More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_0966 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 284 aa  567  1e-161  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  64.48 
 
 		 296 aa  309  4e-83  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  62.18 
 
 		 288 aa  306  2.0000000000000002e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  61.9 
 
 		 279 aa  305  7e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  63.1 
 
 		 314 aa  301  9e-81  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  58.99 
 
 		 294 aa  284  9e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  58.27 
 
 		 282 aa  281  7.000000000000001e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  55.47 
 
 		 300 aa  279  3e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  59.56 
 
 		 268 aa  278  5e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  57.66 
 
 		 276 aa  270  2e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  56.93 
 
 		 274 aa  270  2e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  54.93 
 
 		 293 aa  268  7e-71  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  56.74 
 
 		 286 aa  265  5.999999999999999e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  56.88 
 
 		 273 aa  265  7e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  57.75 
 
 		 276 aa  261  1e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  55.52 
 
 		 306 aa  256  2e-67  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  55.96 
 
 		 275 aa  255  5e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  51.96 
 
 		 287 aa  255  5e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  51.94 
 
 		 297 aa  253  3e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  55.47 
 
 		 297 aa  251  7e-66  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  52.3 
 
 		 299 aa  251  1e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  52.3 
 
 		 299 aa  251  1e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  52.3 
 
 		 299 aa  251  1e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  54.17 
 
 		 300 aa  244  9.999999999999999e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  50.17 
 
 		 291 aa  240  2e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  52.25 
 
 		 346 aa  239  2.9999999999999997e-62  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  52.2 
 
 		 305 aa  237  1e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  47.72 
 
 		 280 aa  231  1e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  48.97 
 
 		 298 aa  228  7e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  48.26 
 
 		 297 aa  226  5.0000000000000005e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  49.64 
 
 		 297 aa  224  1e-57  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  49.82 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  60.39 
 
 		 360 aa  219  3e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  58.65 
 
 		 252 aa  218  8.999999999999998e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  50 
 
 		 297 aa  215  7e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  45.94 
 
 		 310 aa  209  4e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  44.19 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  43.18 
 
 		 305 aa  185  6e-46  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  43.31 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  41.02 
 
 		 252 aa  167  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  37.12 
 
 		 262 aa  157  1e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  37.12 
 
 		 262 aa  158  1e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  40.58 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 269 aa  156  3e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  38.04 
 
 		 261 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  37.4 
 
 		 246 aa  155  7e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  37.4 
 
 		 246 aa  155  7e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 258 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  42.97 
 
 		 257 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  38.85 
 
 		 259 aa  150  2e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  35.38 
 
 		 261 aa  150  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  36.86 
 
 		 261 aa  150  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  34.51 
 
 		 252 aa  149  4e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 		 248 aa  149  5e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 		 261 aa  149  6e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 		 261 aa  148  8e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 256 aa  148  9e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  35.38 
 
 		 261 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  36.64 
 
 		 261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  36.64 
 
 		 261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  35 
 
 		 261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  34.48 
 
 		 261 aa  146  3e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.11 
 
 		 246 aa  146  3e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2502  tRNA pseudouridine synthase A  36.96 
 
 		 248 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419434  normal  0.63805 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 285 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  35.32 
 
 		 270 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  35.32 
 
 		 270 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1051  tRNA pseudouridine synthase A  39.53 
 
 		 255 aa  145  7.0000000000000006e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000873816  hitchhiker  0.00519599 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  35.32 
 
 		 270 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 270 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  35.87 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  35.87 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  35.87 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  34.88 
 
 		 274 aa  145  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  34.62 
 
 		 261 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  34.62 
 
 		 261 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  35.87 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  34.62 
 
 		 261 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  35.87 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  36.12 
 
 		 264 aa  144  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  38.93 
 
 		 271 aa  144  1e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  33.07 
 
 		 247 aa  144  2e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  35.58 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  37.22 
 
 		 284 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  36.96 
 
 		 287 aa  143  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  35.29 
 
 		 264 aa  142  4e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  38.85 
 
 		 274 aa  142  6e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  33.71 
 
 		 261 aa  142  6e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  35.74 
 
 		 261 aa  142  6e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 244 aa  142  7e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  35.52 
 
 		 270 aa  142  8e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  41.31 
 
 		 264 aa  142  8e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 270 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  38.31 
 
 		 332 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 270 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 270 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 256 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  36.02 
 
 		 255 aa  141  9.999999999999999e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 270 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>