More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2907 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_2907  dihydrouridine synthase, DuS  100 
 
 
449 aa  911    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.182902  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2019  dihydrouridine synthase DuS  70.33 
 
 
351 aa  435  1e-120  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0389  dihydrouridine synthase family protein  64.01 
 
 
378 aa  404  1e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2082  dihydrouridine synthase DuS  58.39 
 
 
331 aa  356  5.999999999999999e-97  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3463  dihydrouridine synthase DuS  51.27 
 
 
324 aa  326  4.0000000000000003e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1079  dihydrouridine synthase DuS  49.51 
 
 
328 aa  295  1e-78  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.224362  normal  0.224142 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.38 
 
 
321 aa  216  7e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.48 
 
 
324 aa  207  4e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.94 
 
 
325 aa  206  8e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.02 
 
 
334 aa  206  1e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.06 
 
 
321 aa  202  9e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  40.72 
 
 
325 aa  200  3.9999999999999996e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.08 
 
 
326 aa  191  2.9999999999999997e-47  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  36.02 
 
 
342 aa  188  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.19 
 
 
330 aa  187  3e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  38.91 
 
 
347 aa  187  3e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  36.69 
 
 
306 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  34.08 
 
 
347 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  36.69 
 
 
306 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  32.41 
 
 
326 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  32.41 
 
 
326 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  36.11 
 
 
318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  34.34 
 
 
362 aa  179  1e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  32.25 
 
 
322 aa  178  1e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.77 
 
 
341 aa  177  2e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  34.22 
 
 
349 aa  173  5e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  35.15 
 
 
379 aa  172  9e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.22 
 
 
322 aa  170  4e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  40 
 
 
329 aa  170  4e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.94 
 
 
326 aa  169  9e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.6 
 
 
351 aa  169  1e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  32.9 
 
 
333 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.87 
 
 
334 aa  167  5e-40  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.61 
 
 
398 aa  167  5e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  41.2 
 
 
326 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  33.22 
 
 
333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  30.99 
 
 
319 aa  163  6e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  32.79 
 
 
324 aa  160  4e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.84 
 
 
320 aa  160  4e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.44 
 
 
400 aa  160  5e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.86 
 
 
394 aa  159  7e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.45 
 
 
352 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2060  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.75 
 
 
394 aa  159  1e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.65 
 
 
321 aa  158  2e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.35 
 
 
328 aa  157  3e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0048  nifR3 family TIM-barrel protein  33.01 
 
 
335 aa  157  4e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11245  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.55 
 
 
318 aa  156  7e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07710  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.05 
 
 
331 aa  156  7e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.829113 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  33.76 
 
 
370 aa  153  7e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.47 
 
 
336 aa  153  7e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.47 
 
 
336 aa  153  7e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.54 
 
 
358 aa  152  8e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  32.04 
 
 
335 aa  152  1e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  32.36 
 
 
335 aa  152  2e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.4 
 
 
328 aa  151  2e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.07 
 
 
337 aa  152  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.77 
 
 
393 aa  151  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  27.78 
 
 
306 aa  151  2e-35  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  39.46 
 
 
334 aa  151  3e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  32.1 
 
 
436 aa  150  4e-35  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3933  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.19 
 
 
348 aa  150  4e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  30.91 
 
 
351 aa  149  7e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.07 
 
 
350 aa  149  8e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3847  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.58 
 
 
348 aa  149  8e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.27 
 
 
354 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.72 
 
 
335 aa  149  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  28.85 
 
 
320 aa  148  2.0000000000000003e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.91 
 
 
352 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.37 
 
 
333 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.93 
 
 
357 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  32.06 
 
 
335 aa  148  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.46 
 
 
379 aa  148  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  31.43 
 
 
347 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.1 
 
 
347 aa  147  3e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.15 
 
 
396 aa  147  3e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0800  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.09 
 
 
363 aa  147  5e-34  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.873611  normal  0.99103 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3909  nifR3 family TIM-barrel protein  41.53 
 
 
348 aa  146  7.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329543  normal  0.406839 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.37 
 
 
327 aa  146  8.000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  31.07 
 
 
332 aa  144  3e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  31.07 
 
 
332 aa  144  3e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1752  dihydrouridine synthase (Dus) superfamily protein  27.22 
 
 
307 aa  144  3e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0711184  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  40.09 
 
 
352 aa  144  3e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.97 
 
 
370 aa  144  4e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  30.7 
 
 
346 aa  143  5e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2300  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.67 
 
 
351 aa  143  5e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0905985  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  30.74 
 
 
332 aa  143  8e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  31.07 
 
 
332 aa  142  9e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  32.39 
 
 
373 aa  142  9e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  30.74 
 
 
324 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  30.74 
 
 
332 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  30.74 
 
 
324 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  32.32 
 
 
415 aa  141  1.9999999999999998e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  30.74 
 
 
332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  30.74 
 
 
332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  29.62 
 
 
333 aa  141  1.9999999999999998e-32  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0937  phosphoribosylamine--glycine ligase  27.22 
 
 
307 aa  142  1.9999999999999998e-32  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0077  dihydrouridine synthase, DuS  36.42 
 
 
333 aa  141  1.9999999999999998e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0368  dihydrouridine synthase DuS  32.03 
 
 
322 aa  141  1.9999999999999998e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  31.91 
 
 
419 aa  141  1.9999999999999998e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.29 
 
 
354 aa  140  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>