More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1702 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1702  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 422 aa  862    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.57478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2614  extracellular solute-binding protein family 1  29.38 
 
 		 461 aa  108  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000017055  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  26.25 
 
 		 414 aa  105  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1229  extracellular solute-binding protein  26.25 
 
 		 461 aa  103  4e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0257979  normal  0.868479 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  23.43 
 
 		 415 aa  98.2  3e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1017  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 417 aa  94.4  3e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0416471  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.36 
 
 		 407 aa  91.3  3e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2588  extracellular solute-binding protein  29.95 
 
 		 419 aa  90.5  5e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000485668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3276  extracellular solute-binding protein family 1  24.15 
 
 		 420 aa  89.4  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  0.336546 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4883  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  24.4 
 
 		 417 aa  85.9  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.134037  normal  0.0630481 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2485  extracellular solute-binding protein  24.12 
 
 		 415 aa  85.9  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00421769  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1453  extracellular solute-binding protein  23.12 
 
 		 415 aa  84.3  0.000000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0104666  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4289  extracellular solute-binding protein  25.64 
 
 		 466 aa  82.8  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0045  extracellular solute-binding protein family 1  23.13 
 
 		 414 aa  81.6  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.713374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  29.47 
 
 		 420 aa  82  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0289  extracellular solute-binding protein  26.63 
 
 		 437 aa  78.2  0.0000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000019091  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2451  extracellular solute-binding protein family 1  22.85 
 
 		 449 aa  77.8  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.135643  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15560  extracellular solute-binding protein family 1  25.76 
 
 		 418 aa  76.6  0.0000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2731  extracellular solute-binding protein family 1  23.76 
 
 		 454 aa  76.6  0.0000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2574  extracellular solute-binding protein family 1  23.63 
 
 		 453 aa  75.9  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  31.69 
 
 		 415 aa  75.9  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4320  extracellular solute-binding protein family 1  27.87 
 
 		 425 aa  75.1  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.811375  hitchhiker  0.00841489 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1099  extracellular solute-binding protein  23.4 
 
 		 457 aa  75.5  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4988  extracellular solute-binding protein  29.19 
 
 		 414 aa  74.3  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.601947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 		 424 aa  74.7  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7906  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 420 aa  72.4  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.819994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0358  extracellular solute-binding protein family 1  27.5 
 
 		 441 aa  72  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3988  extracellular solute-binding protein family 1  22.89 
 
 		 422 aa  72  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1522  extracellular solute-binding protein family 1  26.84 
 
 		 421 aa  71.6  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.569671  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0719  extracellular solute-binding protein family 1  24.3 
 
 		 413 aa  71.6  0.00000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0236757  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0721  extracellular solute-binding protein  29.82 
 
 		 437 aa  70.9  0.00000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.540981  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3000  extracellular solute-binding protein family 1  21.41 
 
 		 450 aa  70.9  0.00000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2758  extracellular solute-binding protein family 1  25.23 
 
 		 423 aa  70.5  0.00000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.736779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1296  extracellular solute-binding protein family 1  24.68 
 
 		 443 aa  70.1  0.00000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.190784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2504  extracellular solute-binding protein family 1  23.4 
 
 		 442 aa  69.3  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0523  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 		 416 aa  69.3  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2977  extracellular solute-binding protein family 1  32.73 
 
 		 415 aa  68.9  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.576527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2537  extracellular solute-binding protein family 1  29.65 
 
 		 450 aa  67.8  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.272028  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4697  extracellular solute-binding protein family 1  25.37 
 
 		 442 aa  67.4  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00367387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2726  extracellular solute-binding protein  23.6 
 
 		 437 aa  67.4  0.0000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.290956  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  23.77 
 
 		 427 aa  67  0.0000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3553  hypothetical protein  27.33 
 
 		 427 aa  67  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4993  extracellular solute-binding protein family 1  26.62 
 
 		 432 aa  66.6  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0450999  normal  0.012477 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01220  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.02 
 
 		 466 aa  66.2  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  29.03 
 
 		 422 aa  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20470  extracellular solute-binding protein family 1  21.83 
 
 		 406 aa  65.9  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000403753  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0090  extracellular solute-binding protein  24.52 
 
 		 441 aa  65.5  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.214251  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27690  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.79 
 
 		 431 aa  65.5  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.340884 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15060  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.77 
 
 		 457 aa  65.1  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.138683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2315  extracellular solute-binding protein  25.81 
 
 		 455 aa  65.1  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.271919 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3771  extracellular solute-binding protein  30.93 
 
 		 421 aa  64.7  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4688  extracellular solute-binding protein family 1  26.49 
 
 		 418 aa  64.7  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.733472 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  27.18 
 
 		 427 aa  65.1  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3566  extracellular solute-binding protein family 1  25.34 
 
 		 426 aa  63.9  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0781  extracellular solute-binding protein  20.29 
 
 		 395 aa  63.9  0.000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000729506  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3149  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 		 427 aa  63.9  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13860  maltose-binding periplasmic protein  27.06 
 
 		 412 aa  63.5  0.000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0116  extracellular solute-binding protein  22.79 
 
 		 420 aa  63.2  0.000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5331  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  25.68 
 
 		 431 aa  62.4  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.998389  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0118  extracellular solute-binding protein  22.56 
 
 		 420 aa  63.2  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4148  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 		 426 aa  61.6  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0472509  normal  0.106363 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0944  extracellular solute-binding protein  26.37 
 
 		 422 aa  61.6  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.544942  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3775  extracellular solute-binding protein family 1  26.34 
 
 		 459 aa  62  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.137854  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0648  extracellular solute-binding protein family 1  21.99 
 
 		 447 aa  61.6  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1899  extracellular solute-binding protein, putative  22.85 
 
 		 416 aa  60.8  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.41529  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  20.95 
 
 		 423 aa  60.8  0.00000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1634  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  22.85 
 
 		 416 aa  60.8  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0538  glycerol-3-phosphate ABC transporter glycerol-3-phosphate-binding protein  25.98 
 
 		 458 aa  60.5  0.00000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.406699  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0569  glycerol-3-phosphate ABC transporter glycerol-3-phosphate-binding protein  25.98 
 
 		 458 aa  60.5  0.00000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0700  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, glycerol-3-phosphate-binding protein  26.39 
 
 		 458 aa  60.8  0.00000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0632  glycerol-3-phosphate ABC transporter, glycerol-3-phosphate-binding protein, putative  26.12 
 
 		 458 aa  60.5  0.00000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0513  extracellular solute-binding protein family 1  21.56 
 
 		 447 aa  60.5  0.00000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.000000038068  hitchhiker  0.000703825 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1291  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 		 461 aa  60.5  0.00000006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1655  extracellular solute-binding protein family 1  26.59 
 
 		 425 aa  60.5  0.00000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.186521  normal  0.186231 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0499  extracellular solute-binding protein family 1  26.85 
 
 		 434 aa  60.1  0.00000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000057577 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3538  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  23.4 
 
 		 406 aa  60.1  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.385239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1181  extracellular solute-binding protein  21.86 
 
 		 413 aa  60.1  0.00000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000595288  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2714  extracellular solute-binding protein family 1  26.69 
 
 		 414 aa  59.7  0.00000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.36636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0021  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.33 
 
 		 428 aa  59.7  0.00000009  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0399  extracellular solute-binding protein family 1  27.81 
 
 		 408 aa  59.7  0.00000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000195685  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0480  glycerol-3-phosphate ABC transporter, glycerol-3-phosphate-binding protein  26.12 
 
 		 458 aa  59.3  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0482  glycerol-3-phosphate ABC transporter, glycerol-3-phosphate-binding protein  26.12 
 
 		 458 aa  59.3  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  27.81 
 
 		 429 aa  59.7  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3983  extracellular solute-binding protein family 1  25.32 
 
 		 456 aa  58.9  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3216  extracellular solute-binding protein  24.52 
 
 		 425 aa  59.3  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.949389 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0625  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, glycerol-3-phosphate-binding protein  26.12 
 
 		 458 aa  59.3  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0381  extracellular solute-binding protein family 1  24.29 
 
 		 421 aa  59.3  0.0000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0701  extracellular solute-binding protein family 1  24.57 
 
 		 432 aa  58.5  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2274  extracellular solute-binding protein family 1  24.93 
 
 		 428 aa  58.5  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.837023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1500  extracellular solute-binding protein  23.99 
 
 		 393 aa  58.5  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  24.93 
 
 		 427 aa  58.5  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0606  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, glycerol-3-phosphate-binding protein  26.12 
 
 		 458 aa  58.9  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1090  extracellular solute-binding protein family 1  24.77 
 
 		 436 aa  58.2  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.667729  normal  0.0232634 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0753  extracellular solute-binding protein  27.33 
 
 		 429 aa  58.5  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00037903  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0427  extracellular solute-binding protein family 1  26.26 
 
 		 497 aa  58.5  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  27.39 
 
 		 495 aa  58.5  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2696  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 		 420 aa  57.8  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.240659  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1199  extracellular solute-binding protein family 1  28.73 
 
 		 432 aa  57.8  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000829014 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1685  extracellular solute-binding protein family 1  27.23 
 
 		 434 aa  58.2  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2719  extracellular solute-binding protein family 1  27.19 
 
 		 434 aa  57.8  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.233137 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>