279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_0064 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  67.11 
 
 
513 aa  711  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5028  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  71.98 
 
 
528 aa  717  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  92.5 
 
 
520 aa  989  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  100 
 
 
519 aa  1064  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0404  RNA polymerase sigma-54 factor  63.78 
 
 
482 aa  630  1e-179  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0157372  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  57.47 
 
 
513 aa  598  1e-170  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  55.9 
 
 
500 aa  580  1e-164  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  55.9 
 
 
500 aa  579  1e-164  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  54.49 
 
 
493 aa  556  1e-157  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  53.98 
 
 
543 aa  556  1e-157  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  53.83 
 
 
546 aa  547  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  52.61 
 
 
545 aa  543  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0655  RNA polymerase factor sigma-54  54.21 
 
 
546 aa  544  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  55.34 
 
 
520 aa  541  1e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  53.98 
 
 
546 aa  540  1e-152  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0052  RNA polymerase factor sigma-54  52.61 
 
 
548 aa  531  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15874  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  54.05 
 
 
516 aa  535  1e-150  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  52.69 
 
 
553 aa  534  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  51.41 
 
 
526 aa  523  1e-147  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2420  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.78 
 
 
524 aa  514  1e-144  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.481883  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1144  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.96 
 
 
512 aa  510  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.260838  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  51.95 
 
 
500 aa  501  1e-141  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2182  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.86 
 
 
518 aa  501  1e-141  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0296118  normal  0.759233 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2429  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  53.08 
 
 
511 aa  500  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0481489  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2501  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  52.38 
 
 
511 aa  493  1e-138  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423834  normal  0.389615 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2724  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  52.38 
 
 
511 aa  494  1e-138  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.174199 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.37 
 
 
515 aa  490  1e-137  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  50.38 
 
 
504 aa  479  1e-134  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3935  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  51.27 
 
 
503 aa  468  1e-130  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2907  RNA polymerase factor sigma-54  49.32 
 
 
507 aa  453  1e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.332311  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4958  RNA polymerase factor sigma-54  50 
 
 
502 aa  451  1e-125  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  47.95 
 
 
484 aa  432  1e-119  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0297  RNA polymerase factor sigma-54  48.84 
 
 
498 aa  415  1e-114  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2015  RNA polymerase factor sigma-54  45.12 
 
 
490 aa  395  1e-108  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.427751  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0338  RNA polymerase factor sigma-54  42.3 
 
 
458 aa  372  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0175077  normal  0.141122 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.7 
 
 
510 aa  338  1e-91  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  40 
 
 
511 aa  334  3e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1582  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.1 
 
 
466 aa  326  5e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  37.69 
 
 
482 aa  309  9e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  37.21 
 
 
497 aa  309  1e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  37.21 
 
 
497 aa  309  1e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  37.4 
 
 
497 aa  308  2e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  36.47 
 
 
477 aa  307  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  36.47 
 
 
477 aa  307  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  36.47 
 
 
477 aa  307  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  36.47 
 
 
477 aa  307  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  36.47 
 
 
477 aa  306  4e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  36.59 
 
 
493 aa  306  7e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0506  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.16 
 
 
480 aa  305  1e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.670024  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  37.04 
 
 
477 aa  303  5e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  36.81 
 
 
489 aa  303  7e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  35.96 
 
 
497 aa  300  3e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  36.29 
 
 
497 aa  300  3e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.08 
 
 
505 aa  300  4e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  35.7 
 
 
477 aa  300  4e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  35.7 
 
 
477 aa  300  4e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  35.7 
 
 
477 aa  300  4e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  35.7 
 
 
477 aa  300  4e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  35.7 
 
 
477 aa  300  4e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  35.7 
 
 
477 aa  300  4e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  35.7 
 
 
477 aa  300  4e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  36.89 
 
 
505 aa  300  4e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  35.7 
 
 
477 aa  300  4e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.51 
 
 
477 aa  299  1e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  37.81 
 
 
477 aa  297  4e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  36.28 
 
 
477 aa  297  4e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  35.71 
 
 
497 aa  296  6e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  37.36 
 
 
478 aa  296  8e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  35.47 
 
 
497 aa  294  3e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  36.64 
 
 
477 aa  294  3e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  36.64 
 
 
477 aa  293  4e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  36.08 
 
 
511 aa  293  4e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  36.64 
 
 
477 aa  293  4e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  38.72 
 
 
502 aa  291  1e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  35.84 
 
 
497 aa  291  2e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  35.7 
 
 
477 aa  290  4e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  37.9 
 
 
508 aa  289  8e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2956  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.4 
 
 
456 aa  288  2e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  35.89 
 
 
477 aa  287  3e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  34.46 
 
 
507 aa  285  2e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  36.7 
 
 
488 aa  284  2e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.57 
 
 
497 aa  284  3e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  35.83 
 
 
503 aa  284  3e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  37.55 
 
 
505 aa  283  4e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  37.78 
 
 
498 aa  283  4e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  37.78 
 
 
498 aa  283  4e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  37.57 
 
 
501 aa  282  9e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.69 
 
 
497 aa  281  1e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  37.57 
 
 
501 aa  281  2e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  36.53 
 
 
501 aa  280  4e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  36.04 
 
 
513 aa  279  8e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3088  RNA polymerase factor sigma-54  38.17 
 
 
493 aa  279  9e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104233  normal  0.152595 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.7 
 
 
508 aa  279  1e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  34.96 
 
 
493 aa  276  5e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  35.84 
 
 
489 aa  276  5e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  36.52 
 
 
501 aa  276  5e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3311  RNA polymerase factor sigma-54  37.88 
 
 
495 aa  276  6e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  1.23268e-05  normal  0.857463 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  36.33 
 
 
503 aa  276  9e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  37.26 
 
 
501 aa  275  1e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  35.66 
 
 
513 aa  275  1e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>