain A  44.53 
 
 		 362 aa  223  4.9999999999999996e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  41.23 
 
 		 361 aa  213  3.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  49.08 
 
 		 364 aa  213  7e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  45.62 
 
 		 358 aa  211  2e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  46.84 
 
 		 356 aa  209  6e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0771  DNA protecting protein DprA  50.35 
 
 		 553 aa  209  1e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0319665 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  40.58 
 
 		 361 aa  208  2e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  38.48 
 
 		 364 aa  207  4e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0890  DNA protecting protein DprA  36.1 
 
 		 395 aa  205  1e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.135631  normal  0.947282 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0049  DNA protecting protein DprA  41.58 
 
 		 368 aa  202  9.999999999999999e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  40.27 
 
 		 377 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  39.07 
 
 		 362 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  48.37 
 
 		 320 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  42.12 
 
 		 370 aa  200  5e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  37.86 
 
 		 379 aa  200  5e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  42.71 
 
 		 359 aa  200  5e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  37.41 
 
 		 365 aa  200  5e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1581  DNA processing protein DprA, putative  38.33 
 
 		 425 aa  199  7e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.301322  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  46.95 
 
 		 377 aa  199  7.999999999999999e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  40.38 
 
 		 385 aa  198  1.0000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1159  DNA protecting protein DprA  44.88 
 
 		 668 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.20942 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  43.46 
 
 		 394 aa  196  6e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3661  DNA protecting protein DprA  42.75 
 
 		 365 aa  196  6e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  44.84 
 
 		 365 aa  196  7e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2057  DNA protecting protein DprA  46.79 
 
 		 374 aa  195  1e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.448378  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0966  DNA protecting protein DprA  37.8 
 
 		 442 aa  194  2e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  44.44 
 
 		 366 aa  194  3e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0388  putative DNA processing protein DprA  33.42 
 
 		 378 aa  194  3e-48  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  43.75 
 
 		 386 aa  194  3e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4590  DNA protecting protein DprA  40.67 
 
 		 360 aa  194  4e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  44.29 
 
 		 365 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0474  DNA protecting protein DprA  42.55 
 
 		 367 aa  192  7e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.13893  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0103  DNA protecting protein DprA  40.61 
 
 		 365 aa  192  8e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  51.15 
 
 		 394 aa  192  9e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  43.96 
 
 		 371 aa  192  1e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  41.81 
 
 		 366 aa  191  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  36.01 
 
 		 388 aa  191  2e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1867  DNA protecting protein DprA  36.8 
 
 		 381 aa  189  5.999999999999999e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  47.35 
 
 		 405 aa  189  8e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1931  DNA processing chain A  36.8 
 
 		 381 aa  188  1e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1985  DNA protecting protein DprA  40.61 
 
 		 364 aa  188  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435802  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0168  DNA protecting protein DprA  42.47 
 
 		 360 aa  188  2e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.208871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  34.99 
 
 		 399 aa  188  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  46.51 
 
 		 366 aa  188  2e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4546  DNA protecting protein DprA  38.96 
 
 		 369 aa  188  2e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  35.38 
 
 		 368 aa  187  3e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  40.85 
 
 		 368 aa  187  3e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  42.92 
 
 		 352 aa  187  4e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  42.81 
 
 		 359 aa  187  4e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  44.59 
 
 		 365 aa  187  4e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  43.53 
 
 		 385 aa  186  5e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  44.33 
 
 		 375 aa  186  5e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  42.52 
 
 		 359 aa  186  5e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  45.42 
 
 		 338 aa  186  5e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  43.39 
 
 		 365 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_002936  DET0718  DNA processing protein DprA, putative  33.25 
 
 		 406 aa  186  7e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  37.65 
 
 		 422 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>