More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_1716 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  100 
 
 		 349 aa  713    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1946  diguanylate cyclase  51.29 
 
 		 368 aa  355  5e-97  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0707577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  50.56 
 
 		 353 aa  354  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  36.03 
 
 		 370 aa  197  3e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0794  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 394 aa  157  3e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  41.75 
 
 		 378 aa  157  4e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3624  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 341 aa  155  9e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.112804  normal  0.505096 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0930  diguanylate cyclase  32.04 
 
 		 390 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 410 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 578 aa  144  3e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0831  diguanylate cyclase  33.08 
 
 		 351 aa  143  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 578 aa  143  4e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4680  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 405 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 538 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 533 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  35.54 
 
 		 987 aa  138  2e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  33.46 
 
 		 422 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 339 aa  137  4e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2684  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 371 aa  136  5e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  46.84 
 
 		 328 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  42.54 
 
 		 252 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5581  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  41.01 
 
 		 548 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.2 
 
 		 960 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0748  diguanylate cyclase  34.47 
 
 		 375 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1813  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 386 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730077 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 518 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.04 
 
 		 314 aa  132  6.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2842  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.33 
 
 		 661 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.947946 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 435 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  41.57 
 
 		 641 aa  132  1.0000000000000001e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 620 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  36.02 
 
 		 546 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1099  response regulator receiver domain-containing protein  39.78 
 
 		 390 aa  131  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.076371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  38.03 
 
 		 522 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1758  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  43.98 
 
 		 583 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.621597 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  32.89 
 
 		 354 aa  131  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3676  diguanylate cyclase  30.86 
 
 		 371 aa  130  3e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000048428  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.83 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 660 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 578 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1221  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 519 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.01 
 
 		 642 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 547 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 303 aa  129  5.0000000000000004e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 556 aa  129  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 660 aa  129  6e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  44.31 
 
 		 344 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 422 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 345 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 312 aa  129  7.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 515 aa  129  8.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 455 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.83 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 346 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5111  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 479 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 340 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.29 
 
 		 665 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3851  diguanylate cyclase  34.87 
 
 		 380 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344739 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 344 aa  127  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 334 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 522 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4864  GGDEF  40.46 
 
 		 532 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 479 aa  127  4.0000000000000003e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3360  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 392 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.662685 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.86 
 
 		 628 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 357 aa  127  4.0000000000000003e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1457  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.64 
 
 		 624 aa  126  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.659998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0432  response regulator receiver protein  38.39 
 
 		 303 aa  126  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.88 
 
 		 374 aa  126  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  45 
 
 		 494 aa  126  6e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 515 aa  126  6e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 532 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 340 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  37.23 
 
 		 323 aa  125  9e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0945  diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 463 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.36887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 340 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0251  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 660 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.696506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2953  diguanylate cyclase  33.99 
 
 		 526 aa  125  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.216564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 327 aa  125  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3251  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 341 aa  125  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.61058  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2150  diguanylate cyclase  33.92 
 
 		 330 aa  125  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  41.27 
 
 		 1637 aa  125  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2604  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 341 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.224021  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 340 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  40 
 
 		 579 aa  125  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  41.57 
 
 		 335 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  38.46 
 
 		 574 aa  124  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2785  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 519 aa  124  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3572  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 902 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 512 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 553 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.82 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1431  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.05 
 
 		 625 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 398 aa  124  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 890 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 516 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40570  putative two-component response regulator  35.23 
 
 		 401 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916032  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>