More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C0924 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  649    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.42 
 
 		 315 aa  226  3e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.46 
 
 		 316 aa  222  8e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.25 
 
 		 305 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.1 
 
 		 309 aa  219  5e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.74 
 
 		 306 aa  219  5e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42 
 
 		 305 aa  219  7e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.56 
 
 		 317 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.38 
 
 		 315 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.65 
 
 		 374 aa  215  8e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.72 
 
 		 327 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.28 
 
 		 317 aa  211  9e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  44 
 
 		 316 aa  210  3e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3658  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.52 
 
 		 318 aa  209  4e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.01 
 
 		 299 aa  208  9e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.92 
 
 		 342 aa  206  4e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.52 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.5 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0075  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.47 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.52 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.53 
 
 		 324 aa  203  3e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.72 
 
 		 328 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2945  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.21 
 
 		 324 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.992735 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.78 
 
 		 338 aa  199  6e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.22 
 
 		 294 aa  199  7e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3137  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.72 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.125923  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6642  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.89 
 
 		 270 aa  193  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0597755  normal  0.174311 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1627  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.07 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0844583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0675  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40 
 
 		 297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  35.37 
 
 		 171 aa  96.3  7e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  30.25 
 
 		 166 aa  93.2  5e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  30.17 
 
 		 591 aa  90.9  3e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  33.71 
 
 		 199 aa  89.4  7e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  34.46 
 
 		 206 aa  86.7  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  28.92 
 
 		 171 aa  86.7  6e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0008  shikimate kinase  35.37 
 
 		 187 aa  86.3  7e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.780526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  33.55 
 
 		 195 aa  86.3  7e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  33.55 
 
 		 594 aa  85.9  9e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  32.14 
 
 		 201 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  31.47 
 
 		 208 aa  84  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  32.47 
 
 		 196 aa  83.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  30.23 
 
 		 180 aa  83.6  0.000000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  29.84 
 
 		 579 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  29.84 
 
 		 604 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  31.55 
 
 		 200 aa  83.2  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  35.85 
 
 		 198 aa  82.8  0.000000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  33.88 
 
 		 224 aa  82.8  0.000000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  33 
 
 		 200 aa  82.4  0.000000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1516  shikimate kinase  34.68 
 
 		 197 aa  82.4  0.000000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.681098 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  33 
 
 		 217 aa  82.4  0.000000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01201  shikimate kinase  30.06 
 
 		 185 aa  82  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  32.7 
 
 		 197 aa  82.4  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  34.32 
 
 		 179 aa  82  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  30.12 
 
 		 172 aa  81.3  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1199  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  30.25 
 
 		 495 aa  81.6  0.00000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.539853  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  36.42 
 
 		 183 aa  81.6  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  36.84 
 
 		 182 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7573  shikimate kinase  32.14 
 
 		 237 aa  81.3  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  32.45 
 
 		 173 aa  80.5  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  32 
 
 		 184 aa  80.9  0.00000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  31.58 
 
 		 593 aa  80.9  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  31.76 
 
 		 579 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  36.81 
 
 		 172 aa  80.1  0.00000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  29.28 
 
 		 180 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  32.93 
 
 		 462 aa  80.1  0.00000000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  35.03 
 
 		 175 aa  79.7  0.00000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  35.03 
 
 		 175 aa  79.7  0.00000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1596  shikimate kinase  32.11 
 
 		 174 aa  79.3  0.00000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0865399  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1629  shikimate kinase  32.11 
 
 		 174 aa  79.3  0.00000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.682402  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  30.18 
 
 		 192 aa  79.3  0.00000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  31.17 
 
 		 196 aa  79  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  32.95 
 
 		 200 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  34.87 
 
 		 206 aa  77.8  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  33.55 
 
 		 186 aa  77.8  0.0000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0395  shikimate kinase  35.2 
 
 		 214 aa  77.8  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  28.02 
 
 		 181 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2174  shikimate kinase II  30.77 
 
 		 172 aa  77.8  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  31.94 
 
 		 204 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  31.17 
 
 		 172 aa  78.2  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  28.02 
 
 		 193 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  31.41 
 
 		 190 aa  77.4  0.0000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  32.95 
 
 		 205 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  32.74 
 
 		 175 aa  77.4  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  29.89 
 
 		 203 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  33.55 
 
 		 186 aa  76.3  0.0000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2097  shikimate kinase  31.01 
 
 		 179 aa  75.9  0.0000000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  31.14 
 
 		 188 aa  75.9  0.0000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  30.18 
 
 		 173 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  31.45 
 
 		 169 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  33.77 
 
 		 216 aa  75.5  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  33.55 
 
 		 179 aa  75.1  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  33.11 
 
 		 203 aa  75.5  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1103  shikimate kinase  33.04 
 
 		 165 aa  75.1  0.000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.396409  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  34.13 
 
 		 174 aa  75.1  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0168  shikimate kinase  31.61 
 
 		 178 aa  75.1  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00656319  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0768  Shikimate kinase  34.57 
 
 		 177 aa  74.7  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.694283 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0696  shikimate kinase  26.51 
 
 		 163 aa  74.3  0.000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0150  shikimate kinase  31.61 
 
 		 178 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  32.14 
 
 		 615 aa  74.3  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  32.5 
 
 		 552 aa  73.9  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>