More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3584 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3584  DNA processing protein DprA, putative  100 
 
 		 446 aa  865    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1158  DNA protecting protein DprA  62.87 
 
 		 408 aa  411  1e-113  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.134749  normal  0.133993 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0671  SMF protein  48.79 
 
 		 394 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09850  DNA protecting protein DprA  48.67 
 
 		 383 aa  268  1e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3415  DNA protecting protein DprA  48.45 
 
 		 387 aa  263  4e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0990  DNA protecting protein DprA  48.52 
 
 		 475 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.638055  normal  0.0748697 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1858  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  49.06 
 
 		 396 aa  259  6e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.306084  hitchhiker  0.00651172 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3996  DNA protecting protein DprA  52 
 
 		 422 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1318  DNA protecting protein DprA  42.96 
 
 		 444 aa  253  4.0000000000000004e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1209  DNA protecting protein DprA  44.04 
 
 		 452 aa  249  6e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1548  DNA protecting protein DprA  45.15 
 
 		 391 aa  247  3e-64  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.20886 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2204  transcriptional regulator, TrmB  49.21 
 
 		 379 aa  243  6e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382652 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2097  DNA protecting protein DprA  49.03 
 
 		 374 aa  242  1e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2268  DNA protecting protein DprA  48.52 
 
 		 349 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1967  DNA protecting protein DprA  48.57 
 
 		 376 aa  233  4.0000000000000004e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.41905 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1987  DNA processing protein DprA, putative  48.57 
 
 		 376 aa  233  4.0000000000000004e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2033  DNA protecting protein DprA  48.57 
 
 		 376 aa  233  4.0000000000000004e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.677839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4138  DNA protecting protein DprA  46.82 
 
 		 388 aa  231  1e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.963935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2191  DNA protecting protein DprA  47.87 
 
 		 384 aa  232  1e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0946717  normal  0.901386 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3246  DNA protecting protein DprA  46.32 
 
 		 378 aa  231  2e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.261915  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1524  DNA protecting protein DprA  46.25 
 
 		 600 aa  229  8e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0174562  hitchhiker  0.00583447 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0233  DNA protecting protein DprA  48.12 
 
 		 400 aa  225  1e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12910  hypothetical protein  45.29 
 
 		 389 aa  224  3e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000201466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2472  DNA protecting protein DprA  40.6 
 
 		 394 aa  224  3e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.156193  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1480  DNA protecting protein DprA  48.61 
 
 		 402 aa  222  9.999999999999999e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.173906  normal  0.04573 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3121  DNA protecting protein DprA  42.5 
 
 		 423 aa  221  9.999999999999999e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0011897  normal  0.148234 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1177  DNA protecting protein DprA  45 
 
 		 402 aa  221  1.9999999999999999e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1409  DNA protecting protein DprA  48.03 
 
 		 395 aa  216  7e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.79779  normal  0.0660954 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2211  DNA protecting protein DprA  40.99 
 
 		 402 aa  212  9e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000321708 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23650  DNA protecting protein DprA  43.99 
 
 		 399 aa  212  1e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0566962  normal  0.0721644 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5401  SMF family protein  47.5 
 
 		 310 aa  202  8e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.219936  normal  0.277255 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2511  DNA protecting protein DprA  45.37 
 
 		 386 aa  201  1.9999999999999998e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.488528 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1643  DNA protecting protein DprA  41.36 
 
 		 388 aa  195  1e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0293529  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11160  DNA protecting protein DprA  42.74 
 
 		 371 aa  194  2e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0892181  normal  0.950847 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1000  DNA protecting protein DprA  38.95 
 
 		 395 aa  190  4e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.390395  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09260  DNA protecting protein DprA  40.64 
 
 		 424 aa  184  2.0000000000000003e-45  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.180441  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10090  DNA protecting protein DprA  46.77 
 
 		 428 aa  168  1e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  34.07 
 
 		 370 aa  164  4.0000000000000004e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  37.42 
 
 		 366 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  35.71 
 
 		 361 aa  162  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  38.96 
 
 		 386 aa  160  6e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  32.82 
 
 		 362 aa  158  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  35.19 
 
 		 338 aa  157  3e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  37.5 
 
 		 385 aa  157  4e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  35.16 
 
 		 331 aa  156  8e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  38.46 
 
 		 394 aa  155  1e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  37.83 
 
 		 336 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1675  DNA protecting protein DprA  28.73 
 
 		 360 aa  154  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0238407  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0049  DNA protecting protein DprA  33.22 
 
 		 368 aa  152  8e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3718  DNA protecting protein DprA  42.35 
 
 		 389 aa  152  8.999999999999999e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000018591  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  38.43 
 
 		 372 aa  151  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  35.52 
 
 		 389 aa  152  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0295  DNA processing protein DprA, putative  34.82 
 
 		 374 aa  150  5e-35  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.332984 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1957  DNA protecting protein DprA  28.45 
 
 		 360 aa  150  6e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2182  DNA protecting protein DprA  32.46 
 
 		 365 aa  149  7e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00480655  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0637  DNA protecting protein DprA  37.66 
 
 		 514 aa  149  1.0000000000000001e-34  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.3144 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3673  DNA protecting protein DprA  38.68 
 
 		 366 aa  148  2.0000000000000003e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.917953  normal  0.236598 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0034  DNA protecting protein DprA  33.85 
 
 		 338 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0029  DNA protecting protein DprA  33.85 
 
 		 338 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2723  DNA protecting protein DprA  30.49 
 
 		 369 aa  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.36752  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  33.85 
 
 		 338 aa  146  6e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  33.54 
 
 		 338 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000224726 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5115  DNA protecting protein DprA  37.73 
 
 		 382 aa  146  8.000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4590  DNA protecting protein DprA  35.29 
 
 		 360 aa  145  1e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1801  DNA processing protein DprA, putative  38.44 
 
 		 375 aa  145  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.10636  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3825  DNA protecting protein DprA  37.54 
 
 		 592 aa  145  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.188675  normal  0.0366246 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0157  DNA protecting protein DprA  37.24 
 
 		 434 aa  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38909  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  33.02 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4323  DNA protecting protein DprA  41.34 
 
 		 418 aa  145  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  42.62 
 
 		 358 aa  144  3e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0148  DNA protecting protein DprA  37.24 
 
 		 434 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  32.72 
 
 		 338 aa  144  3e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0474  DNA protecting protein DprA  37 
 
 		 367 aa  144  3e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.13893  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  37.78 
 
 		 368 aa  144  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3567  DNA processing protein DprA, putative  38.87 
 
 		 371 aa  144  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0026  DNA protecting protein DprA  32.83 
 
 		 340 aa  144  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  38.34 
 
 		 364 aa  144  4e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  32.72 
 
 		 338 aa  143  5e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0567  DNA protecting protein DprA  32.77 
 
 		 356 aa  143  6e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0033  DNA protecting protein DprA  39.59 
 
 		 339 aa  143  6e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  36.28 
 
 		 338 aa  143  6e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  35.9 
 
 		 338 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  41.27 
 
 		 356 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  38.76 
 
 		 421 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2083  transcriptional regulator TrmB  35.6 
 
 		 337 aa  141  3e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0308  DNA protecting protein DprA  38.61 
 
 		 422 aa  141  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3066  DNA protecting protein DprA  45.41 
 
 		 422 aa  141  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0678  putative DNA uptake protein  38.2 
 
 		 514 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  35.53 
 
 		 362 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  40.08 
 
 		 359 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0168  DNA protecting protein DprA  36.54 
 
 		 360 aa  140  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.208871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3183  DNA protecting protein DprA  36.67 
 
 		 422 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0443  DNA protecting protein DprA  35.69 
 
 		 375 aa  140  6e-32  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0740883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2273  DNA protecting protein DprA  38.93 
 
 		 396 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0141  DNA processing protein DprA, putative  38.93 
 
 		 396 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  35.71 
 
 		 377 aa  139  7e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2350  DNA protecting protein DprA  38.93 
 
 		 434 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2808  DNA protecting protein DprA  38.93 
 
 		 434 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  45.13 
 
 		 365 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  44.19 
 
 		 422 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>