More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3695 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  37.52 
 
 		 1148 aa  649    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1894  transcription-repair coupling factor  50.85 
 
 		 1109 aa  1177    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.377763  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1774  transcription-repair coupling factor  47.2 
 
 		 1122 aa  1033    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  36.07 
 
 		 1155 aa  669    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  36.02 
 
 		 1169 aa  674    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0770  transcription-repair coupling factor  41.4 
 
 		 1116 aa  770    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  36.2 
 
 		 1176 aa  674    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  36.82 
 
 		 1169 aa  697    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  36.2 
 
 		 1168 aa  664    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  36.2 
 
 		 1176 aa  672    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  36.29 
 
 		 1178 aa  673    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  36.46 
 
 		 1176 aa  673    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2754  transcription-repair coupling factor  45.83 
 
 		 1112 aa  996    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.502691  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  38.22 
 
 		 1197 aa  703    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1965  transcription-repair coupling factor  38.27 
 
 		 1147 aa  636    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550833  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5514  transcription-repair coupling factor  68.64 
 
 		 1126 aa  1612    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  36.29 
 
 		 1176 aa  673    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  36.62 
 
 		 1170 aa  725    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  36.2 
 
 		 1168 aa  664    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  37.76 
 
 		 1148 aa  654    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3738  transcription-repair coupling factor  35.06 
 
 		 1168 aa  644    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  37.29 
 
 		 1161 aa  663    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0630  transcription-repair coupling factor  40.36 
 
 		 1109 aa  719    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3090  transcription-repair coupling factor  36.24 
 
 		 1174 aa  644    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.192538  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1882  transcription-repair coupling factor  41.79 
 
 		 1099 aa  763    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1358  transcription-repair coupling factor  35.05 
 
 		 1157 aa  644    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.450147  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0766  transcription-repair coupling factor  39.89 
 
 		 1120 aa  747    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  37.74 
 
 		 1150 aa  665    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4373  transcription-repair coupling factor  35.14 
 
 		 1158 aa  645    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.456695  hitchhiker  0.00000184147 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  36.2 
 
 		 1176 aa  672    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  36.55 
 
 		 1157 aa  682    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  35.22 
 
 		 1153 aa  652    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  37.18 
 
 		 1156 aa  637    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02560  transcription-repair coupling factor  54.51 
 
 		 1126 aa  1227    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  35.79 
 
 		 1157 aa  681    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  36.2 
 
 		 1176 aa  674    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0272  hypothetical protein  54.11 
 
 		 1123 aa  1239    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.580517 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1511  transcription-repair coupling factor  37.24 
 
 		 1059 aa  646    Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  37.12 
 
 		 1153 aa  646    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3728  transcription-repair coupling factor  37.26 
 
 		 1103 aa  676    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  35.61 
 
 		 1160 aa  637    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1202  transcription-repair coupling factor  52.76 
 
 		 1121 aa  1223    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.851406  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2220  transcription-repair coupling factor  36.1 
 
 		 1157 aa  647    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2072  transcription-repair coupling factor  37.32 
 
 		 1123 aa  660    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  38.29 
 
 		 1182 aa  646    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  37.2 
 
 		 1176 aa  696    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  36.26 
 
 		 1176 aa  685    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  37.88 
 
 		 1179 aa  659    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3453  transcription-repair coupling factor  60.43 
 
 		 1122 aa  1443    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  36.45 
 
 		 1162 aa  682    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  36.76 
 
 		 1162 aa  688    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  45.35 
 
 		 1176 aa  644    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  34.92 
 
 		 1180 aa  640    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3695  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1115 aa  2291    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  35.03 
 
 		 1177 aa  660    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1827  transcription-repair coupling factor  35.43 
 
 		 1169 aa  663    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  44.43 
 
 		 1182 aa  639    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4312  transcription-repair coupling factor  35.24 
 
 		 1158 aa  644    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0409  transcription-repair coupling factor  51.16 
 
 		 1126 aa  1176    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1064  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  37.41 
 
 		 1154 aa  657    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.566316  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  36.78 
 
 		 1165 aa  693    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  38.16 
 
 		 1189 aa  641    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1874  transcription-repair coupling factor  35.8 
 
 		 1160 aa  639    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.157118  normal  0.0187303 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1696  transcription-repair coupling factor  39.15 
 
 		 1107 aa  722    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000188307 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  43.58 
 
 		 1183 aa  655    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0878  transcription-repair coupling factor  40.48 
 
 		 1127 aa  741    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2147  transcription-repair coupling factor  39.41 
 
 		 1103 aa  731    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  36.36 
 
 		 1155 aa  642    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0022  transcription-repair coupling factor  54.63 
 
 		 1113 aa  1260    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1968  transcription-repair coupling factor  36.64 
 
 		 1156 aa  633  1e-180  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.095546 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1327  transcription-repair coupling factor  35.42 
 
 		 1156 aa  635  1e-180  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.241535  hitchhiker  0.000253034 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  44.95 
 
 		 1246 aa  633  1e-180  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  44.94 
 
 		 1165 aa  633  1e-180  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6135  transcription-repair coupling factor  36.64 
 
 		 1156 aa  632  1e-180  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352842  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  35.4 
 
 		 1157 aa  635  1e-180  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  35.51 
 
 		 1073 aa  635  1e-180  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1932  transcription-repair coupling factor  35.96 
 
 		 1185 aa  634  1e-180  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  35.56 
 
 		 1162 aa  634  1e-180  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1944  transcription-repair coupling factor  36.64 
 
 		 1156 aa  632  1e-180  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1859  transcription-repair coupling factor  36.69 
 
 		 1156 aa  631  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0201793  hitchhiker  0.000194707 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04745  transcription-repair coupling factor  35.56 
 
 		 1154 aa  630  1e-179  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.982613  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1201  transcription-repair coupling factor  34.45 
 
 		 1154 aa  629  1e-179  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.656597  normal  0.0999319 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  45.89 
 
 		 1176 aa  631  1e-179  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  34.07 
 
 		 1188 aa  631  1e-179  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5255  transcription-repair coupling factor  36.64 
 
 		 1156 aa  631  1e-179  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0305001  normal  0.983896 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  35.12 
 
 		 1148 aa  632  1e-179  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  34.82 
 
 		 1153 aa  626  1e-178  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  36.06 
 
 		 1134 aa  628  1e-178  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2478  transcription-repair coupling factor  34.5 
 
 		 1150 aa  629  1e-178  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.349906  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  43.26 
 
 		 1177 aa  627  1e-178  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  43.78 
 
 		 1265 aa  624  1e-177  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0657  transcription-repair coupling factor  34.99 
 
 		 1202 aa  625  1e-177  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  34.73 
 
 		 1153 aa  625  1e-177  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1647  transcription-repair coupling factor  34.65 
 
 		 1150 aa  623  1e-177  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  36.46 
 
 		 1157 aa  624  1e-177  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  34.75 
 
 		 1157 aa  622  1e-177  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  34.71 
 
 		 1160 aa  624  1e-177  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  34.48 
 
 		 1166 aa  623  1e-177  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0894  transcription-repair coupling factor  35.33 
 
 		 1173 aa  620  1e-176  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.180496  normal  0.440454 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  43.81 
 
 		 1183 aa  619  1e-175  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>