124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5880 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_5880  type IVB pilus formation outer membrane protein  100 
 
 		 577 aa  1153    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.60775  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5663  type IVB pilus formation outer membrane protein  98.61 
 
 		 577 aa  1138    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0603962  normal  0.0114433 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5909  type IVB pilus formation outer membrane protein  53.29 
 
 		 559 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.918767  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0769  type IV pilus biogenesis protein PilN, putative  50.42 
 
 		 878 aa  520  1e-146  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.704016  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0657  hypothetical protein  58.6 
 
 		 888 aa  449  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1610  putative type IV pilus biogenesis protein PilN  58.6 
 
 		 590 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0615658  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1979  type IVB pilus formation outer membrane protein  58.6 
 
 		 590 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.222208  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2257  type IVB pilus formation outer membrane protein  58.6 
 
 		 590 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2173  type IVB pilus formation outer membrane protein  58.6 
 
 		 590 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00887816  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0658  type IVB pilus formation outer membrane protein  58.6 
 
 		 590 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5240  type II and III secretion system protein  35.99 
 
 		 566 aa  281  2e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.67535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0014  PilN family type IV pilus biogenesis protein  33.11 
 
 		 564 aa  272  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5451  type II and III secretion system protein  35.06 
 
 		 556 aa  259  1e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0297811  normal  0.024841 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4471  type IVB pilus formation outer membrane protein  30.22 
 
 		 569 aa  225  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59250  Type IV B pilus protein  30.18 
 
 		 545 aa  219  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0179711  hitchhiker  0.0000153771 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1517  type II and III secretion system protein  29.42 
 
 		 578 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.201876 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3734  type IVB pilus formation outer membrane protein  33.83 
 
 		 530 aa  197  6e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0117  type IVB pilus formation outer membrane protein, R64 PilN family  28.87 
 
 		 560 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.909577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0625  type IVB pilus formation outer membrane protein, R64 PilN family  28.62 
 
 		 554 aa  190  5e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2830  type II and III secretion system protein  27.99 
 
 		 551 aa  188  2e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.218706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0060  PilN family type IV pilus biogenesis protein  26.37 
 
 		 568 aa  168  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5031  PilN  28.55 
 
 		 561 aa  136  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5437  type IV secretion pathway protein  28.45 
 
 		 561 aa  134  5e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.357309  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5198  type IV secretion pathway protein  27.68 
 
 		 563 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1533  PilN  27.68 
 
 		 563 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.261207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3705  hypothetical protein  26.42 
 
 		 586 aa  120  6e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4203  Type II secretory pathway component PulD-like  23.21 
 
 		 547 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5552  type II secretory pathway component PulD-like protein  29.92 
 
 		 534 aa  111  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0544436 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6564  type II secretory pathway component PulD-like protein  26.67 
 
 		 536 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4759  hypothetical protein  24.59 
 
 		 596 aa  93.2  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.8477 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1007  type II and III secretion system protein  27.03 
 
 		 512 aa  82  0.00000000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0469  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHD)  24.82 
 
 		 546 aa  80.5  0.00000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00341212  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4232  lipoprotein  23.13 
 
 		 540 aa  80.5  0.00000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.634077 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0753  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25 
 
 		 572 aa  76.6  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22971  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  23.18 
 
 		 506 aa  76.6  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1135  MSHA biogenesis protein MshL  23.43 
 
 		 543 aa  75.5  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00664047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3096  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  24.79 
 
 		 577 aa  73.9  0.000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002368  MSHA biogenesis protein MshL  24.68 
 
 		 530 aa  73.6  0.000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1227  PP family ATPase  24.19 
 
 		 508 aa  72  0.00000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03698  hypothetical protein  25 
 
 		 544 aa  71.6  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0764  general secretion pathway protein D  24.55 
 
 		 554 aa  71.2  0.00000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000564128  normal  0.152478 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4417  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.52 
 
 		 562 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6294  hypothetical protein  21.53 
 
 		 600 aa  68.9  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000464983  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1467  general secretory pathway protein D  25.27 
 
 		 470 aa  68.9  0.0000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2820  MSHA biogenesis protein MshL  25.09 
 
 		 559 aa  68.9  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0549  putative Type II secretory pathway component PulD  26.35 
 
 		 581 aa  68.6  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1821  general secretory pathway protein D  27.23 
 
 		 470 aa  68.6  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.533467  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0560  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  27.41 
 
 		 558 aa  68.2  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0544  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.46 
 
 		 567 aa  68.2  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7243  hypothetical protein  22.56 
 
 		 598 aa  68.2  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0887  type II and III secretion system protein  23.69 
 
 		 625 aa  67.4  0.0000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0606978  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1647  general secretory pathway protein D  25.27 
 
 		 470 aa  67.4  0.0000000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.948115  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4112  MSHA biogenesis protein MshL  25.87 
 
 		 560 aa  67  0.0000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00251  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshL (pilus type IV)  23.05 
 
 		 569 aa  66.6  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4576  MSHA biogenesis protein MshL  27.5 
 
 		 609 aa  65.5  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3332  type II and III secretion system protein  25.35 
 
 		 614 aa  65.1  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.449777  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3486  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.76 
 
 		 561 aa  64.7  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.552648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3663  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.76 
 
 		 561 aa  64.7  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0466  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.76 
 
 		 561 aa  64.3  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.142109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0484  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  24.53 
 
 		 559 aa  64.7  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0505  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  24.53 
 
 		 559 aa  64.7  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3751  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  24.53 
 
 		 556 aa  64.3  0.000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0389  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.26 
 
 		 563 aa  64.3  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3487  type II and III secretion system protein  28.57 
 
 		 473 aa  63.9  0.000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0401415 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3768  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.73 
 
 		 556 aa  63.5  0.000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0508  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  24.25 
 
 		 559 aa  63.2  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0076  type II and III secretion system protein  27.33 
 
 		 539 aa  63.2  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3835  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  24.25 
 
 		 559 aa  63.2  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139484  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  24.16 
 
 		 819 aa  63.2  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0454  MSHA biogenesis protein MshL  26.86 
 
 		 561 aa  62.4  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0329  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  24.5 
 
 		 538 aa  62.4  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.683129  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0928  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  22.99 
 
 		 574 aa  61.6  0.00000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0351042  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0390  putative type II protein secretion system D protein CtsD  25.66 
 
 		 463 aa  61.6  0.00000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0893  type II and III secretion system secretin  23.26 
 
 		 585 aa  61.2  0.00000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3347  type II and III secretion system protein  24 
 
 		 549 aa  60.5  0.00000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.292077  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1343  Type II secretory pathway component PulD-like  25.71 
 
 		 546 aa  59.7  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.255385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0170  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  24.34 
 
 		 550 aa  57.4  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1036  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  24.3 
 
 		 506 aa  57  0.0000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3067  general secretion pathway protein D  27.46 
 
 		 803 aa  56.6  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0574712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0385  type II and III secretion system protein  24.7 
 
 		 537 aa  55.8  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.16862  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2106  general secretion pathway protein D  25.1 
 
 		 767 aa  54.7  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  23.28 
 
 		 874 aa  53.1  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3405  type II and III secretion system protein  26.37 
 
 		 594 aa  52.8  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2024  general secretion pathway protein D  23.17 
 
 		 779 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0993324 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1384  type II and III secretion system protein  20.16 
 
 		 563 aa  51.2  0.00005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.157655  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  24.65 
 
 		 733 aa  51.2  0.00005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1980  type IV pilus secretin PilQ  37.5 
 
 		 693 aa  51.2  0.00006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0209745  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0725  Type II secretory pathway component PulD-like  23.64 
 
 		 488 aa  50.4  0.00008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0680594  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  23.93 
 
 		 805 aa  50.4  0.00009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0109  type II and III secretion system protein  23.72 
 
 		 547 aa  49.7  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.379094  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  23.93 
 
 		 807 aa  49.7  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0356  toxin co-regulated pilus biosynthesis outer membrane protein C  31.43 
 
 		 489 aa  50.4  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.903554  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0639  type II and III secretion system protein  24.32 
 
 		 569 aa  49.3  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3512  Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC  20.57 
 
 		 681 aa  48.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.174783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4854  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  20.57 
 
 		 681 aa  48.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0807881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5430  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  20.57 
 
 		 681 aa  48.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.128772  normal  0.061937 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  26.43 
 
 		 780 aa  47.8  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  22.22 
 
 		 660 aa  47.8  0.0006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  23.24 
 
 		 794 aa  47.8  0.0006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  23.21 
 
 		 803 aa  47.4  0.0008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>