More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0637 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0637  DNA protecting protein DprA  100 
 
 		 514 aa  1070    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.3144 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0678  putative DNA uptake protein  49.07 
 
 		 514 aa  322  9.999999999999999e-87  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2472  DNA protecting protein DprA  35.53 
 
 		 394 aa  175  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.156193  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2511  DNA protecting protein DprA  39.03 
 
 		 386 aa  174  3.9999999999999995e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.488528 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1548  DNA protecting protein DprA  38.87 
 
 		 391 aa  173  6.999999999999999e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.20886 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2211  DNA protecting protein DprA  37.78 
 
 		 402 aa  170  6e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000321708 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2268  DNA protecting protein DprA  41.33 
 
 		 349 aa  166  8e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09260  DNA protecting protein DprA  40.17 
 
 		 424 aa  163  5.0000000000000005e-39  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.180441  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09850  DNA protecting protein DprA  39.74 
 
 		 383 aa  162  1e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2191  DNA protecting protein DprA  42.73 
 
 		 384 aa  158  2e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0946717  normal  0.901386 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0839  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  39.82 
 
 		 362 aa  157  5.0000000000000005e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00754519  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3415  DNA protecting protein DprA  37.16 
 
 		 387 aa  157  6e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1177  DNA protecting protein DprA  35.63 
 
 		 402 aa  155  2e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0018  DNA protecting protein DprA  38.6 
 
 		 442 aa  154  4e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.256916 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0671  SMF protein  39.19 
 
 		 394 aa  154  5e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3246  DNA protecting protein DprA  36.63 
 
 		 378 aa  154  5e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.261915  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1858  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  39.91 
 
 		 396 aa  152  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.306084  hitchhiker  0.00651172 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0990  DNA protecting protein DprA  37.16 
 
 		 475 aa  152  1e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.638055  normal  0.0748697 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  38.56 
 
 		 352 aa  151  3e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  29.59 
 
 		 370 aa  150  4e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2057  DNA protecting protein DprA  34.29 
 
 		 374 aa  150  4e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.448378  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1480  DNA protecting protein DprA  36.44 
 
 		 402 aa  150  7e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.173906  normal  0.04573 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  39.07 
 
 		 362 aa  147  3e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10090  DNA protecting protein DprA  42.79 
 
 		 428 aa  145  2e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4138  DNA protecting protein DprA  30.06 
 
 		 388 aa  145  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.963935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  40.19 
 
 		 385 aa  144  3e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  40 
 
 		 377 aa  143  8e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3121  DNA protecting protein DprA  35.81 
 
 		 423 aa  142  9.999999999999999e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0011897  normal  0.148234 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  32.52 
 
 		 365 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2471  Smf/DprA family protein  37.08 
 
 		 371 aa  140  7e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23650  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 399 aa  140  7.999999999999999e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0566962  normal  0.0721644 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  34.2 
 
 		 361 aa  139  1e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  34.2 
 
 		 361 aa  139  1e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0233  DNA protecting protein DprA  38.05 
 
 		 400 aa  139  1e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  29.31 
 
 		 383 aa  139  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2135  DNA processing protein  36.74 
 
 		 405 aa  138  2e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.497205 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  38.91 
 
 		 399 aa  139  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3718  DNA protecting protein DprA  38.43 
 
 		 389 aa  139  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000018591  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1317  DNA protecting protein DprA  36.1 
 
 		 330 aa  138  2e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07520  DNA protecting protein DprA  36.94 
 
 		 409 aa  137  7.000000000000001e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.891455  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2383  DNA protecting protein DprA  38.46 
 
 		 370 aa  136  8e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2204  transcriptional regulator, TrmB  29.34 
 
 		 379 aa  136  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382652 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1409  DNA protecting protein DprA  30.06 
 
 		 395 aa  135  1.9999999999999998e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.79779  normal  0.0660954 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  36.84 
 
 		 368 aa  135  1.9999999999999998e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1000  DNA protecting protein DprA  34.96 
 
 		 395 aa  134  3.9999999999999996e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.390395  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0357  DNA protecting protein DprA  36.36 
 
 		 377 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0657137  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  36.55 
 
 		 364 aa  133  6e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1675  DNA protecting protein DprA  36.45 
 
 		 360 aa  133  6.999999999999999e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0238407  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  36.4 
 
 		 388 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11160  DNA protecting protein DprA  34.5 
 
 		 371 aa  133  1.0000000000000001e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0892181  normal  0.950847 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1957  DNA protecting protein DprA  36.45 
 
 		 360 aa  133  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2097  DNA protecting protein DprA  33.59 
 
 		 374 aa  132  1.0000000000000001e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2377  DNA protecting protein DprA  35.24 
 
 		 421 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0443  DNA protecting protein DprA  38.32 
 
 		 375 aa  132  2.0000000000000002e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0740883  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07040  DNA protecting protein DprA  36.36 
 
 		 328 aa  131  3e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.688401  normal  0.79238 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5401  SMF family protein  36.07 
 
 		 310 aa  131  3e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.219936  normal  0.277255 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3584  DNA processing protein DprA, putative  35.93 
 
 		 446 aa  131  3e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1318  DNA protecting protein DprA  34.7 
 
 		 444 aa  131  3e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1209  DNA protecting protein DprA  28.27 
 
 		 452 aa  131  3e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1643  DNA protecting protein DprA  38.69 
 
 		 388 aa  130  4.0000000000000003e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0293529  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  38.02 
 
 		 366 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2463  DNA processing protein DprA, putative  34.68 
 
 		 407 aa  130  4.0000000000000003e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.327666 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  40.58 
 
 		 368 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  35.78 
 
 		 359 aa  130  7.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3673  DNA protecting protein DprA  40.27 
 
 		 366 aa  129  9.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.917953  normal  0.236598 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1572  DNA protecting protein DprA  31.37 
 
 		 333 aa  129  1.0000000000000001e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0217  SMF protein  38.16 
 
 		 374 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.396484  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  34.36 
 
 		 394 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  37.66 
 
 		 296 aa  129  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  37.95 
 
 		 362 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  34.16 
 
 		 356 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0049  DNA protecting protein DprA  35.98 
 
 		 368 aa  129  2.0000000000000002e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0890  DNA protecting protein DprA  32.08 
 
 		 395 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.135631  normal  0.947282 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1967  DNA protecting protein DprA  31.37 
 
 		 376 aa  128  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.41905 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  35.85 
 
 		 379 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0348  DNA protecting protein DprA  43.02 
 
 		 379 aa  128  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.083083 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1524  DNA protecting protein DprA  34.5 
 
 		 600 aa  127  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0174562  hitchhiker  0.00583447 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04053  DNA protecting protein DprA  36.89 
 
 		 311 aa  128  3e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  40.1 
 
 		 394 aa  128  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  36.61 
 
 		 366 aa  128  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4084  DNA protecting protein DprA  37.45 
 
 		 399 aa  127  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.168592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1987  DNA processing protein DprA, putative  31.37 
 
 		 376 aa  128  3e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  36.97 
 
 		 308 aa  128  3e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1020  Rossmann fold nucleotide-binding protein for DNA uptake  37.32 
 
 		 295 aa  128  3e-28  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.274867  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2033  DNA protecting protein DprA  31.37 
 
 		 376 aa  128  3e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.677839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1348  DNA protecting protein DprA  33.88 
 
 		 361 aa  128  3e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0122196  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  34.88 
 
 		 385 aa  127  5e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1867  DNA protecting protein DprA  36.55 
 
 		 381 aa  127  6e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  33.2 
 
 		 369 aa  127  6e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1931  DNA processing chain A  36.55 
 
 		 381 aa  126  8.000000000000001e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1377  DNA protecting protein DprA  36.68 
 
 		 366 aa  126  9e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0674  DNA protecting protein DprA  35.62 
 
 		 337 aa  126  1e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0035594  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3734  DNA protecting protein DprA  33.33 
 
 		 339 aa  125  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.242141  hitchhiker  0.0022522 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  31.14 
 
 		 377 aa  126  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1408  DNA protecting protein DprA  36.09 
 
 		 305 aa  126  1e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.313803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1527  DNA protecting protein DprA  35.58 
 
 		 364 aa  125  1e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0993227  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1985  DNA protecting protein DprA  33.45 
 
 		 364 aa  126  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435802  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0915  Rossmann fold nucleotide-binding protein for DNA uptake  38 
 
 		 281 aa  126  1e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000483862 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0653  DNA protecting protein DprA  31.38 
 
 		 373 aa  125  1e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.412317  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4049  Fis family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 386 aa  125  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>