More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1920 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  100 
 
 		 893 aa  1854    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 778 aa  364  5.0000000000000005e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  32.25 
 
 		 775 aa  347  7e-94  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  30.28 
 
 		 794 aa  280  1e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0036  histidine kinase  30.57 
 
 		 856 aa  251  5e-65  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.772406  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  28.78 
 
 		 1065 aa  242  2e-62  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.26 
 
 		 768 aa  224  4e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  29.59 
 
 		 1245 aa  200  9e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1041  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 791 aa  197  6e-49  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1136  extracellular solute-binding protein  37.08 
 
 		 342 aa  196  2e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.99 
 
 		 1247 aa  191  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  29.41 
 
 		 1245 aa  191  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.47 
 
 		 1247 aa  191  7e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  27.99 
 
 		 1247 aa  189  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2074  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.88 
 
 		 912 aa  188  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.136005  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.75 
 
 		 1247 aa  187  5e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2101  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  35.27 
 
 		 849 aa  185  4.0000000000000006e-45  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28 
 
 		 1248 aa  181  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1991  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.63 
 
 		 1255 aa  181  7e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  28.93 
 
 		 2035 aa  180  1e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1958  putative PAS/PAC sensor protein  30.13 
 
 		 598 aa  177  8e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.293409  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2444  sensor histidine kinase  27.05 
 
 		 610 aa  172  3e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.119384  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  36.55 
 
 		 2213 aa  172  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.47 
 
 		 1244 aa  171  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0782  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.15 
 
 		 729 aa  170  9e-41  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.15545  normal  0.515162 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.58 
 
 		 1410 aa  169  2e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1273  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33 
 
 		 1004 aa  169  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1010  signal transduction histidine kinase  29.53 
 
 		 626 aa  168  2.9999999999999998e-40  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  38.93 
 
 		 768 aa  167  1.0000000000000001e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.64 
 
 		 940 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0726  histidine kinase  31.45 
 
 		 570 aa  166  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.408803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2950  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.08 
 
 		 1004 aa  164  5.0000000000000005e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2394  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.6 
 
 		 1788 aa  162  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0407078 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 		 915 aa  162  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  29.32 
 
 		 686 aa  162  4e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1794  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.77 
 
 		 589 aa  160  8e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000132214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.59 
 
 		 1165 aa  160  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1511  diguanylate cyclase  43.84 
 
 		 416 aa  160  1e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00199134  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  29.77 
 
 		 721 aa  156  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  32.06 
 
 		 935 aa  157  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0979  sensor histidine kinase  30.55 
 
 		 1574 aa  155  2.9999999999999998e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449169 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  30.39 
 
 		 714 aa  154  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  35.77 
 
 		 634 aa  152  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0076  GGDEF domain-containing protein  25.47 
 
 		 941 aa  151  4e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3387  histidine kinase  28.99 
 
 		 593 aa  150  8e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 674 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0414  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 559 aa  148  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.761548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4255  PAS/PAC sensor, hybrid histidine kinase  28.21 
 
 		 1418 aa  147  8.000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.377123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  31.23 
 
 		 458 aa  146  1e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0500  histidine kinase  31.3 
 
 		 922 aa  147  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2700  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.19 
 
 		 1102 aa  145  3e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3226  Hpt sensor hybrid histidine kinase  29.93 
 
 		 1251 aa  145  4e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0796968  normal  0.806997 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  31.45 
 
 		 821 aa  144  9e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.51 
 
 		 1075 aa  143  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.92 
 
 		 312 aa  142  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.25 
 
 		 568 aa  141  7e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.06 
 
 		 310 aa  140  7.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.11 
 
 		 2654 aa  139  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0480  putative PAS/PAC sensor protein  29.9 
 
 		 1686 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2771  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.04 
 
 		 860 aa  138  4e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 359 aa  138  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.87 
 
 		 764 aa  138  5e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.210593  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.71 
 
 		 310 aa  138  6.0000000000000005e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  32.08 
 
 		 420 aa  136  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.62 
 
 		 352 aa  136  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4701  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.07 
 
 		 1237 aa  136  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.473456  normal  0.0283242 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 722 aa  135  3.9999999999999996e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.307073 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 488 aa  134  6e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 		 610 aa  134  6e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3480  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.72 
 
 		 562 aa  134  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629722  normal  0.285223 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  29.17 
 
 		 507 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  30.11 
 
 		 489 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0636  sensory box/GGDEF family protein  34.47 
 
 		 642 aa  133  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  43.53 
 
 		 342 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1889  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.73 
 
 		 562 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.969395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  29.17 
 
 		 507 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  40.96 
 
 		 649 aa  132  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 362 aa  132  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  28.97 
 
 		 484 aa  132  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1949  sensory box protein  32.61 
 
 		 654 aa  131  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  39.21 
 
 		 611 aa  132  4.0000000000000003e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2258  sensory box protein  32.35 
 
 		 562 aa  131  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.202787  normal  0.0243284 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3261  GGDEF domain-containing protein  33.21 
 
 		 702 aa  131  6e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.012427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.68 
 
 		 1238 aa  131  7.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0082  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.57 
 
 		 946 aa  130  8.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.69 
 
 		 314 aa  130  8.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4002  sensory transduction histidine kinase  25.34 
 
 		 1689 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 882 aa  130  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  43.37 
 
 		 506 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3519  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 		 366 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.87 
 
 		 769 aa  130  1.0000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  43.98 
 
 		 506 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.33 
 
 		 728 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  29.14 
 
 		 638 aa  129  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  28.27 
 
 		 474 aa  130  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 547 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  40.45 
 
 		 1034 aa  129  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  30.15 
 
 		 427 aa  129  3e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1859  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.47 
 
 		 917 aa  129  3e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  40.82 
 
 		 494 aa  129  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>