More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1478 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  40.48 
 
 		 1148 aa  748    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  40.1 
 
 		 1164 aa  748    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  42.73 
 
 		 1148 aa  895    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  44.38 
 
 		 1157 aa  803    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2402  transcription-repair coupling factor  38.18 
 
 		 1189 aa  659    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4359  transcription-repair coupling factor  38.02 
 
 		 1174 aa  665    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281858  normal  0.0471962 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  34.78 
 
 		 1155 aa  661    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  38.14 
 
 		 1169 aa  777    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  38.58 
 
 		 1147 aa  696    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1569  transcription-repair coupling factor  38.92 
 
 		 1184 aa  652    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.878317  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  46.7 
 
 		 1176 aa  721    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  37.15 
 
 		 1207 aa  707    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  38.78 
 
 		 1165 aa  709    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  38 
 
 		 1173 aa  691    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  38.75 
 
 		 1164 aa  707    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1988  transcription-repair coupling factor  38.26 
 
 		 1157 aa  659    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232338  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  46.7 
 
 		 1176 aa  719    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  46.7 
 
 		 1178 aa  719    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  46.7 
 
 		 1176 aa  719    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1491  transcription-repair coupling factor  38.26 
 
 		 1157 aa  659    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  37.66 
 
 		 1153 aa  692    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  37.34 
 
 		 1153 aa  692    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3318  transcription-repair coupling factor  38.26 
 
 		 1189 aa  660    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.101121  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  41.53 
 
 		 1212 aa  758    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1965  transcription-repair coupling factor  37.67 
 
 		 1147 aa  687    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550833  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  42.5 
 
 		 1210 aa  807    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0369  transcriptional-repair coupling factor  35.6 
 
 		 1167 aa  701    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10511  transcriptional-repair coupling factor  35.66 
 
 		 1167 aa  701    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605187 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  39.95 
 
 		 1146 aa  681    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1513  transcription-repair coupling factor  37.7 
 
 		 1174 aa  644    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.696907  normal  0.0197286 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  38.12 
 
 		 1188 aa  728    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2513  transcription-repair coupling factor  38.26 
 
 		 1189 aa  659    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  41.94 
 
 		 1198 aa  746    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  38.68 
 
 		 1160 aa  709    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1260  transcription-repair coupling factor  38.26 
 
 		 1189 aa  660    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148669  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  42.03 
 
 		 1161 aa  753    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5255  transcription-repair coupling factor  38.49 
 
 		 1156 aa  662    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0305001  normal  0.983896 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  41.6 
 
 		 1224 aa  763    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  38.53 
 
 		 1192 aa  707    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  43.73 
 
 		 1148 aa  928    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  38.78 
 
 		 1192 aa  703    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  43.53 
 
 		 1158 aa  822    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  46.96 
 
 		 1211 aa  668    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  36.74 
 
 		 1159 aa  661    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  46.7 
 
 		 1176 aa  719    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  38.56 
 
 		 1178 aa  817    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  39.93 
 
 		 1153 aa  768    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  38.11 
 
 		 1156 aa  686    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  42.87 
 
 		 1159 aa  828    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  43.03 
 
 		 1183 aa  847    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2088  transcription-repair coupling factor  38.06 
 
 		 1217 aa  664    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  46.96 
 
 		 1211 aa  669    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  43.51 
 
 		 1208 aa  795    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  38.95 
 
 		 1155 aa  714    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  38.46 
 
 		 1166 aa  740    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  38.91 
 
 		 1155 aa  714    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1331  transcription-repair coupling factor  39.68 
 
 		 1175 aa  677    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.54754  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  41.88 
 
 		 1216 aa  741    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  38.47 
 
 		 1134 aa  699    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2717  transcription-repair coupling factor  38.94 
 
 		 1201 aa  674    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.103447 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  37.84 
 
 		 1160 aa  668    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  39.24 
 
 		 1179 aa  722    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  37.02 
 
 		 1172 aa  637    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  40.22 
 
 		 1150 aa  710    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2053  transcription-repair coupling factor  37.39 
 
 		 1173 aa  642    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0242332  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  40.05 
 
 		 1148 aa  734    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14371  transcriptional-repair coupling factor  37.54 
 
 		 1193 aa  677    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  39.45 
 
 		 1182 aa  763    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1349  transcription-repair coupling factor  37.21 
 
 		 1149 aa  645    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6135  transcription-repair coupling factor  38.51 
 
 		 1156 aa  665    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352842  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  46.96 
 
 		 1211 aa  668    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0909  transcription-repair coupling factor  51.92 
 
 		 1054 aa  642    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  38.08 
 
 		 1164 aa  657    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2359  transcription-repair coupling factor  38.26 
 
 		 1189 aa  659    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.741078  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2550  transcription-repair coupling factor  39.76 
 
 		 1161 aa  669    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277957  normal  0.0823791 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  38.36 
 
 		 1162 aa  820    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  38.62 
 
 		 1162 aa  821    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  38.83 
 
 		 1143 aa  713    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  37.15 
 
 		 1180 aa  714    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  38.29 
 
 		 1160 aa  704    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  38.46 
 
 		 1160 aa  707    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  40.37 
 
 		 1166 aa  668    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  39.07 
 
 		 1178 aa  726    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  51.39 
 
 		 1073 aa  683    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  40.6 
 
 		 1169 aa  842    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1932  transcription-repair coupling factor  38.76 
 
 		 1185 aa  666    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10301  transcriptional-repair coupling factor  32.42 
 
 		 1169 aa  669    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  37.84 
 
 		 1162 aa  758    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0183  transcription-repair coupling factor  46.2 
 
 		 1188 aa  651    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  36.73 
 
 		 1165 aa  731    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  36.75 
 
 		 1179 aa  739    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  38.14 
 
 		 1168 aa  715    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  47.73 
 
 		 1222 aa  664    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1944  transcription-repair coupling factor  38.51 
 
 		 1156 aa  665    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  42.61 
 
 		 1189 aa  774    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  38.62 
 
 		 1198 aa  721    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  38.53 
 
 		 1160 aa  704    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  42.98 
 
 		 1192 aa  753    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  41.41 
 
 		 1177 aa  778    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1580  transcription-repair coupling factor  38.45 
 
 		 1163 aa  658    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.484817  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>