30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3007 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3007  N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase  100 
 
 		 424 aa  822    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014113 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0608  hypothetical protein  48.36 
 
 		 452 aa  252  9.000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2946  hypothetical protein  60.87 
 
 		 733 aa  235  1.0000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000153655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2308  hypothetical protein  52.4 
 
 		 511 aa  222  8e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819182 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1854  Pectate lyase  46.01 
 
 		 460 aa  138  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0715  Pectate lyase  45.35 
 
 		 233 aa  134  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.944836 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2020  Pectate lyase  42.86 
 
 		 574 aa  126  6e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.742128  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2775  HARPIN-like protein  38.34 
 
 		 380 aa  117  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.396388 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1373  type III helper protein HrpW1  40.21 
 
 		 424 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.00000104079  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2563  Pectate lyase  41.83 
 
 		 259 aa  107  6e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0171428  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0819  pectate lyase  39.87 
 
 		 427 aa  102  2e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.28547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2301  Pectate lyase  36.52 
 
 		 365 aa  97.8  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.452858  normal  0.747236 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0329  Pectate lyase  35.39 
 
 		 445 aa  92.8  9e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0745769 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1313  Pectate lyase  35.93 
 
 		 430 aa  92  2e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0268992  hitchhiker  0.00857009 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4177  Pectate lyase  41.04 
 
 		 430 aa  85.5  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2571  Pectate lyase  37.4 
 
 		 266 aa  83.6  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.18079  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0897  hypothetical protein  26.32 
 
 		 361 aa  80.1  0.00000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403321 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03337  Pectate lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5B7Z3]  34.67 
 
 		 254 aa  79.3  0.0000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00353943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1184  type III helper protein HrpW1  32.02 
 
 		 441 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.211632 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08453  Pectate lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5ATC7]  30.87 
 
 		 260 aa  72  0.00000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0942  ribosomal protein L18  49.45 
 
 		 769 aa  70.5  0.00000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000113865  hitchhiker  0.00163221 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1273  Pectate lyase  29.96 
 
 		 346 aa  69.3  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.130582  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06748  pectate lyase (Eurofung)  34.04 
 
 		 257 aa  68.6  0.0000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.000825304  normal  0.0251072 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02542  pectate lyase (Eurofung)  33.33 
 
 		 264 aa  67.8  0.0000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0943  ribosomal protein S5  49.3 
 
 		 1316 aa  65.1  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000215001 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3322  Pectate lyase  27.95 
 
 		 347 aa  64.7  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0988  Pectate lyase  29.26 
 
 		 351 aa  64.3  0.000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06106  pectate lyase (Eurofung)  31.65 
 
 		 244 aa  60.5  0.00000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.148982 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3892  hypothetical protein  33.11 
 
 		 550 aa  46.6  0.0008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0718789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3741  alpha-L-rhamnosidase  38.1 
 
 		 1107 aa  43.5  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00158847  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>