274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1291 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1291  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 461 aa  955    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15060  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  40.7 
 
 		 457 aa  347  2e-94  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.138683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1317  MalG-type ABC sugar transport system permease component  53.33 
 
 		 238 aa  156  7e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.0000354335  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  26.76 
 
 		 420 aa  90.5  6e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0399  extracellular solute-binding protein family 1  29.26 
 
 		 408 aa  86.7  8e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000195685  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  25.5 
 
 		 422 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  22.53 
 
 		 415 aa  82.8  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0381  extracellular solute-binding protein family 1  26.64 
 
 		 421 aa  77  0.0000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6732  extracellular solute-binding protein family 1  26.41 
 
 		 425 aa  76.3  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.255639  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1138  extracellular solute-binding protein family 1  24.92 
 
 		 423 aa  72.4  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.443513  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.85 
 
 		 407 aa  72  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4488  extracellular solute-binding protein family 1  24.24 
 
 		 434 aa  70.9  0.00000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.395657  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2267  extracellular solute-binding protein family 1  25.17 
 
 		 445 aa  69.7  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00064551 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2152  extracellular solute-binding protein family 1  24.38 
 
 		 415 aa  69.3  0.0000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.410183  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2714  extracellular solute-binding protein family 1  25.11 
 
 		 414 aa  68.6  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.36636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1548  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  25.89 
 
 		 438 aa  68.9  0.0000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  unclonable  0.00000392798  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06340  maltose-binding periplasmic protein  31.97 
 
 		 409 aa  68.2  0.0000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.211092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4988  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 		 414 aa  66.6  0.0000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.601947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0045  extracellular solute-binding protein family 1  19.48 
 
 		 414 aa  66.2  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.713374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3957  extracellular solute-binding protein family 1  24.03 
 
 		 432 aa  65.5  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2485  extracellular solute-binding protein  21.86 
 
 		 415 aa  65.5  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00421769  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2031  extracellular solute-binding protein family 1  24.55 
 
 		 442 aa  65.5  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.298737 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0348  extracellular solute-binding protein family 1  24.86 
 
 		 419 aa  64.7  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1698  extracellular solute-binding protein family 1  25.23 
 
 		 447 aa  64.3  0.000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3956  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.53 
 
 		 416 aa  63.9  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.282171  normal  0.0187852 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27350  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.93 
 
 		 444 aa  63.9  0.000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.404715  normal  0.481515 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0385  extracellular solute-binding protein family 1  23.53 
 
 		 410 aa  63.5  0.000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0390662 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0803  extracellular solute-binding protein  23.81 
 
 		 433 aa  63.5  0.000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.437157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0747  extracellular solute-binding protein  22.91 
 
 		 433 aa  63.2  0.000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190936 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2614  extracellular solute-binding protein family 1  27.95 
 
 		 461 aa  62.4  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000017055  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2859  extracellular solute-binding protein  23.27 
 
 		 417 aa  63.2  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.511665  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 		 411 aa  63.2  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 		 411 aa  63.2  0.00000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2195  extracellular solute-binding protein family 1  27.14 
 
 		 450 aa  62  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1899  extracellular solute-binding protein, putative  24.07 
 
 		 416 aa  61.2  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.41529  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3538  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  22.6 
 
 		 406 aa  61.6  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.385239  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1634  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  24.07 
 
 		 416 aa  61.2  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0508  extracellular solute-binding protein family 1  23.7 
 
 		 421 aa  61.2  0.00000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000506303  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1484  extracellular solute-binding protein  22.36 
 
 		 444 aa  60.5  0.00000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000980441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4693  extracellular solute-binding protein family 1  29.23 
 
 		 457 aa  60.5  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.363745 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29010  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.1 
 
 		 434 aa  60.5  0.00000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1680  extracellular solute-binding protein family 1  24.47 
 
 		 430 aa  60.5  0.00000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.173253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1702  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 		 422 aa  60.5  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.57478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3216  extracellular solute-binding protein  24.89 
 
 		 425 aa  59.7  0.00000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.949389 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4697  extracellular solute-binding protein family 1  25.63 
 
 		 442 aa  59.3  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00367387  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0648  extracellular solute-binding protein family 1  21.14 
 
 		 447 aa  59.7  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3387  extracellular solute-binding protein  24.21 
 
 		 447 aa  59.3  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.278202  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  22.68 
 
 		 423 aa  59.3  0.0000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0203  extracellular solute-binding protein family 1  23.08 
 
 		 441 aa  59.7  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.346278  normal  0.123927 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1750  extracellular solute-binding protein family 1  23.51 
 
 		 448 aa  59.7  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000348272 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3226  Transcriptional regulator  22.96 
 
 		 410 aa  58.9  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.101031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1152  extracellular solute-binding protein  22.26 
 
 		 393 aa  58.9  0.0000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0401617  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3422  ABC-type sugar transport systems permease component  22.96 
 
 		 410 aa  58.9  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4688  extracellular solute-binding protein family 1  24.06 
 
 		 418 aa  58.5  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.733472 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3042  extracellular solute-binding protein  24.19 
 
 		 406 aa  58.2  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0658677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4159  extracellular solute-binding protein  23 
 
 		 421 aa  58.2  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.119299  normal  0.873951 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  22.19 
 
 		 410 aa  58.2  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0540  ABC transporter, substrate-binding protein  27.01 
 
 		 461 aa  57.8  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04610  extracellular solute-binding protein family 1  24.72 
 
 		 431 aa  57.8  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27690  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.8 
 
 		 431 aa  57.8  0.0000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.340884 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0556  ABC transporter, solute-binding protein  27.01 
 
 		 461 aa  57.8  0.0000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.526712  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2731  extracellular solute-binding protein family 1  24.44 
 
 		 454 aa  57.4  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2845  extracellular solute-binding protein  22.17 
 
 		 424 aa  57.4  0.0000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.35811  normal  0.0339661 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0294  maltose ABC transporter periplasmic protein  25.84 
 
 		 406 aa  57.4  0.0000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.491527  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2758  extracellular solute-binding protein family 1  22.06 
 
 		 423 aa  57  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.736779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0825  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 429 aa  57  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  28.41 
 
 		 414 aa  57.4  0.0000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3578  extracellular solute-binding protein  25.48 
 
 		 428 aa  57  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.608798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5306  extracellular solute-binding protein  31.01 
 
 		 431 aa  57  0.0000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2524  extracellular solute-binding protein family 1  24.6 
 
 		 483 aa  56.6  0.0000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000000331289  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0656  extracellular solute-binding protein family 1  25.57 
 
 		 431 aa  55.8  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.31335 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6528  extracellular solute-binding protein family 1  22.08 
 
 		 415 aa  56.6  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0147922 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05090  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.1 
 
 		 430 aa  56.2  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16660  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.34 
 
 		 406 aa  56.2  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.613471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1099  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 		 457 aa  56.2  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2588  extracellular solute-binding protein  20.64 
 
 		 419 aa  55.5  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000485668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  24.35 
 
 		 411 aa  55.1  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4040  extracellular solute-binding protein family 1  26.52 
 
 		 434 aa  55.8  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2659  extracellular solute-binding protein family 1  31.01 
 
 		 431 aa  55.5  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00136924  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4136  extracellular solute-binding protein  24.21 
 
 		 424 aa  55.8  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.518326  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2137  extracellular solute-binding protein family 1  21.86 
 
 		 467 aa  55.8  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4241  extracellular solute-binding protein family 1  21.04 
 
 		 422 aa  55.1  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3369  extracellular solute-binding protein family 1  21.79 
 
 		 430 aa  55.8  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3983  extracellular solute-binding protein family 1  21.33 
 
 		 456 aa  55.1  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  26.36 
 
 		 427 aa  55.1  0.000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  23.08 
 
 		 431 aa  54.7  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0224  extracellular solute-binding protein  26.76 
 
 		 431 aa  54.7  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0061  extracellular solute-binding protein family 1  26.74 
 
 		 462 aa  55.1  0.000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3121  extracellular solute-binding protein family 1  24 
 
 		 445 aa  55.1  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00116931 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1773  extracellular solute-binding protein family 1  23.35 
 
 		 465 aa  54.7  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.504545  normal  0.290135 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2315  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 455 aa  54.3  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.271919 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 414 aa  54.3  0.000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1025  extracellular solute-binding protein family 1  23.87 
 
 		 444 aa  54.3  0.000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000399953  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1955  extracellular solute-binding protein family 1  25.32 
 
 		 419 aa  54.3  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.974693  hitchhiker  0.000475348 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3775  extracellular solute-binding protein family 1  22.49 
 
 		 459 aa  54.3  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.137854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  24.63 
 
 		 410 aa  54.3  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0138  extracellular solute-binding protein  24.04 
 
 		 412 aa  53.9  0.000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09490  extracellular solute-binding protein family 1  24.06 
 
 		 424 aa  54.3  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.48456e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.55 
 
 		 426 aa  53.9  0.000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  23.85 
 
 		 427 aa  53.9  0.000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>