More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3369 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012912  Dd1591_0825  extracellular solute-binding protein family 1  80.63 
 
 		 429 aa  720    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3369  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 		 430 aa  887    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1966  extracellular solute-binding protein family 1  56.31 
 
 		 430 aa  512  1e-144  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.810983  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2037  extracellular solute-binding protein family 1  55.61 
 
 		 430 aa  508  1e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1904  extracellular solute-binding protein family 1  56.87 
 
 		 429 aa  499  1e-140  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.172949  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2197  extracellular solute-binding protein family 1  56.16 
 
 		 429 aa  495  1e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.700843  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1688  oligogalacturonide ABC transporter, periplasmic oligogalacturonide-binding protein  54.78 
 
 		 430 aa  494  9.999999999999999e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0550228  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1798  extracellular solute-binding protein  54.78 
 
 		 430 aa  494  9.999999999999999e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2648  oligogalacturonide ABC transporter periplasmic oligogalacturonide-binding protein  54.55 
 
 		 430 aa  490  1e-137  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.316005  normal  0.159215 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3292  extracellular solute-binding protein  52.57 
 
 		 428 aa  476  1e-133  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.309737 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0777  extracellular solute-binding protein  50.12 
 
 		 428 aa  439  9.999999999999999e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2102  extracellular solute-binding protein family 1  46.73 
 
 		 439 aa  417  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2395  extracellular solute-binding protein family 1  47.48 
 
 		 451 aa  415  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0697  extracellular solute-binding protein family 1  39.9 
 
 		 433 aa  313  2.9999999999999996e-84  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4040  extracellular solute-binding protein family 1  38.63 
 
 		 434 aa  301  1e-80  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3784  extracellular solute-binding protein family 1  38.41 
 
 		 430 aa  296  6e-79  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4051  extracellular solute-binding protein family 1  37.11 
 
 		 434 aa  283  5.000000000000001e-75  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4050  extracellular solute-binding protein family 1  35.8 
 
 		 433 aa  271  1e-71  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2376  extracellular solute-binding protein family 1  29.88 
 
 		 438 aa  167  5e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0437  extracellular solute-binding protein family 1  29.37 
 
 		 424 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000010114  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0619  extracellular solute-binding protein  26.37 
 
 		 463 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000037115  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3329  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 428 aa  133  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.955635  normal  0.757839 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2036  extracellular solute-binding protein family 1  25.23 
 
 		 439 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.182591  normal  0.899466 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03450  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.73 
 
 		 416 aa  130  6e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.355174 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0897  extracellular solute-binding protein family 1  27.2 
 
 		 446 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0316444  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4335  extracellular solute-binding protein family 1  26.24 
 
 		 428 aa  127  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000444207 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3329  extracellular solute-binding protein  26.21 
 
 		 431 aa  126  7e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0332045  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0895  extracellular solute-binding protein family 1  27.88 
 
 		 436 aa  126  7e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.441999 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4006  extracellular solute-binding protein family 1  26.53 
 
 		 428 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0499  extracellular solute-binding protein family 1  27.9 
 
 		 434 aa  123  5e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000057577 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3131  extracellular solute-binding protein family 1  26.75 
 
 		 422 aa  123  5e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00803878 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0806  extracellular solute-binding protein family 1  23.06 
 
 		 437 aa  123  6e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0510551 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29730  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.43 
 
 		 434 aa  122  9.999999999999999e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4344  extracellular solute-binding protein family 1  26.39 
 
 		 428 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0302279  hitchhiker  0.00000351134 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2460  extracellular solute-binding protein family 1  22.68 
 
 		 441 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.372805  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3119  extracellular solute-binding protein family 1  24.63 
 
 		 428 aa  120  3.9999999999999996e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3578  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 		 428 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.608798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5580  ABC transporter/Periplasmic pectin oligomer binding protein  26.79 
 
 		 427 aa  120  7e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3128  extracellular solute-binding protein family 1  27.27 
 
 		 450 aa  119  9.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0477771 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3402  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 		 451 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000236647  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2081  extracellular solute-binding protein family 1  24.29 
 
 		 434 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.159947  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1126  extracellular solute-binding protein  27.99 
 
 		 432 aa  117  5e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.190587  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2647  extracellular solute-binding protein family 1  27.54 
 
 		 446 aa  117  5e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.890591  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3326  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 		 453 aa  115  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00000398294  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4015  extracellular solute-binding protein family 1  25.46 
 
 		 428 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.946152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0780  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 		 436 aa  114  3e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1702  sugar-binding protein  25.15 
 
 		 442 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.981171  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1199  extracellular solute-binding protein family 1  24.87 
 
 		 432 aa  112  9e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000829014 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0919  extracellular solute-binding protein family 1  24.82 
 
 		 441 aa  112  1.0000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1049  extracellular solute-binding protein family 1  23.51 
 
 		 437 aa  108  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.340866 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0793  extracellular solute-binding protein family 1  23.8 
 
 		 442 aa  104  3e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0145438 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05230  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.66 
 
 		 450 aa  104  4e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.808581  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0970  extracellular solute-binding protein family 1  24.93 
 
 		 428 aa  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153801  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3324  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 		 427 aa  100  6e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000420771  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29740  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.25 
 
 		 437 aa  99.8  8e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2537  extracellular solute-binding protein family 1  22.6 
 
 		 450 aa  96.3  9e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.272028  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3124  extracellular solute-binding protein family 1  24.42 
 
 		 429 aa  95.1  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0621948 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3557  extracellular solute-binding protein family 1  23.34 
 
 		 458 aa  84.7  0.000000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 399 aa  84.3  0.000000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  25.61 
 
 		 411 aa  84  0.000000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3899  extracellular solute-binding protein family 1  23.67 
 
 		 435 aa  82.8  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  26.99 
 
 		 411 aa  82.4  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05420  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.86 
 
 		 438 aa  80.5  0.00000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0143899  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  29.13 
 
 		 422 aa  80.1  0.00000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  24.57 
 
 		 427 aa  78.6  0.0000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.61 
 
 		 366 aa  79  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4988  extracellular solute-binding protein  22.1 
 
 		 414 aa  78.2  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.601947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06270  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.59 
 
 		 426 aa  75.1  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 		 423 aa  75.5  0.000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  26.89 
 
 		 411 aa  73.2  0.000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19770  extracellular solute-binding protein family 1  28.51 
 
 		 423 aa  73.2  0.000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0589  extracellular solute-binding protein family 1  22.35 
 
 		 452 aa  73.2  0.000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.289831  normal  0.0417818 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  23.93 
 
 		 425 aa  72.4  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  24.62 
 
 		 415 aa  72  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  24.48 
 
 		 424 aa  70.9  0.00000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0690  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 		 402 aa  70.9  0.00000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.678935  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2267  extracellular solute-binding protein family 1  27.32 
 
 		 445 aa  71.2  0.00000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00064551 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  24.24 
 
 		 410 aa  70.1  0.00000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2571  extracellular solute-binding protein  22.07 
 
 		 417 aa  70.1  0.00000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3944  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 464 aa  68.2  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.920276  normal  0.0416082 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3106  ABC transporter, substrate binding periplasmic component  25.48 
 
 		 408 aa  67.8  0.0000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1899  extracellular solute-binding protein, putative  24.43 
 
 		 416 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.41529  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1634  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  24.43 
 
 		 416 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 		 415 aa  65.5  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  22.81 
 
 		 424 aa  65.5  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4632  extracellular solute-binding protein  30.19 
 
 		 419 aa  64.7  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.448727  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1895  extracellular solute-binding protein  23.4 
 
 		 445 aa  65.1  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.854658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  22.77 
 
 		 420 aa  64.7  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2049  extracellular solute-binding protein family 1  27.14 
 
 		 438 aa  64.3  0.000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.266449  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1534  extracellular solute-binding protein family 1  21.53 
 
 		 436 aa  64.3  0.000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.191711  decreased coverage  0.00957964 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1099  extracellular solute-binding protein  25.47 
 
 		 457 aa  63.9  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6794  extracellular solute-binding protein family 1  24.85 
 
 		 430 aa  63.9  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  23.54 
 
 		 437 aa  63.5  0.000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1020  extracellular solute-binding protein  26.62 
 
 		 459 aa  63.5  0.000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000124434  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05090  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.75 
 
 		 430 aa  63.5  0.000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0501  extracellular solute-binding protein family 1  24.8 
 
 		 433 aa  63.5  0.000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.0000488029  hitchhiker  0.0000184856 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0045  extracellular solute-binding protein family 1  22.18 
 
 		 414 aa  63.2  0.000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.713374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1152  extracellular solute-binding protein  30.87 
 
 		 393 aa  63.2  0.000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0401617  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6584  ABC transporter sugar binding protein  24.71 
 
 		 437 aa  63.2  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0558  extracellular solute-binding protein family 1  30.28 
 
 		 444 aa  63.2  0.000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>