89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0942 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0943  ribosomal protein S5  74.9 
 
 		 1316 aa  1078    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000215001 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0942  ribosomal protein L18  100 
 
 		 769 aa  1530    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000113865  hitchhiker  0.00163221 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2168  pectate lyase  59.05 
 
 		 512 aa  571  1e-161  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.108445  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2941  Pectate lyase/Amb allergen  58.51 
 
 		 501 aa  547  1e-154  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.12002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3958  Pectate lyase/Amb allergen  61.49 
 
 		 365 aa  403  1e-111  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0431  Pectate lyase/Amb allergen  43.3 
 
 		 527 aa  233  1e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.471187  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3448  Pectate lyase-like  40.85 
 
 		 594 aa  230  9e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.372442  hitchhiker  0.00149155 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2243  Pectate lyase/Amb allergen  36.32 
 
 		 462 aa  195  3e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0247929  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2179  Pectate lyase/Amb allergen  35.75 
 
 		 922 aa  191  2.9999999999999997e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0353  Pectate lyase/Amb allergen  36.51 
 
 		 376 aa  150  7e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0271  Pectate lyase/Amb allergen  37.63 
 
 		 375 aa  147  7.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0430  Pectate lyase/Amb allergen  33.56 
 
 		 335 aa  145  3e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202776  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3859  Pectate lyase/Amb allergen  35.31 
 
 		 374 aa  140  7.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4036  Pectate lyase/Amb allergen  35 
 
 		 374 aa  140  7.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3860  Pectate lyase/Amb allergen  36.97 
 
 		 374 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0270  Pectate lyase/Amb allergen  35.97 
 
 		 375 aa  138  4e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4037  Pectate lyase/Amb allergen  37.02 
 
 		 374 aa  138  5e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3858  Pectate lyase/Amb allergen  36.18 
 
 		 374 aa  137  5e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07646  Pectate lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AVN4]  34.15 
 
 		 327 aa  137  9.999999999999999e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.91565  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0352  Pectate lyase/Amb allergen  35.29 
 
 		 375 aa  135  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4035  Pectate lyase/Amb allergen  36.52 
 
 		 374 aa  134  5e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.634971  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2809  ATPase  49.28 
 
 		 789 aa  132  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153749  decreased coverage  0.000000401461 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00741  Pectate lyase Precursor (EC 4.2.2.2) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00645]  34.88 
 
 		 326 aa  130  7.000000000000001e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2308  hypothetical protein  52.31 
 
 		 511 aa  126  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819182 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0511  Pectate lyase/Amb allergen  27.47 
 
 		 365 aa  120  9.999999999999999e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000797817  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1612  Pectate lyase/Amb allergen  34.88 
 
 		 1409 aa  120  9.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0496  Pectinesterase  29.91 
 
 		 686 aa  118  3.9999999999999997e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00164542 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1231  Pectate lyase/Amb allergen  35.91 
 
 		 919 aa  117  7.999999999999999e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.218309  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0435  Pectate lyase/Amb allergen  30.08 
 
 		 375 aa  109  2e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.017738  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2436  Pectate lyase/Amb allergen  33.54 
 
 		 327 aa  107  7e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00169439  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1650  pseudouridine synthase, Rsu  43.45 
 
 		 914 aa  104  6e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1051  Serine O-acetyltransferase  43.8 
 
 		 700 aa  103  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2947  hypothetical protein  40.44 
 
 		 574 aa  100  9e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00368039  normal  0.813372 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1848  Pectate lyase/Amb allergen  29.43 
 
 		 317 aa  100  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.233654  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2311  hypothetical protein  44.36 
 
 		 772 aa  99.4  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.699121  normal  0.0238538 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1008  Pectate disaccharide-lyase  41.09 
 
 		 540 aa  99.4  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1089  Pectate lyase/Amb allergen  31.13 
 
 		 385 aa  99.8  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6915  Pectate lyase-like protein  29.72 
 
 		 482 aa  94.7  6e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2763  Pectate lyase/Amb allergen  28.06 
 
 		 397 aa  92  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.329046  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0153  pectate lyase/Amb allergen  25.6 
 
 		 449 aa  88.6  4e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3141  lipolytic enzyme, G-D-S-L  34.52 
 
 		 831 aa  86.3  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6139  Pectate lyase  27.49 
 
 		 380 aa  85.5  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1240  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  44.12 
 
 		 809 aa  85.5  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167459 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1162  pectate lyase  25.94 
 
 		 991 aa  84.3  0.000000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.211021 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3881  Pectate lyase-like  37.96 
 
 		 747 aa  84  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000360789  normal  0.117799 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4964  Pectinesterase  25.91 
 
 		 794 aa  83.2  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.467463  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2950  Pectate lyase/Amb allergen  32.56 
 
 		 554 aa  82  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.821566  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2764  Pectate lyase/Amb allergen  27.88 
 
 		 402 aa  80.1  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.429805  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8075  Carbohydrate binding family 6  40.16 
 
 		 401 aa  80.5  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1090  Pectate lyase/Amb allergen  29.75 
 
 		 405 aa  79.7  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0537  Pectate lyase/Amb allergen  25.76 
 
 		 351 aa  78.6  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5013  Pectate lyase/Amb allergen  27.65 
 
 		 427 aa  78.6  0.0000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4199  Ricin B lectin  26.02 
 
 		 474 aa  77  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.876848  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3464  Carbohydrate binding family 6  40.18 
 
 		 649 aa  76.3  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.235288  hitchhiker  0.0024319 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2655  Carbohydrate binding family 6  43.97 
 
 		 847 aa  75.5  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1091  Pectate lyase/Amb allergen  26.41 
 
 		 392 aa  75.1  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1493  pectate lyase  25.98 
 
 		 435 aa  73.2  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1178  Pectate lyase/Amb allergen  24.48 
 
 		 498 aa  72.4  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000219225 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0246  carbohydrate-binding family 6 protein  34.53 
 
 		 820 aa  72.4  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1371  Pectate lyase/Amb allergen  29.54 
 
 		 314 aa  72.4  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00120054  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2863  Pectate lyase/Amb allergen  28.04 
 
 		 522 aa  71.6  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.707547  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0132  Pectate lyase/Amb allergen  40.79 
 
 		 505 aa  69.3  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2566  Pectate lyase/Amb allergen  28.36 
 
 		 368 aa  69.3  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1777  Pectate lyase/Amb allergen  28.69 
 
 		 314 aa  68.9  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1087  pectate lyase/Amb allergen  24.59 
 
 		 436 aa  68.6  0.0000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0821757  hitchhiker  0.00617992 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3461  cellulose-binding family II protein  28.94 
 
 		 486 aa  67.8  0.0000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.560967  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0495  Pectate lyase/Amb allergen  28.23 
 
 		 427 aa  63.9  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.016328 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1843  Pectate lyase/Amb allergen  27.22 
 
 		 730 aa  62.4  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.5236  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3434  Pectate lyase/Amb allergen  25.7 
 
 		 504 aa  61.2  0.00000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.405383 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3821  Pectate lyase/Amb allergen  24.16 
 
 		 456 aa  59.7  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0079  cell wall/surface repeat protein  38.85 
 
 		 750 aa  60.1  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3378  Pectate lyase/Amb allergen  31.14 
 
 		 314 aa  58.2  0.0000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0281  hypothetical protein  32.69 
 
 		 143 aa  57.4  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.342666  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6865  glycoside hydrolase family 31  34.23 
 
 		 1016 aa  56.2  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3839  type III helper protein HopAK1  28.15 
 
 		 543 aa  56.2  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3240  protein of unknown function DUF291  33.63 
 
 		 2073 aa  55.5  0.000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0608  hypothetical protein  49.23 
 
 		 452 aa  54.3  0.000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02650  pectate lyase  25.4 
 
 		 346 aa  52.4  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.256465  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4101  type III helper protein HopAK1  26.49 
 
 		 555 aa  52  0.00005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3007  N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase  54.24 
 
 		 424 aa  52  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014113 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7394  Pectate lyase/Amb allergen  28.48 
 
 		 398 aa  51.2  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0906839  normal  0.447007 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02569  Pectin lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5BA61]  28.8 
 
 		 379 aa  50.8  0.00009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04882  pectin lyase (Eurofung)  27.46 
 
 		 464 aa  50.1  0.0001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.485233 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_09439  pectin lyase (Eurofung)  28.43 
 
 		 377 aa  50.4  0.0001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4535  carbohydrate-binding family 6 protein  30.09 
 
 		 898 aa  49.3  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.334196  normal  0.875686 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1994  glycoside hydrolase family 31  34.31 
 
 		 1207 aa  45.4  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04681  putative secreted protein  36.67 
 
 		 700 aa  44.7  0.007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02331  Pectin lyase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFU6]  28.5 
 
 		 392 aa  44.3  0.009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.37768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2993  endoglucanase-like  28.7 
 
 		 863 aa  43.9  0.01  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0380373  hitchhiker  0.000000401461 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>